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老生常谈的grompp提示Invalid order for directive atomtypes报错答疑专帖

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本主题由 sobereva 于 2024-12-17 05:51 合并

sobereva

发布时间: 2024-5-21 02:30

正文摘要:

现在问GROMACS用grompp时出现Invalid order for directive atomtypes的报错现在在计算化学公社论坛里、思想家公社QQ群里简直成了周经甚至半周经问题，我都在论坛里、群里回复过无数遍。以后再有问这个的，我一律直接 ...

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王肖索 发表于 Post on 2025-2-10 10:14:42

Seyilaxa 发表于 2025-1-22 21:02
都可以，把重复出现的行备注掉或者删掉就行

好的，谢谢解答

Seyilaxa 发表于 Post on 2025-1-22 21:02:19

王肖索发表于 2025-1-22 17:55
老师问一下合并是
[ atomtypes ]
; name at.num mass charge ptype sigma (nm) ...

都可以，把重复出现的行备注掉或者删掉就行

王肖索 发表于 Post on 2025-1-22 17:55:00

Seyilaxa 发表于 2024-8-22 00:37
VEM.itp的[atomtypes]出现在了HPMCAS.itp的[molecular type]之后
把两个文件的[atomtypes]字段合并后，放 ...

老师问一下合并是
[ atomtypes ]
; name at.num    mass    charge ptype    sigma (nm) epsilon (kJ/mol)
n4          7 14.006703 0.000000 A    3.249999E-01 7.112800E-01
c3          6 12.010736 0.000000 A    3.399670E-01 4.577296E-01
c          6 12.010736 0.000000 A    3.399670E-01 3.598240E-01
o          8 15.999405 0.000000 A    2.959922E-01 8.786400E-01
ca          6 12.010736 0.000000 A    3.399670E-01 3.598240E-01
oh          8 15.999405 0.000000 A    3.066473E-01 8.803136E-01
hx          1    1.007941 0.000000 A    1.959977E-01 6.568880E-02
hc          1    1.007941 0.000000 A    2.649533E-01 6.568880E-02
ha          1    1.007941 0.000000 A    2.599642E-01 6.276000E-02
ho          1    1.007941 0.000000 A    0.000000E+00 0.000000E+00
hn          1    1.007941 0.000000 A    1.069078E-01 6.568880E-02
n          7 14.006703 0.000000 A    3.249999E-01 7.112800E-01
h1          1    1.007941 0.000000 A    2.471353E-01 6.568880E-02

[ atomtypes ]
; name at.num    mass    charge ptype    sigma (nm) epsilon (kJ/mol)
p5       15 30.973762 0.000000 A    3.741775E-01 8.368000E-01
;c3          6 12.010736 0.000000 A    3.399670E-01 4.577296E-01
;os          8 15.999405 0.000000 A    3.000012E-01 7.112800E-01
;o          8 15.999405 0.000000 A    2.959922E-01 8.786400E-01
c2          6 12.010736 0.000000 A    3.399670E-01 3.598240E-01
n2          7 14.006703 0.000000 A    3.249999E-01 7.112800E-01
n1          7 14.006703 0.000000 A    3.249999E-01 7.112800E-01
cc          6 12.010736 0.000000 A    3.399670E-01 3.598240E-01
;c          6 12.010736 0.000000 A    3.399670E-01 3.598240E-01
nc          7 14.006703 0.000000 A    3.249999E-01 7.112800E-01
na          7 14.006703 0.000000 A    3.249999E-01 7.112800E-01
UF_H       1    1.007941 0.000000 A    2.571134E-01 1.840960E-01
h5          1    1.007941 0.000000 A    2.421463E-01 6.276000E-02
h4          1    1.007941 0.000000 A    2.510553E-01 6.276000E-02
;h1          1    1.007941 0.000000 A    2.471353E-01 6.568880E-02
还是
[ atomtypes ]
; name at.num    mass    charge ptype    sigma (nm) epsilon (kJ/mol)
n4          7 14.006703 0.000000 A    3.249999E-01 7.112800E-01
c3          6 12.010736 0.000000 A    3.399670E-01 4.577296E-01
c          6 12.010736 0.000000 A    3.399670E-01 3.598240E-01
o          8 15.999405 0.000000 A    2.959922E-01 8.786400E-01
ca          6 12.010736 0.000000 A    3.399670E-01 3.598240E-01
oh          8 15.999405 0.000000 A    3.066473E-01 8.803136E-01
hx          1    1.007941 0.000000 A    1.959977E-01 6.568880E-02
hc          1    1.007941 0.000000 A    2.649533E-01 6.568880E-02
ha          1    1.007941 0.000000 A    2.599642E-01 6.276000E-02
ho          1    1.007941 0.000000 A    0.000000E+00 0.000000E+00
hn          1    1.007941 0.000000 A    1.069078E-01 6.568880E-02
n          7 14.006703 0.000000 A    3.249999E-01 7.112800E-01
h1          1    1.007941 0.000000 A    2.471353E-01 6.568880E-02
p5       15 30.973762 0.000000 A    3.741775E-01 8.368000E-01
;c3          6 12.010736 0.000000 A    3.399670E-01 4.577296E-01
;os          8 15.999405 0.000000 A    3.000012E-01 7.112800E-01
;o          8 15.999405 0.000000 A    2.959922E-01 8.786400E-01
c2          6 12.010736 0.000000 A    3.399670E-01 3.598240E-01
n2          7 14.006703 0.000000 A    3.249999E-01 7.112800E-01
n1          7 14.006703 0.000000 A    3.249999E-01 7.112800E-01
cc          6 12.010736 0.000000 A    3.399670E-01 3.598240E-01
;c          6 12.010736 0.000000 A    3.399670E-01 3.598240E-01
nc          7 14.006703 0.000000 A    3.249999E-01 7.112800E-01
na          7 14.006703 0.000000 A    3.249999E-01 7.112800E-01
UF_H       1    1.007941 0.000000 A    2.571134E-01 1.840960E-01
h5          1    1.007941 0.000000 A    2.421463E-01 6.276000E-02
h4          1    1.007941 0.000000 A    2.510553E-01 6.276000E-02
;h1          1    1.007941 0.000000 A    2.471353E-01 6.568880E-02
这样的呢？

haizei 发表于 Post on 2024-12-31 00:34:09

student0618 发表于 2024-6-30 20:18
http://bbs.keinsci.com/thread-45783-1-1.html

Try to use the search function of this forum, this i ...

