使用sobMECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点

风飞

老师：您好！如果在虚拟机中装linux系统，运行这个软件，是否有影响，因为怕虚拟机装linux兼容性不好，谢谢！

sobereva

风飞 发表于 2016-12-16 11:11
老师：您好！如果在虚拟机中装linux系统，运行这个软件，是否有影响，因为怕虚拟机装linux兼容性不好，谢谢 ...

毫无影响，完全正常

风飞

sobereva 发表于 2016-12-16 11:32
毫无影响，完全正常

谢谢！

HERO

sob老师，在运用sobMECP时遇到几个问题，1. 如果我想要寻找S1态和T1态的交叉点，input_Hearder_A输入S1态的优化构型，input_Hearder_B输入T1态的优化构型，那么geom初始构型怎样输入？  是否是根据经验可能的构型。是不是程序通过A和B的构型寻找交叉点并输出到geom中？。在C6H5+_A2-3B1例子中，输入文件A和B的构型与geom_final是一样的,而与geom_init不一样，为何？2. 如程序正常运行结束，ab_initio中两个态的能量相差比较大，是不是意味着没有交叉点。 另外，怎样对结果进行分析？ 得到了一个交叉点的构型，是否能够给出ISC的比例等信息？ 3. 如果寻找的是S1和S0的交叉点，是否能够说明荧光淬灭或减弱的问题。 谢谢！

sobereva

HERO 发表于 2016-12-24 20:06
sob老师，在运用sobMECP时遇到几个问题，1. 如果我想要寻找S1态和T1态的交叉点，input_Hearder_A输入S1态的 ...

input_Header里面输入的是计算用的关键词，而不是几何结构。几何结构是两个态共享的，在geom里定义。
你哪看到“A和B的构型与geom_final是一样的”？计算用的初始构型就是geom_init，改名成geom就能运算了。

程序只找个极小交叉点结构而已，不要以为一下子就能把什么ISC的比例、荧光减弱之类一大堆信息都得到，当前只是提供个初步信息而已，额外的都得自己再折腾，用诸如landau-zener之类公式、或者做surface hopping动力学之类，都比这复杂得多。

HERO

sobereva 发表于 2016-12-25 06:15
input_Header里面输入的是计算用的关键词，而不是几何结构。几何结构是两个态共享的，在geom里定义。
...

谢谢sob 学习中。

杨小狗

studyba 发表于 2015-4-23 15:35
sob老师,请问一下，我运行到    [quote]把prepare.sh里开头的natm改成实际原子数。然后运行./prepare.sh ...

请问您是如何解决的？

ter20

求问，sobMECP能做63原子，286电子这么巨大的体系吗？

sobereva

ter20 发表于 2017-2-26 15:02
求问，sobMECP能做63原子，286电子这么巨大的体系吗？

这个和sobMECP没关系，看机子以及计算级别
原理上，只要做几何优化能做得动，用sobMECP就没问题

ter20

sobereva 发表于 2017-2-26 15:31
这个和sobMECP没关系，看机子以及计算级别
原理上，只要做几何优化能做得动，用sobMECP就没问题

OK，我先试试，谢谢Sob!

ter20

一个小问题，就是我在运行 ./runMECP.sh & 命令后，收敛信息会不断输出到屏幕上，这时如果我登出当前服务器远程窗口（exit），我发现计算任务就会终止，不知道如何解决这个问题，求助Sob老师。
PS: 我的ssh远程登录很恶心，一段时间不操作连接就断了，我试了反空闲设置，但是没用（我用的mac，不知道是不是设置得有问题，以前用windows也是这个毛病）。所以我没法一直保持屏幕输出状态

sobereva

ter20 发表于 2017-3-6 20:16
一个小问题，就是我在运行 ./runMECP.sh & 命令后，收敛信息会不断输出到屏幕上，这时如果我登出当前服务器 ...

nohup ./runMECP &
然后用exit登出服务器，就会一直运行，输出信息都在nohup.out里。

ter20

sobereva 发表于 2017-3-6 20:28
nohup ./runMECP &
然后用exit登出服务器，就会一直运行，输出信息都在nohup.out里。

好的，我试试，非常感谢！

SongChao

Hello:
Sorry for not installing Chinese input so I have to write in English.
sobMECP works perfectly with C6H5+, CH2 and H3CO+ examples. But when I reproduce MECP of  CF3C(O)N and CF3NCO which published in a angewandte paper. prepare.sh and runfirst.sh runs normally, without any error comparing to those examples. But I get "fortran error" after running runMECP.sh immediately:

1. songchao@linux-jygu:~/Documents/ResearchInProgress/attempt_MECP/CF3CON/MECP> ./runMECP.sh
   
2. ProgFile Exists - OK
   
3. First Input OK
   
4. At line 230 of file MECP.f (unit = 8, file = 'ProgFile')
   
5. Fortran runtime error: Bad integer for item 1 in list input
   
6. 
   
7. Error termination. Backtrace:
   
8. #0  0x2b89d0a03607 in ???
   
9. #1  0x2b89d0a04115 in ???
   
10. #2  0x2b89d0a04869 in ???
    
11. #3  0x2b89d0abec10 in ???
    
12. #4  0x2b89d0ac2b93 in ???
    
13. #5  0x404a7c in ???
    
14. #6  0x4052cb in ???
    
15. #7  0x4054b8 in ???
    
16. #8  0x2b89d1481724 in ???
    
17. #9  0x400bc8 in ???
    
18.         at ../sysdeps/x86_64/start.S:118
    
19. #10  0xffffffffffffffff in ???
    
20. Problem with Fortran program
    
21. Step Number 0 -- MECP not yet converged
    
22. An error has occurred, possibly in the Gaussian Job

复制代码

It seems the error is about MECP.f file in temp folder. I didn't find out how to correct it to make calculation perform normally.Is that a bug or something I didn't do correctly?

SongChao

SongChao 发表于 2018-4-14 11:50
Hello:
Sorry for not installing Chinese input so I have to write in English.
sobMECP works perfec ...

I use atom symbol in the "geom" file, which is atomic number in the example. It solved.