计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)

  [复制链接 Copy URL]

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

46#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-6 10:59:06 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-11-6 10:56
好的,谢谢老师,老师,我看您说用1fs可以不加约束去做nvt、npt,然后我做了也没有报错,那我想问您跑md ...

2fs加约束省时间,所以通常都用这种
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

24

帖子

0

威望

105

eV
积分
129

Level 2 能力者

47#
发表于 Post on 2022-11-6 11:35:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-6 10:59
2fs加约束省时间,所以通常都用这种

老师,如果2fs,加约束报错了,用1fs不加约束成功了,结果可信吗?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

48#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-6 13:55:39 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-11-6 11:35
老师,如果2fs,加约束报错了,用1fs不加约束成功了,结果可信吗?

没其它前提不好说有没有其它硬伤,但只针对这一点来说,没必然问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

24

帖子

0

威望

105

eV
积分
129

Level 2 能力者

49#
发表于 Post on 2022-11-6 15:31:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-6 13:55
没其它前提不好说有没有其它硬伤,但只针对这一点来说,没必然问题

好的谢谢老师,老师我用完1fs不加约束跑完npt可以直接md吗?看您在问答里面说等体系弛豫了在换用2fs加约束试。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

50#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-7 10:07:12 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-11-6 15:31
好的谢谢老师,老师我用完1fs不加约束跑完npt可以直接md吗?看您在问答里面说等体系弛豫了在换用2fs加约 ...

语义不明
本来NPT就是MD用的系综的一种
表述必须严谨、清楚
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

24

帖子

0

威望

105

eV
积分
129

Level 2 能力者

51#
发表于 Post on 2022-11-9 15:58:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-7 10:07
语义不明
本来NPT就是MD用的系综的一种
表述必须严谨、清楚

好的老师,就是我用1fs不加约束去执行完npt,可以直接进行下一步吗?还是说再来一步2fs加约束的npt?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

52#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-10 11:06:53 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-11-9 15:58
好的老师,就是我用1fs不加约束去执行完npt,可以直接进行下一步吗?还是说再来一步2fs加约束的npt?

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

2

帖子

0

威望

29

eV
积分
31

Level 2 能力者

53#
发表于 Post on 2024-4-16 12:10:25 | 只看该作者 Only view this author
你好老师,想问一下这个目录是有指定路径吗,我把RESP.sh以及摩尔结构文件放在一起,运行Multiwfn检索不到文件

微信图片_20240416120038.png (106.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

微信图片_20240416120038.png

微信图片_20240416120243.png (69.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

微信图片_20240416120243.png

微信图片_20240416120234.png (32.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

微信图片_20240416120234.png

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

54#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-17 04:24:42 | 只看该作者 Only view this author
qixun 发表于 2024-4-16 12:10
你好老师,想问一下这个目录是有指定路径吗,我把RESP.sh以及摩尔结构文件放在一起,运行Multiwfn检索不到 ...

执行脚本的命令是在linux的终端里运行的,而不是在Multiwfn程序里运行的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 01:08 , Processed in 0.175504 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list