使用sobMECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点

yaojihule · 发表于 Post on 2015-6-23 09:56:48

本帖最后由 yaojihule 于 2015-6-23 09:59 编辑

嗯嗯老师刚看到帖子，谢谢我把文献发给你在QQ上

yaojihule · 发表于 Post on 2015-6-23 10:01:17

谢谢老师

玥末夏初 · 发表于 Post on 2015-12-8 09:43:18

您好！用您的MECP计算，运行runMECP.sh时出错
[user2@localhost sobMECP1]$ bash ./runMECP.sh
./runMECP.sh: line 56: syntax error: unexpected end of file
试了dos2unix没有用，想问问您有没有什么解决办法，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-8 16:03:40

玥末夏初发表于 2015-12-8 09:43
您好！用您的MECP计算，运行runMECP.sh时出错
$ bash ./runMECP.sh
./runMECP.sh: line 56: syntax error ...

运行时不要写上bash前缀

玥末夏初 · 发表于 Post on 2015-12-8 16:25:37

sobereva 发表于 2015-12-8 16:03
运行时不要写上bash前缀

不写bash前缀，出错
[user2@localhost sobMECP1]$ runMECP.sh
-bash: runMECP.sh: command not found

玥末夏初 · 发表于 Post on 2015-12-8 16:53:17

玥末夏初发表于 2015-12-8 16:25
不写bash前缀，出错
$ runMECP.sh
-bash: runMECP.sh: command not found

我知道我哪里出错了，谢谢您了！

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-2-15 17:32:14

sob老师好，我按照您说的步骤，我采用test中的例子想试试，出现下面的错误。
fanjz@node00:~/sobMECP> ls
extract_energy geom          Input_Header_B  prepare.sh sub_script  test
extract_gradient  Input_Header_A  Input_Tail    runfirst.sh  temp
fanjz@node00:~/sobMECP> chmod +x *
fanjz@node00:~/sobMECP> ./prepare.sh
: command not found2:
fortcom: Severe: No such file or directory
... file is 'MECP.f'
compilation aborted for MECP.f (code 1)
: command not found7:
: command not found9:
: command not found13:
: command not found16:

说明一下：我已经修改了ifort，还有原子数目。我怀疑是不是我高斯0的问题，因为我们采用的是我们学院自己搭建的计算平台，高斯09好几个版本都安装在我们的集群上，平日提交任务都是使用脚本的形式，我把我采用的高斯09D01的脚本给你看看，谢谢老师。
#!/bin/sh
#PBS -N report
#PBS -l nodes=1:ppn=10
#PBS -l walltime=168:00:00
#PBS -q GAUSSIAN
#PBS -j oe

# Envrionment setting for Gaussian09
#
export g09root=/home/software/g09D01
PATH=$g09root/g09:$PATH
export PATH
source $g09root/g09/bsd/g09.profile
#
# End of envrionment setting for Gaussian09

mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID

cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID

cd /tmp/$PBS_JOBID

trap "cp -r /tmp/$PBS_JOBID/* $PBS_O_WORKDIR;rm -rf /tmp/$PBS_JOBID" SIGTERM

g09  report.gjf

cp -r /tmp/$PBS_JOBID/*  $PBS_O_WORKDIR

rm -rf /tmp/$PBS_JOBID

sobereva · 发表于 Post on 2016-2-15 17:37:46

小范范1989 发表于 2016-2-15 17:32
sob老师好，我按照您说的步骤，我采用test中的例子想试试，出现下面的错误。
fanjz@node00:~/sobMECP> ls
...

牵扯到脚本提交的事我不清楚
报错提示肯定是.sh脚本牵扯到的命令的可执行文件没找到
你可以prepare.sh在本机上运行，runfirst.sh在集群上通过提交运行

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-2-15 17:55:22

sobereva 发表于 2016-2-15 17:37
牵扯到脚本提交的事我不清楚
报错提示肯定是.sh脚本牵扯到的命令的可执行文件没找到
你可以prepare.s ...

谢谢sob老师。

healthyworld · 发表于 Post on 2016-5-11 18:24:37

好东西

blueyangliu · 发表于 Post on 2016-10-15 20:12:16

sobereva 发表于 2016-2-15 17:37
牵扯到脚本提交的事我不清楚
报错提示肯定是.sh脚本牵扯到的命令的可执行文件没找到
你可以prepare.s ...

Sob老师，我在自己的单机上运行算例没有问题。在集群上提交计算时，最后一个runMECP.sh，出问题了，不知道如何在PBS文件中把runMECP.sh这个加入进去，Sob老师怎么弄呢？

sobereva · 发表于 Post on 2016-10-15 20:53:17

blueyangliu 发表于 2016-10-15 20:12
Sob老师，我在自己的单机上运行算例没有问题。在集群上提交计算时，最后一个runMECP.sh，出问题了，不知 ...

不知道，我对PBS不熟

blueyangliu · 发表于 Post on 2016-10-15 21:18:18

sobereva 发表于 2016-10-15 20:53
不知道，我对PBS不熟

那只能在单机运行了吗

sobereva · 发表于 Post on 2016-10-15 23:58:29

blueyangliu 发表于 2016-10-15 21:18
那只能在单机运行了吗

总有办法通过提交方式运行，琢磨琢磨就有办法

blueyangliu · 发表于 Post on 2016-10-17 08:14:27

sobereva 发表于 2016-10-15 23:58
总有办法通过提交方式运行，琢磨琢磨就有办法

谢谢！

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[综合交流] 使用sobMECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点