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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-3-26 00:01:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-25 15:56
根本就没必要写0
空格多少无所谓

多谢老师!还有一个类似的问题请教,gaussian输入文件为什么有两种后缀.com与.gjf,请问老师是否是linux上计算要用.com,windows上计算要用.gjf?谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-3-26 17:22:28 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,小白求问,图片里的氨基甲酸盐高温脱CO2反应的过渡态怎么找啊。。我用Ts试了下找不到,想用柔性扫描但是不知道该怎么设置

WechatIMG113.jpeg (9.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

反应物结构

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发表于 Post on 2020-3-26 20:41:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 登登 于 2020-5-22 08:28 编辑
sobereva 发表于 2020-3-19 21:26
没有上下文没法具体说
大抵是让你把势能面上各种驻点的不同自旋多重度的能量都给出来,能量差小的话就有 ...

谢谢老师回复,审稿人的问题全部是“My primary concern with this manuscript is that the proposed mechanism relays heavily on the spin multiplicity of the models and this is not discussed and not even mentioned. The availability of unpaired electrons in the molecular models used in this work is crucial when it comes to modelling the species reactivity and elucidate elementary steps involving closed-shell molecules as it is the case for H2O. To make sure of the plausibility of the pathways proposed and ensure that they do not involve intersystem crossing, at least the splitting energy of all species involved in the pathways (reactants, products, intermediates and transition states) should be provided. Without this information is hard to be convinced about the plausibility of the pathways presented.”


1.png (106.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

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发表于 Post on 2020-3-27 13:37:11 | 只看该作者 Only view this author
您好问一下 高斯输入文档中在#命令行中 test这个关键词 是有什么含义么 在高斯手册中的示范看到的。

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发表于 Post on 2020-3-27 15:34:30 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师,我想问一个基础问题。如何查看优化过程中的能量曲线啊?我在其它地方看到别人说要用gview打开out文件然后再勾选一个immediate...的选项,但是我用gview打开时没有看到这个选项,请问如何解决,谢谢大家。

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发表于 Post on 2020-3-27 18:13:44 | 只看该作者 Only view this author

请教大神审稿人提出pseudo potentials for metals such as Ir (Z=77)该怎么办?

审稿人给的建议:In addition, the basis SDD for (Ir) is poor. Also, the use of pseudo potentials for metalssuch as Ir (Z=77) is highly recommended, which is located in row 6 of theperiodic table.

[size=14.6667px]请问 这里的Ir (Z=77) 是什么呢?我该做怎样的计算修改呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-28 05:16:09 | 只看该作者 Only view this author
Q-Chembio-llg 发表于 2020-3-27 15:34
sob 老师,我想问一个基础问题。如何查看优化过程中的能量曲线啊?我在其它地方看到别人说要用gview打开out ...


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-28 05:16:53 | 只看该作者 Only view this author
water-violet 发表于 2020-3-27 18:13
审稿人给的建议:In addition, the basis SDD for (Ir) is poor. Also, the use of pseudo potentials for ...

原子序号为77的元素,即Ir
SDD对于Ir本来就是赝势基组,审稿人瞎问
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-28 05:17:04 | 只看该作者 Only view this author
sukizun 发表于 2020-3-27 13:37
您好问一下 高斯输入文档中在#命令行中 test这个关键词 是有什么含义么 在高斯手册中的示范看到的。

毫无实际意义,不要写
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-28 05:17:43 | 只看该作者 Only view this author
minami 发表于 2020-3-26 17:22
sob老师,小白求问,图片里的氨基甲酸盐高温脱CO2反应的过渡态怎么找啊。。我用Ts试了下找不到,想用柔性扫 ...

详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-28 05:17:55 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-3-26 00:01
多谢老师!还有一个类似的问题请教,gaussian输入文件为什么有两种后缀.com与.gjf,请问老师是否是linux ...

后缀完全无所谓,甚至你用.txt当后缀也一样跑
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naonao5205 发表于 2020-3-25 23:25
卢老师您好,1. 请问您说的带smd模型优化容易出现虚频是普遍的问题吗?
在g16里面使用smd确实经常遇到, ...

1 对于柔性体系这不少见
我没听说过g16溶剂模型有问题一说。如果你真怀疑这点,可以计算时候加上g09default,这样溶剂模型的实现细节会改成g09的情况。
2 lewis酸性有很多不同的衡量方式,甚至原子电荷都可以拿来体现Lewis酸性。看具体怎么衡量。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-28 05:21:07 | 只看该作者 Only view this author
登登 发表于 2020-3-26 20:41
谢谢老师回复,审稿人的问题全部是“My primary concern with this manuscript is that the proposed mec ...

你贴图方式严重错误,别人看不到。仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么贴图
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发表于 Post on 2020-3-28 08:54:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 登登 于 2020-5-22 08:26 编辑
sobereva 发表于 2020-3-28 05:21
你贴图方式严重错误,别人看不到。仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么贴图

对不起,重新上传了图片

谢谢老师回复,审稿人的问题全部是“My primary concern with this manuscript is that the proposed mechanism relays heavily on the spin multiplicity of the models and this is not discussed and not even mentioned. The availability of unpaired electrons in the molecular models used in this work is crucial when it comes to modelling the species reactivity and elucidate elementary steps involving closed-shell molecules as it is the case for H2O. To make sure of the plausibility of the pathways proposed and ensure that they do not involve intersystem crossing, at least the splitting energy of all species involved in the pathways (reactants, products, intermediates and transition states) should be provided. Without this information is hard to be convinced about the plausibility of the pathways presented.”



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发表于 Post on 2020-3-28 10:37:07 | 只看该作者 Only view this author

谢谢SOB老师,不过不知道是不是我安装的gview6有问题,每次打开out文件时直接就是图像了,四周也没有看到这个选项

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