使用sobMECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点

函数与激情 · 发表于 Post on 2020-9-10 15:55:18

332544875 发表于 2020-9-10 08:59
谢谢你的回复，请问是需要修改脚本的什么内容？

sob老师提供的MECP.x其实是个optimizer, 可以自己自定义接口其他软件的能量和梯度。你需要修改runMECP.sh使其产生出来的geom文件是oniom格式的，和QM不同有第二列，活动和固定的原子（0还是-1），以及最后一列分层（H M L），这步应该是最关键的，其余的修改HEAD.gjf比较容易了。我之前修改过并测试ONIOM中是可以运行的，也优化出了晶体中交叉结构，但是例子已经找不到了。希望可以帮助到你。

332544875 · 发表于 Post on 2020-9-10 16:58:11

函数与激情发表于 2020-9-10 15:55
sob老师提供的MECP.x其实是个optimizer, 可以自己自定义接口其他软件的能量和梯度。你需要修改runMECP.sh ...

谢谢老师，ONIOM基本计算的设置我是了解的。我在疑惑读取的ONIOM计算的能量还是读取TD-HF/TD-DFT和SCF done关键词后的能量吗？因为我看到ONIOM计算后输出文件里有多种能量，如high system：model energy，extrapolated energy，SCF done，TD-DFT等，具体每个代表什么含义我比较疑惑。

函数与激情 · 发表于 Post on 2020-9-10 19:40:46

332544875 发表于 2020-9-10 16:58
谢谢老师，ONIOM基本计算的设置我是了解的。我在疑惑读取的ONIOM计算的能量还是读取TD-HF/TD-DFT和SCF do ...

能量读取的是“ONIOM: extrapolated energy =”后面的部分，这是ONIOM体系的总能量

332544875 · 发表于 Post on 2020-9-11 19:24:43

函数与激情发表于 2020-9-10 19:40
能量读取的是“ONIOM: extrapolated energy =”后面的部分，这是ONIOM体系的总能量

老师你好，我在使用sobMECP搜索计算ONIOM体系时发现生成的geom文件里冻结原子参数（0 -1）和高低层参数（H L）没有生成，请问老师你是怎么处理和解决的？谢谢

函数与激情 · 发表于 Post on 2020-9-12 09:35:31

把冻结和高低层分别整成两个单独的文件每次运行runMECP.sh时将原来的geom与这两个文件合成一个新的geom文件

Freeman · 发表于 Post on 2021-2-8 11:23:29

社长您好。
我研究的交叉点的单重态部分是个自旋极化单重态，就要在Input_Header里写上stable=opt关键词，但是stable和force关键词是不相容的；如果把stable=opt换成guess=mix nosym um062x，那么guess=mix又和guess(read)不相容了。
看过sobMECP的几个sh脚本之后，我想到的解决方法是，先单独运行一下带有stable guess=mix的gjf文件，看看单靠guess=mix能不能使波函数稳定。如果是，那就在prepare.sh之前在Input_Header里加上guess=mix nosym um062x来产生出稳定波函数的chk文件（因为prepare.sh尚不涉及到guess(read)），然后在runMECP.sh之前把Input_Header里的guess=mix删掉。
但是这么做的问题是，guess=mix不比stable=opt稳妥，有时可能无法得到稳定波函数。所以想请问一下，有没有更好的办法。

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-8 21:27:59

Freeman 发表于 2021-2-8 11:23
社长您好。
我研究的交叉点的单重态部分是个自旋极化单重态，就要在Input_Header里写上stable=opt关键词， ...

runfirst就相当于自动去掉guess(read)并且跑当前输入文件，用来产生初始的chk文件而已
你自己先直接手动用stable=opt算出个对称破缺单重态的chk文件，就没必要执行runfirst了，直接runMECP即可，这样计算的第一步就会通过guess(read)读你自己产生的chk

shuifangren · 发表于 Post on 2021-2-24 10:27:18

老师，我想求助一下，在执行第三步./runMECP.sh之后，输出的traj.xyz结构一直没有更新（和初始结构一样），Reportfile中没有内容，这是什么原因呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-24 12:08:25

shuifangren 发表于 2021-2-24 10:27
老师，我想求助一下，在执行第三步./runMECP.sh之后，输出的traj.xyz结构一直没有更新（和初始结构一样）， ...

看屏幕上的提示，弄清楚是正在算着还是怎么回事
在跑自己的任务前先把例子跑一遍

shuifangren · 发表于 Post on 2021-2-25 08:49:42

sobereva 发表于 2021-2-24 12:08
看屏幕上的提示，弄清楚是正在算着还是怎么回事
在跑自己的任务前先把例子跑一遍

好的，老师，问题解决了，谢谢您~

sui · 发表于 Post on 2021-3-16 14:46:47

请问Sob老师，我运行了测试文件没有问题，算自己的文件时提示
ProgFile Exists - OK
First Input OK
Problem with the ab initio Job.
cat: AddtoReportFile: No such file or directory
Step Number 0 -- MECP not yet converged
Problem with the ab initio Job.
是哪里有问题呀？

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-17 06:06:08

sui 发表于 2021-3-16 14:46
请问Sob老师，我运行了测试文件没有问题，算自己的文件时提示
ProgFile Exists - OK
First Input OK

看中途产生的Gaussian输出文件判断原因

sui · 发表于 Post on 2021-3-18 16:24:31

sobereva 发表于 2021-3-17 06:06
看中途产生的Gaussian输出文件判断原因

谢谢老师

Freeman · 发表于 Post on 2022-1-20 22:12:14

社长您好。我最近在用bagel优化mecp，可是它的优化算法太不给力了，我就想把高斯作为跳板，间接用sobmecp来优化。现在一个问题是，高斯调用外部程序计算受力，不会生成带有波函数的chk文件，但是sobmecp要求gjf文件里要写guess(read)。这该如何是好？可以不写这个关键词吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-20 22:37:40

Freeman 发表于 2022-1-20 22:12
社长您好。我最近在用bagel优化mecp，可是它的优化算法太不给力了，我就想把高斯作为跳板，间接用sobmecp来 ...

不是非得有guess(read)，这只不过是让sobMECP运行像普通的Gaussian优化一样，每一步读取上一步收敛的波函数，使得波函数的状态能延续下去，并且减少每一步达到SCF收敛的耗时。如果你不在乎这个，完全可以去掉

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[综合交流] 使用sobMECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点