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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-1-8 10:52:38 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2021-1-8 10:38
各位老师好,想问一下,如果为了帮助收敛,加上了关键词gdiis或者int=ultrafine,这样得到的结构能量可以和 ...

加gdiis可以,但加int=ultrafine不行。因为前者只影响收敛速度,后者还影响能量和梯度。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-1-8 10:57:31 | 只看该作者 Only view this author
hmlyz 发表于 2021-1-8 10:08
老师您好,我设计了一个有铁的络合物来还原二氧化碳,发现4态的铁能量更低更稳定但是它的能垒高。但是老师 ...

粗略的算法是,找到2态和4态的MECP,把MECP当作过渡态,可以求出活化能。取决于你用的软件,可能可以对MECP做振动分析,得到活化Gibbs自由能(MECP的振动分析和一般在驻点上的振动分析不一样,需要投影掉Hessian在梯度方向上的分量,不是所有程序都有这个功能)。
精细的算法是用费米黄金规则,需要算2态和4态的平衡结构的Hessian,以及SOC矩阵元。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2021-1-8 13:53:05 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,molclus构象搜索后得到能量最低的几个结构,提取这些结构用G16做振动分辨电子光谱时,问1:是否可以省略结构优化这一步,直接进行基态频率分析,即步骤改成:基态freq计算、激发态opt freq计算、两个计算的chk文件做F-C分析。问2:molclus程序调用gaussian做opt freq任务时添加scale=x考虑ZPE校正因子,后续使用Shermo程序时,settings.ini里的sclZPE是否要填写一致?

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发表于 Post on 2021-1-8 13:53:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-7 23:51
什么叫自旋密度仔细看
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2021-1-8 15:16:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-8 10:52
加gdiis可以,但加int=ultrafine不行。因为前者只影响收敛速度,后者还影响能量和梯度。

好的收到,谢谢老师解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-9 04:16:02 | 只看该作者 Only view this author
jingsi 发表于 2021-1-8 13:53
老师您好,molclus构象搜索后得到能量最低的几个结构,提取这些结构用G16做振动分辨电子光谱时,问1:是否 ...

如果你对基态做freq用的级别和molclus搜索时用的优化级别相同就没必要重新优化,chk文件也可以用molclus过程中备份出来的

需要。opt freq时候用的scale关键词影响的是Gaussian的热力学数据的输出,并不影响其它原始数据,因此Shermo自己在计算热力学量的时候肯定还得指定校正因子。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-1-9 14:48:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-9 04:16
如果你对基态做freq用的级别和molclus搜索时用的优化级别相同就没必要重新优化,chk文件也可以用molclus ...

明白了,非常感谢!

另外问一下,博文《使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索》里的“用isostat处理得到的isomers.xyz输出信息
Energy of isomer     1 :  -2320.81823800 a.u.,  new cluster
Energy of isomer     2 :  -2320.81480600 a.u.,  new cluster
Energy of isomer     3 :  -2320.80966500 a.u.,  new cluster
Energy of isomer     4 :  -2320.81852000 a.u.,  new cluster
Energy of isomer     5 :  -2320.81485300 a.u.,  attributed to cluster     2
Energy of isomer     6 :  -2320.80904200 a.u.,  new cluster

The lowest energy is  -2320.81852000 a.u.”
异构体对应的序号123等是否顺序对应于前一步骤中得到的gau0000x.out和orcaSP0000x.out?我用前述博文提供的文件包重复了下《使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据》里的4.2.3,得到的结果和例子给的对不上,反复查看后发现我重复例子做的时候电子能量读取的是orcaSP00003.out,例子列出的是“example\ensemble\gau00003.out;-2321.369898466825”,这个电子能量是orcaSP00004.out的。这就给我整蒙了,这些数据到底怎么读取对应的?

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发表于 Post on 2021-1-9 22:59:31 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-7 18:18
1. 不需要,因为正常能算得动这么大体系的方法都达不到0.3kcal/mol的精度,所以不可能严格确定哪个自旋态 ...

谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-10 02:58:21 | 只看该作者 Only view this author
jingsi 发表于 2021-1-9 14:48
明白了,非常感谢!

另外问一下,博文《使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构 ...



Shermo文章里用的是去除重复之后的结构,那在molclus这篇文章里叫做cluster

对于isostat,isomer是去重之前的molclus产生的原始的序号,cluster是去重之后的序号。之后自己做任何额外的计算都是对于cluster而言的。
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发表于 Post on 2021-1-10 14:55:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-10 02:58


Shermo文章里用的是去除重复之后的结构,那在molclus这篇文章里叫做cluster

明白了,谢谢!

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发表于 Post on 2021-1-11 20:37:54 | 只看该作者 Only view this author
请教大家一个问题,GaussView 5.0里的静电势图蓝色和红色两边-6e-2这种数值单位是什么,a.u.吗

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发表于 Post on 2021-1-11 20:58:14 | 只看该作者 Only view this author

求助如何输入该类型分子结构

本帖最后由 杨旭旭 于 2021-1-11 22:54 编辑

各位大神:
      由于本人专业是有机化学,最近在学习计算化学,再设计如下图所示的结构,结构2的参数在Gaussian中,我该如何输入?希望大家能提供一个gjf文件的输入。拜托各位了,我没有输入该类结构的相关文件

untitled.jpg (6.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

untitled.jpg

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发表于 Post on 2021-1-11 21:33:10 | 只看该作者 Only view this author

老师好,我想请教一下关于周期性模型计算金属表面吸附问题时自旋多重度的设置。
  我之前在一个帖子中看到对于团簇模型金属表面吸附问题时,直接把自旋多重度设为最低(偶数电子设为2,奇数设为1)计算即可,这对于周期性模型也可以这样吗?

  如果可以的话,那么当计算中涉及有磁性的金属表面,比如Fe,Ni等表面吸附时也可以将自旋多重度直接设为最低吗?

  还有就是吸附的分子或者原子会影响自旋多重度的选择吗?我计算N2分子以及N2分子解离后2个N原子在Ru表面上的吸附时,多重度都取1就可以吗?

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发表于 Post on 2021-1-11 21:44:59 | 只看该作者 Only view this author
MADAOLay 发表于 2021-1-11 21:33
老师好,我想请教一下关于周期性模型计算金属表面吸附问题时自旋多重度的设置。
  我之前在一个帖子中看 ...

“直接把自旋多重度设为最低”即使对团簇模型也是错的。它可能在大多数情况下成立,但并不总是成立。
终极标准永远是能量(或者更严格地说,Gibbs自由能)最低。如果知道哪个自旋多重度的能量最低,那么就应该用那个自旋多重度;如果不知道,那么就应该把所有能量可能是最低的自旋多重度都算一遍,取其中能量最低的。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-1-11 22:11:13 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问cc-pvtz或cc-pvtz-dk赝势应该如何写呢
最近在用molpro重复文献上的内容,用的是cc-pvtz和cc-pvtz-dk的小核赝势,不知道应该怎么写
谢谢老师

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