计算化学公社

标题: 用B3LYP泛函计算时审稿意见咨询 [打印本页]

作者
Author: z1065480896 时间: 2022-7-1 09:49
标题: 用B3LYP泛函计算时审稿意见咨询
本人计算用的结构是小分子有机结构（只含C,H,O）,用B3LYP泛函计算了相关热力学数据和动力学数据，进行讨论。如今审稿意见基本围绕泛函展开，如下：

01.B3LYP really isn't that good for kinetics and perhaps not even thermodynamics (BDEs in this case), see, e.g., Aust J Chem 2011, 64, 394; Theor Chem Acc 2011, 130, 251; J Phys Chem A 2012, 116, 3745. Something like M062X or MN15 would be much more convincing if calculations with double-hybrid (e.g., DSD-PBEP86) are not viable.

02.B3LYP is that it doesn't yield good HOMO-LUMO gaps, see, e.g., J Phys Chem Lett 2020, 11, 7882; J Phys Chem A 2021, 125, 10507. An LC-DFT such as wB97XD or CAM-B3LYP, or one with a high %HF like M062X or MN15 would again be more convincing.

03.Wigner is a rather crude way of estimating tunneling, and one can easily do better with the Eckart method.

当初选的泛函没仔细考虑，就用主流的泛函进行了计算。如今审稿人提的意见并建议使用的泛函，想问一下各位老师有没有道理。望各位老师提提大家的观点，我以后在做计算前也好好学习相关体系泛函选择，谢谢大家。

作者
Author: KangJiaxin 时间: 2022-7-1 10:26
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的 http://sobereva.com/557

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2022-7-1 10:35
最简单的改进是M06-2X跑一遍单点

作者
Author: dantevinsky 时间: 2022-7-1 11:08

，其实我一直觉得Sob老师的文章得说明一下，Wigner隧穿现在就不要用了，用了必问，再怎么着也得用Eckart，况且相比Wigner，Eckart计算所需要的信息也没增多。

作者
Author: chemren2 时间: 2022-7-1 13:02
按要求改，对比一下

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-1 20:25

dantevinsky 发表于 2022-7-1 11:08
，其实我一直觉得Sob老师的文章得说明一下，Wigner隧穿现在就不要用了，用了必问，再怎么着也得用Eckart ...

基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310（http://bbs.keinsci.com/thread-2350-1-1.html）

上文的表格里已经十分明确给了计算Skodje-Truhlar隧道效应透射系数的单元格，用起来又方便，结果也不比麻烦得多的Eckart差多少，很多情况都比Wigner强得多（如Angew. Chem. Int. Ed. 2017, 56, 13099 –13102）。而且我在Wigner单元格的注释里还特意写了“精度差”，若有人死活非要图省事用Wigner我也没办法。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-1 20:31
审稿人第二条意见我不赞同。看

正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO
http://sobereva.com/543（http://bbs.keinsci.com/thread-16758-1-1.html）

此文也仔细看了
坚持使用B3LYP算有机体系能量的人的下场
http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html
你的情况再次体现了用B3LYP算单点的人的下场

作者
Author: z1065480896 时间: 2022-7-2 08:45

sobereva 发表于 2022-7-1 20:31
审稿人第二条意见我不赞同。看

正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO

谢谢社长，还想问下此类体系用M062x泛函计算结合用6-311G**也是合适的，只是比 def-TZVP 精度差一些？

作者
Author: z1065480896 时间: 2022-7-2 08:45

chemren2 发表于 2022-7-1 13:02
按要求改，对比一下

是得先算算啦，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-3 03:46

z1065480896 发表于 2022-7-2 08:45
谢谢社长，还想问下此类体系用M062x泛函计算结合用6-311G**也是合适的，只是比 def-TZVP 精度差一些？

对于算单点目的，6-311G**目前来说有点偏低

作者
Author: dantevinsky 时间: 2022-7-4 13:55

sobereva 发表于 2022-7-1 20:25
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310（http://bbs.keinsci.com/thread- ...

哈哈哈哈，sob老师好样的！我试过蛮多体系，Skodje-Truhlar确实同Eckart差异不大。那他们现在还用Wigner我就无法理解了。。。。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)