计算化学公社

标题: gromacs中力场获取及参数增补相关帖子 [打印本页]

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作者
Author: tjuptz    时间: 2020-2-3 17:33
标题: gromacs中力场获取及参数增补相关帖子


个人关注到的论坛中有关gromacs中一些力场及参数的帖子，现整理如下：
AMBER、GROMOS、OPLS、CHARMM最新版本的GROMACS力场包
求助GROMACS中系统没有残基信息是否能够通过修改扩充？中提到糖的GROMOS包
关于ClayFF力场中参数取值的疑问
求助：cvff立场能否用在Gromacs中
求助GROMACS如何使用pcff、Dreiding等力场
求amber相关力场或者opls力场各种离子的力场参数 中提到高价金属离子的力场参数
求助关于charmm力场中br的力场的选取 中提到了单价离子的力场参数
求助：BF4阴离子的OPLS力场itp文件生成 中提到了离子液体OPLS专用力场参数
gaff力场中的离子中提到常见离子的参数
求助gaff.dat中参数的含义 社长给出了amber参数格式文档
求助 多原子离子如何设置参数 中提到自己找到参数该如何使用，补进力场并当成分子写个itp
二氧化硅力场文件 中提到charmm兼容的硅酸盐力场
如何获取碳原子氘原子LJ势参数 中社长指出二者一致
Gromacs额外水模型使用疑问 中社长给出了四点水模型的使用方法
能量分析g_energy求助 中社长提到KBFF电解质力场
求助：OPLS-AA力场中找不到N2的参数，是因为本来就没有吗 里社长提到TraPPE-small里面专门给了N2的参数
CO2的EPM2模型参数如何加到itp文件中？ 里社长提供了相应文件
关于[atomtypes]各列内容的定义次序疑问 里提到该字段的规则
1,4相互作用校正因子的问题 里提到了glycam力场转化为gromacs注意

NAMD中能否引入谐振函数的更高次项 中讨论了使用列表势以及自定义原子类型实现修改特定原子间非键作用，在某些场合有用

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作者
Author: tjuptz    时间: 2025-1-16 17:25


如何得到适用于charmm36力场的H3O+itp文件 中提到了H3O+和OH-的力场文献
支持H3O+和OH-的Madrid 2019力场 中也提到了一套H3O+和OH-的力场
gromacs力场该如何选取 中社长提到了MOF用UFF4MOF之类的
TRAPPE_small力场包中提供了相应力场包
Interface力场超小气体分子的参数(O2/H2/N2)提供了相应的力场包
Gromacs可用的Amber14SB_ROC_lipid17力场包中提供了相应的力场包
GROMACS可用的246种lipids的itp文件（AMBER力场）中提供了相应的力场包
适用于Gromacs2025之前版本的Amber19SB力场及其配套相关力场 中提供了相应的力场包

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