如何调整呢

NGC626 发表于 Post on 2024-12-17 17:33:30

本帖最后由 NGC626 于 2024-12-17 17:34 编辑

et2ac 发表于 2024-12-17 17:00
我意思是你这根本不是PFO，你再查查PFO长啥样

老师您好，这是我之前查到的文献中PFO的结构，之后我在PubChem数据库中下载了单体的sdf文件https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/16213863

PFO.png (72.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

PFO

PFO..png (218.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

PFO

et2ac 发表于 Post on 2024-12-17 17:00:28

NGC626 发表于 2024-12-17 16:50
谢谢老师，我是将聚合物的单体做优化后，直接在gview里复制粘贴的，请问在插入盒子之前还需要再对聚合物 ...

我意思是你这根本不是PFO，你再查查PFO长啥样

NGC626 发表于 Post on 2024-12-17 16:50:41

本帖最后由 NGC626 于 2024-12-17 16:52 编辑

et2ac 发表于 2024-12-17 00:36
所有itp的[atomtypes]都剪到top的[ defaults ]后面并且重复的删掉应该就不报错了，itp都是sobtop生成的话不 ...

谢谢老师，我是将聚合物的单体做优化后，直接在gview里复制粘贴的，请问在插入盒子之前还需要再对聚合物做一次优化吗？

et2ac 发表于 Post on 2024-12-17 00:36:43

所有itp的[atomtypes]都剪到top的[ defaults ]后面并且重复的删掉应该就不报错了，itp都是sobtop生成的话不需要amber99的文件
不过首先这PFO结构不对吧。。

NGC626 发表于 Post on 2024-12-16 23:45:13

求教，模拟碳纳米管和聚合物相互作用时出现Invalid order for directive atomtypes

各位老师好，我想模拟碳纳米管和一种叫做PFO的聚合物分子在甲苯中发生相互作用的分子动力学，PFO的聚合度为3，我尝试按照这篇帖子中的方法http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html，把toluene.itp文件内的[atomtypes]内容剪切到了PFO3.itp中，但是依然报错，请问应该如何修改itp文件呢？

第一步：

gmx editconf -f CNT86.10.gro -o CNT_box.gro -d 1 ;构建盒子

第二步：

gmx insert-molecules -f CNT_box.gro -ci PFO3.gro -o CNTPFO.gro -nmol 3 ;向盒子中插入3个PFO3，输出命名为CNTPFO.gro

第三步：

gmx insert-molecules -f CNTPFO.gro -ci toluene.gro -o CNTPFO_toluene.gro -nmol 600 ;向CNTPFO.gro盒子中插入600个toluene分子，输出命名为CNTPFO_toluene.gro

第四步：修改top文件

#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"

#include "CNT86.10.itp"

#include "PFO3.itp"

#include "toluene.itp"

[ system ]

CNT86.10 and PFO in toluene

[ molecules ]

CNT86.10 1

PFO3 3

toluene 600

CNTPFO_toluene.rar

260.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 7

暖身贴 发表于 Post on 2024-12-16 13:09:15

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-16 11:25
在右上角或者右下角有选择帖子显示页码的按钮，点1回到第一页看最顶上右边标1#的楼层不就是1L了……

...

是的是的，非常感谢您

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2024-12-16 11:25:41

暖身贴发表于 2024-12-16 11:04
感谢老师的回复，我接触这一块没多久，想请问老师，方不方便分享一下您说的1L，学生在哪可以找到，我非常 ...

在右上角或者右下角有选择帖子显示页码的按钮，点1回到第一页看最顶上右边标1#的楼层不就是1L了……

原来你的问题单独发了一帖，但因为这个问题过于常见而被合并到答疑专帖了，现在1楼的楼主就是社长，解决方法也说得很明确了。

暖身贴 发表于 Post on 2024-12-16 11:04:44

sobereva 发表于 2024-12-13 14:50
以后别再问这种问题，1L已我说得明确得没法更明确

并且别管那叫官网教程，根本就不是官网，看http://b ...

感谢老师的回复，我接触这一块没多久，想请问老师，方不方便分享一下您说的1L，学生在哪可以找到，我非常想学习

sobereva 发表于 Post on 2024-12-13 14:50:37

暖身贴发表于 2024-12-13 12:51
您好，我按照官网教程（蛋白配体复合物教程）模拟我自己的复合物，我使用的是amber99力场，sobtop生成了配 ...

以后别再问这种问题，1L已我说得明确得没法更明确

并且别管那叫官网教程，根本就不是官网，看http://bbs.keinsci.com/thread-48043-1-1.html

sobereva 发表于 Post on 2024-12-13 14:48:54

pkuchemistry 发表于 2024-12-13 12:52
sob老师不要着急，错误的提示是unk.tpr中的问题，我展开了unk.tpr文件，发现atomtypes是在moleculetypes ...

连itp和tpr都分不清

第一句话不是你该说的

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