使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件

naoki · 发表于 Post on 2022-7-31 22:48:18

sobereva 发表于 2022-7-31 22:26
MMFF94原子电荷的计算从原理上就没法设总电荷。换句话说只能算中性体系的原子电荷。

sob老师好，谢谢您的回复。
还想请教一下您，我想算的是周期性COF晶体的电荷用于md，这个COF臂上带有吡啶阳离子结构，整体COF骨架荷正电（如下图a所示）。虽然我的mol2文件里已经定义好了键型，但一些基于成键关系获取电荷的程序都不能正确识别图a结构，而实识别为图b这种还原态结构（实际上mol2文件里吡啶环的成键方式为ar共振式，不是双键）。正确结构应该是左边a，比右边b少两个电子。

这么看来貌似只能通过量子化学的方法获取原子电荷了。对于这个COF，我目前打算用multiwfn载入QE的输出文件来计算它晶胞的MK电荷（跑md的时候我打算给COF增加位置限制势），然后再带着电荷扩胞用于md计算，不知这个做法是否正确可行，您觉得怎样的操作更为合适呢。还有一个问题就是对于这种骨架上有吡啶阳离子结构的周期性COF，sobtop能否正确识别gaff原子类型生成拓扑文件呢，谢谢您~

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-1 00:02:53

naoki 发表于 2022-7-31 22:48
sob老师好，谢谢您的回复。
还想请教一下您，我想算的是周期性COF晶体的电荷用于md，这个COF臂上带有吡 ...

Multiwfn不支持QE产生的波函数。
对于周期性体系做动力学的目的（而且是原子和真空区有接触的情况，如COF），原子电荷可以用CP2K算REPEAT电荷，下文提到了
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

只要mol2文件里记录的连接关系体现出了周期性，就能照常根据化学环境指认GAFF原子类型。

naoki · 发表于 Post on 2022-8-1 00:28:22

sobereva 发表于 2022-8-1 00:02
Multiwfn不支持QE产生的波函数。
对于周期性体系做动力学的目的（而且是原子和真空区有接触的情况，如CO ...

谢谢您的回复！我去试一下您说的方法。我是想让把COF放在溶剂盒子中，在盒子xy平面上跨周期，z轴方向的两侧与有机溶剂和离子接触，用gromacs跑动力学，这样的体系用REPEAT电荷合适吗，谢谢您~

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-1 02:24:54

naoki 发表于 2022-8-1 00:28
谢谢您的回复！我去试一下您说的方法。我是想让把COF放在溶剂盒子中，在盒子xy平面上跨周期，z轴方向的两 ...

可以
记得CP2K算COF的REPEAT电荷的时候只用一层，使得每个原子都能和上下的真空区接触。

naoki · 发表于 Post on 2022-8-1 14:29:10

本帖最后由 naoki 于 2022-8-1 14:31 编辑

sobereva 发表于 2022-8-1 02:24
可以
记得CP2K算COF的REPEAT电荷的时候只用一层，使得每个原子都能和上下的真空区接触。

多谢您的指导，我正在根据您的帖子编译cp2k。还想请教一下您，这个COF晶体是个ABC错层形式，一个晶胞里有三层COF（如下图所示），cif文件中每一层内的原子编号没有明显规律，但是整个晶胞的原子编号顺序是先第一层再第二层再第三层，这种情况下我是不是应该分别把每次层COF提出来加真空层算一遍REPEAT电荷，再按层顺序合并到完整晶胞的文件中呢，感谢~

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-1 22:06:32

naoki 发表于 2022-8-1 14:29
多谢您的指导，我正在根据您的帖子编译cp2k。还想请教一下您，这个COF晶体是个ABC错层形式，一个晶胞里有 ...

可以

XiaoYan · 发表于 Post on 2022-10-18 09:43:23

Sob老师您好，我在使用Sobtop补充参数时发现用Sobtop计算出来的参数值与antechamber功能补充的参数值差异很大，请问这是什么原因导致的呢？第一张图红色方框内是Sobtop计算的结果，第二张图是antechamber和parmchk连用得到的数值。

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-18 16:11:25

XiaoYan 发表于 2022-10-18 09:43
Sob老师您好，我在使用Sobtop补充参数时发现用Sobtop计算出来的参数值与antechamber功能补充的参数值差异很 ...

说清楚体系、说清楚怎么“计算”的

XiaoYan · 发表于 Post on 2022-10-18 17:57:38

sobereva 发表于 2022-10-18 16:11
说清楚体系、说清楚怎么“计算”的

1.体系为带正电荷的LYS
高斯+antechamber连用计算得到frcmod文件，高斯关键词见截图。
2.根据高斯计算得到的fchk文件，通过multiwfn产生chg文件，见下图。利用chg和fchk文件通过sobtob产生所有原子的键长、键角和力常数参数。其中力常数与antechamber产生的参数差异巨大。

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-18 21:11:46

XiaoYan 发表于 2022-10-18 17:57
1.体系为带正电荷的LYS
高斯+antechamber连用计算得到frcmod文件，高斯关键词见截图。
2.根据高斯计 ...

没有叫sobtob的程序

sobtop里你选了什么都没完整体现

Gaussian使用犯了低级错误，理论方法和基组都没写，等于用的默认的HF/STO-3G，结果完全是垃圾

本来sobtop基于Hessian产生力常数的方法和antechamber也没直接可比性。sobtop用的什么在主页里都明确写明了。

yjb · 发表于 Post on 2022-11-22 17:57:48

老师，sobtop也可以像Multiwfn那样在Windows下添加环境变量，让他在任何文件夹下都可以使用吗？

牧生 · 发表于 Post on 2022-11-22 18:31:57

yjb 发表于 2022-11-22 17:57
老师，sobtop也可以像Multiwfn那样在Windows下添加环境变量，让他在任何文件夹下都可以使用吗？

看第六楼

yjb · 发表于 Post on 2022-11-23 09:27:04

牧生发表于 2022-11-22 18:31
看第六楼

谢谢

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-11-24 23:44:27

对于设计卤素的分子，需要用虚拟点描述卤键的情况，GAFF力场不涉及这样的操作，CGenFF有，是否考虑支持？

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-25 01:57:26

喵星大佬发表于 2022-11-24 23:44
对于设计卤素的分子，需要用虚拟点描述卤键的情况，GAFF力场不涉及这样的操作，CGenFF有，是否考虑支持？

我不怎么喜欢CGenFF和CHARMM系的东西

或许目前尚没有文章提出在GAFF力场基础上考虑虚拟点描述卤键的做法，但原理上完全可以自行效仿CGenFF的做法去扩展，程序和力场方面本身不需要做什么变动。

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