计算化学公社

标题: 求助残基在残基拓扑库中找不到的问题 [打印本页]

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作者
Author: wangtao23    时间: 2024-11-6 17:12
标题: 求助残基在残基拓扑库中找不到的问题


分子是吡啶盐结合氨基酸的头基加上两条疏水尾链，使用Gaussian，hatree-fork优化结构后，保存了mol2文件，进入avogadro和multiwfn转成pdb文件都试过了，转化的pdb文件，在gromacs里面跑模拟，在第一步gmx pdb2gmx -f 1102-opt.pdb -o SP132LG_processed.gro -p topol.top 后，选择力场，不管选择那种力场，都会出现

Processing chain 1 (158 atoms, 1 residues)

Problem with chain definition, or missing terminal residues. This chain does not appear to contain a recognized chain molecule. If this is incorrect, you can edit residuetypes.dat to modify the behavior.
8 out of 8 lines of specbond.dat converted successfully

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Program:     gmx pdb2gmx, version 2021.4-Ubuntu-2021.4-2
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/resall.cpp (line 597)

Fatal error:
Residue 'UNL' not found in residue topology database
的错误，请问各位老师，这个情况应该怎么解决呢？

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作者
Author: Loading0760    时间: 2024-11-7 10:03
学习非标准残基的力场构建
http://bbs.keinsci.com/thread-26023-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-36353-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-47584-1-1.html

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作者
Author: wangtao23    时间: 2024-11-8 19:44

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作者
Author: sobereva    时间: 2024-11-9 08:50
默写10遍Hartree-Fock

先搞清楚力场目录下的rtp文件是干嘛的，pdb2gmx的运作机制是什么。用pdb2gmx处理的结构文件里的所有残基名在rtp里必须都先定义

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