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楼主 Author: sobereva
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[Sobtop] 使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件

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发表于 Post on 2025-9-23 21:59:48 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,这个方法可以用来计算蛋白质和金属离子的配位键吗?
如果可以,但蛋白质过大,只计算金属离子5埃范围内的蛋白质可以吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-24 03:51:00 | 只看该作者 Only view this author
qq298650 发表于 2025-9-23 21:59
Sob老师您好,这个方法可以用来计算蛋白质和金属离子的配位键吗?
如果可以,但蛋白质过大,只计算金属离 ...

“计算蛋白质和金属离子的配位键”指代不明,不知道你要算什么
如果你只是想维持配位结构不变形,平衡键长、键角用量子化学优化出来的极小点结构对应的参数,力常数自己猜个不大不小的就直接能实现目的
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发表于 Post on 2025-9-24 14:31:54 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师的回复。

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