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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-2 00:50:23 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-12-30 22:04
卢老师 请问对于一个甘油三酯分子 比如三辛酸甘油酯 我想看一下甘油三脂不同位置辛酸的被解离下来的难易程 ...

不适合用那些预测方法。
应当明确解离的机理,是热解离成自由基,还是通过化学反应解离出什么物质。根据机理,能拿反应势垒说事的拿势垒讨论最有说服力。
如果是热解离的话,380K的温度在有限的模拟时间下几乎不可能观测到稳定的化学键的解离,动力学模拟这样的裂解都得是诸如一两千K。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-1-3 21:13:15 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,在加电场下考察CO与材料M吸附生成M-CO的反应,按照材料M的z方向加电场,算相互作用时还需要分别单独优化CO、M、M-CO,请问老师:
(1)单独优化CO、M-CO时要不要与M的电场方向一致?如果要如何一致?
(2)如果在gview中材料M的结构上粘贴CO的结构会影响材料M的z方向吗?
(3)一个单独的CO电场下优化,是不是在M-CO结构中删除M的坐标,这样就能保证CO与M和M-CO电场方向一致?
(4)电场下计算的电子能量的读取、G的读取与不加电场时一样吗?
谢谢老师!

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发表于 Post on 2021-1-3 22:39:16 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,在Multifn手册中说Etot=Eele+Eex+Eorb,其中Eele是静电能,Eorb是scf前后能量差,Eex是pauli repulsion能。
请问一下,最后这个Eex应该怎样理解?我没理解到位。
谢谢。

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发表于 Post on 2021-1-4 20:43:50 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,小弟有一个问题,在研究A吸附到B上时,发现B吸附前后发生形变

1) 是否需要将B施加限制,使其为刚体?
2)  发生形变后的吸附能计算,E=Eab-Ea-Eb,其中Ea和Eb是不是需要将变形后的结构扣除来计算能量?

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发表于 Post on 2021-1-5 09:29:08 | 只看该作者 Only view this author
chema 发表于 2021-1-4 20:43
各位老师好,小弟有一个问题,在研究A吸附到B上时,发现B吸附前后发生形变

1) 是否需要将B施加限制,使 ...

一般来说,吸附能包括了A和B变形的能量。只有在做能量分解等计算时,才可能涉及到让A和B是刚体的计算
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-1-5 09:33:51 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-5 09:29
一般来说,吸附能包括了A和B变形的能量。只有在做能量分解等计算时,才可能涉及到让A和B是刚体的计算

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-1-5 10:43:55 | 只看该作者 Only view this author
请问大家现在orca的动力学能自定义初始速度么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-5 13:10:56 | 只看该作者 Only view this author
Freeman 发表于 2021-1-5 10:43
请问大家现在orca的动力学能自定义初始速度么?

自己修改mdrestart文件可实现

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-5 13:15:48 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2021-1-3 22:39
老师您好,在Multifn手册中说Etot=Eele+Eex+Eorb,其中Eele是静电能,Eorb是scf前后能量差,Eex是pauli re ...

如1L所示,Multiwfn的问题应发到相应帖子里
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-5 13:17:25 | 只看该作者 Only view this author
chema 发表于 2021-1-4 20:43
各位老师好,小弟有一个问题,在研究A吸附到B上时,发现B吸附前后发生形变

1) 是否需要将B施加限制,使 ...

看你实际要研究的问题、是否与实验对比
如果要计算能够与现实现象对比的、从无穷远到被吸附过程的总能量变化,被吸附物应当用单独优化的结构算能量
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dingniu2 发表于 2021-1-3 21:13
请问老师,在加电场下考察CO与材料M吸附生成M-CO的反应,按照材料M的z方向加电场,算相互作用时还需要分别 ...

1 要。直接从优化后的M-CO中抠出相应部分作为初始结构。别忘了检验有无虚频。

2 以笛卡尔坐标轴显示的为准

3 是

4 一样

值得一提的是,在电场下分子朝向可能会自发旋转来降低能量,这是自然而然的事,不用顾虑。
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发表于 Post on 2021-1-5 14:14:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-5 13:17
看你实际要研究的问题、是否与实验对比
如果要计算能够与现实现象对比的、从无穷远到被吸附过程的总能量 ...

谢谢老师的回答,计算的目的是想得到A和C吸附到B上的吸附能,进而比较两个物质吸附到B上的难易程度,请问老师,这时被吸附物是否应当用单独优化的结构算能量以及出现形变(不明显)是否合理?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-5 14:44:25 | 只看该作者 Only view this author
chema 发表于 2021-1-5 14:14
谢谢老师的回答,计算的目的是想得到A和C吸附到B上的吸附能,进而比较两个物质吸附到B上的难易程度,请问 ...

应该当单独优化,而且最好用自由能求差来对比
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发表于 Post on 2021-1-5 14:56:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-5 14:44
应该当单独优化,而且最好用自由能求差来对比

好的,非常感谢老师。

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发表于 Post on 2021-1-5 16:03:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-5 13:35
1 要。直接从优化后的M-CO中抠出相应部分作为初始结构。别忘了检验有无虚频。

2 以笛卡尔坐标轴显示的 ...

谢谢老师,请问gview中分子结构图鼠标右键----View-----Cartesian Axes显示的是不是就是坐标轴方向,以此设置电场矢量方向?

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