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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 使用sobMECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点

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发表于 Post on 2019-1-18 15:10:06 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我在测试ch2的例子时候,进行到./runfirst.sh,出现了这样的问题呢,请问应该如何解决呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-18 19:25:07 | 只看该作者 Only view this author
西柚西柚啊 发表于 2019-1-18 15:10
老师您好,我在测试ch2的例子时候,进行到./runfirst.sh,出现了这样的问题呢,请问应该如何解决呢

没正确安装G09
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发表于 Post on 2019-1-18 19:51:35 | 只看该作者 Only view this author

老师打扰了,我在集群上如何调用g09,请问有什么方法或者途径吗?谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-18 19:58:30 | 只看该作者 Only view this author
西柚西柚啊 发表于 2019-1-18 19:51
老师打扰了,我在集群上如何调用g09,请问有什么方法或者途径吗?谢谢老师

问管理员
你得能直接用g09命令启动g09才行
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-11-28 23:26:58 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我用sobMECP软件算出了单线态和三线态之间的MECP,我现在想算MECP处单线态和三线态之间的梯度差,即两个态在MECP处的斜率差。我可以怎么计算呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-29 08:23:54 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2019-11-28 23:26
老师好,我用sobMECP软件算出了单线态和三线态之间的MECP,我现在想算MECP处单线态和三线态之间的梯度差, ...

Gaussian里对这个结构用force关键词计算受力,分别算单单重态和三重态
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发表于 Post on 2019-11-29 21:47:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-29 08:23
Gaussian里对这个结构用force关键词计算受力,分别算单单重态和三重态

谢谢老师。我今天加force关键词算了MECP处的不同重态,想要计算出2个势能面之间斜率的差值,是可以将两个out文件里面的那个数值进行相减呢?每个势能面在MECP处的斜率就是“Cartesian Forces:  Max     0.009240955 RMS     0.001622638”里面的Max这个值吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-30 03:05:48 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2019-11-29 21:47
谢谢老师。我今天加force关键词算了MECP处的不同重态,想要计算出2个势能面之间斜率的差值,是可以将两个 ...

看你具体怎么定义斜率。势能面是3N-6维的,不同方向斜率都不一样。
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发表于 Post on 2019-11-30 09:02:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 陈丢丢 于 2019-11-30 14:06 编辑
sobereva 发表于 2019-11-30 03:05
看你具体怎么定义斜率。势能面是3N-6维的,不同方向斜率都不一样。

谢谢老师!我想的是要在MECP处沿着该势能面的切线的斜率,是可以看哪个数值呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-2 02:13:06 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2019-11-30 09:02
谢谢老师!我想的是要在MECP处沿着该势能面的切线的斜率,是可以看哪个数值呢?

你先搞清楚交叉点附近的势能面结构
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sobereva 发表于 2019-12-2 02:13
你先搞清楚交叉点附近的势能面结构

老师的意思是交叉点附近的结构也需要去算吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-3 07:34:01 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2019-12-2 09:02
老师的意思是交叉点附近的结构也需要去算吗?

本身是个高维曲面,切线的意义也不明确。说梯度方向那倒行
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发表于 Post on 2020-9-9 19:16:41 | 只看该作者 Only view this author
请问Sob老师,这个sobMECP程序支持Gaussian的ONIOM模式吗?谢谢

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发表于 Post on 2020-9-9 20:56:50 | 只看该作者 Only view this author
332544875 发表于 2020-9-9 19:16
请问Sob老师,这个sobMECP程序支持Gaussian的ONIOM模式吗?谢谢

支持,需要自己修改下脚本

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发表于 Post on 2020-9-10 08:59:05 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2020-9-9 20:56
支持,需要自己修改下脚本

谢谢你的回复,请问是需要修改脚本的什么内容?

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