|
发布时间: 2024-5-21 02:30
正文摘要:现在问GROMACS用grompp时出现Invalid order for directive atomtypes的报错现在在计算化学公社论坛里、思想家公社QQ群里简直成了周经甚至半周经问题，我都在论坛里回复过无数遍。以后再有问这个的，我一律直接合并到 ... |
|
本帖最后由 student0618 于 2024-10-4 20:29 编辑 建议将这帖置顶或放推荐主题。 |
|
VEM.itp的[atomtypes]出现在了HPMCAS.itp的[molecular type]之后 把两个文件的[atomtypes]字段合并后，放在topol.top文件中的[default]字段下面 看http://bbs.keinsci.com/thread-45783-1-1.html |
|
本帖最后由 dandanhu 于 2024-8-21 20:12 编辑 各位老师，我想通过gromacs计算有机物小分子与聚合物的分子动力学，这两个分子（结构如下）的拓扑文件都通过Sobtop获得（由于聚合度较小，这两个分子都按照Sob老师给出的 例2 ，基于GAFF力场获得）。 
在建好盒子，溶剂化后，体系不带电荷未添加离子，直接进行能量最小化，运行 gmx grompp -f minim.mdp -c solv.gro -p topol.top -o em.tpr 命令报错
不知道是topol.top文件问题还是分子的itp文件的问题，烦请各位老师指教！ 附上topol.top文件与itp文件 topol.top文件： [ defaults ] ; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ 1 2 yes 0.5 0.8333 #include "HPMCAS.itp" #include "VEM.itp" ; Include water topology #include "spc.itp" [ system ] HPMCAS in water [ molecules ] ; Molecule nmols HPMCAS 4 VEM 6 SOL 32385 itp文件： 
VEM.itp
(25.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)
HPMCAS.itp
(232.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)
|
student0618 发表于 2024-6-30 20:18 好的，谢谢老师 |
|
本帖最后由 student0618 于 2024-6-30 20:21 编辑 http://bbs.keinsci.com/thread-45783-1-1.html Try to use the search function of this forum, this is a frequently asked question. |
|
各位老师好，我按照论坛首页的蛋白-配体分子分子动力学模拟流程进行，我的topol.top文件是这样的，MOL.itp是我用sobtop产生的配体分子的itp文件，posre.itp是gmx pdb2gmx指令生成的蛋白质限制势itp文件。配体分子的限制势我用gmx genrestr指令产生为posre_mol.itp文件，之后按照流程在MOL.itp文件的末尾进行了相关语句添加，如下图。
但是在我之后进行gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -o ions.tpr -p topol.top -maxwarn 1后，提示这样的错误，如下图
想问一下老师们，我是哪一步出错了？ |
| 请问老师，这个是怎么处理呢 |
|
topol.top
(2.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)
yibinchun.itp
(8.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)
|
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2024-11-23 01:46 , Processed in 0.190456 second(s), 27 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites