使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件

xiaowu759 · 发表于 Post on 2022-2-18 07:00:57

谢谢分享！回帖标记一下。

a9471163 · 发表于 Post on 2022-2-18 18:36:59

本帖最后由 a9471163 于 2022-2-18 19:15 编辑

sobereva 发表于 2022-2-18 06:01
1 否。以后专门写帖子的时候我会系统性说明这些差别
如果追求无脑，姑且用mSeminario，但个别时候也有缺 ...

老师您好，感谢您研发了这么好的工具，想请教一下：
1、我看到您本文中的示例是使用了“优先用GAFF原子类型，缺的自动用UFF力场的”。请问后续能否提供一个选项是“优先用GAFF原子类型，缺的自动用Merz力场的，如果Merz力场里也没有，再去搜索使用UFF力场的”。据我了解，Merz力场为一些金属离子优化过参数，这些金属离子的参数可能比UFF力场的更精确一些。

2、对于不常见元素，文献有时候会自己开发、测试并使用一套参数，请问是否支持把文献所用的参数手写到一个文本文件，然后用sobtop为特定的元素导入这套参数

3、我本人之前非常喜欢用GAFF力场，所有有机体系都是先考虑GAFF力场，后来在模拟一个氮、氧掺杂石墨烯时，发现GAFF力场对包含环氧基的六元环模拟失真（我个人能力有限，不清楚是acpype的问题还是GAFF力场本身的参数不够，拓扑是acpype产生后没修改直接用,现象在环氧基密度较高的区域才能体现的比较明显，所以当时这个模拟用的石墨烯是高度氧化的），这种失真体现在http://bbs.keinsci.com/thread-26918-1-1.html中13楼的贴图，即发现C原子所连的所有原子会有可能处于该C原子的同侧，造成环的不合理形变（测试也表明，这种现象跟RESP电荷无关，1）当不使用任何电荷时也有这种问题；2）在OPLS-AA力场下用一套不合理的RESP2（0.5）做过计算，当时报lincs warning的错误，模拟一段时间后崩溃，但所有的六元环都未观察到有GAFF力场下的这种形变的）。

测试发现在使用OPLS-AA力场时与C相连的所有原子不会都处于该C原子的同侧，而是必然有位于异侧的，所以是可以维持正常的C基面的形貌，UFF力场与OPLS-AA的结果一致。而CGenFF力场与GAFF力场的结果一致。有网友在帖子http://bbs.keinsci.com/thread-26918-1-1.html中的14楼和20楼留言认为这个问题可能是GAFF力场内置参数不够造成的，目前也只发现这一例，似乎是OPLS-AA模拟得更好，但也不确定探究所得的结论是否正确，想借此机会请教您一下。我非常赞同您说的GAFF力场相比于OPLS-AA的优势，以后能用GAFF的还是优先选用

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-19 09:28:54

a9471163 发表于 2022-2-18 18:36
老师您好，感谢您研发了这么好的工具，想请教一下：
1、我看到您本文中的示例是使用了“优先用GAFF原子 ...

1 正式版里Sobtop里会有个Merz的LJ参数文件，想用Merz的代替UFF的参数就把Merz的参数放到User_LJ.dat文件里。

并不能说Merz的LJ参数就比UFF的合理。Merz的参数甚至对于重现不同属性都有不同参数，再加上配合物中金属所处的化学环境各有不同，单纯对于描述配合物与其它分子的范德华相互作用来说，金属用重现特定属性来拟合的Merz的参数很可能还不如UFF的。再加上配合物里过渡金属原子一般就一两个，过渡金属的LJ参数对于模拟实际问题并不会有太大影响。

2 支持。自己把参数写进User_LJ.dat文件就完了

3 我喜欢GAFF关键在于GAFF的原子类型定义得清楚明白。至于成键相关参数，并非GAFF就比其它的更好。根据和量子化学算的振动频率对比，对于多数情况，bond和angle项改用modified Seminario基于体系实际的Hessian算的k比用GAFF的会明显更好。

naoki · 发表于 Post on 2022-2-20 13:04:00

Sob老师竟然搞出了这种好东西
偶这OPLS党要转GAFF了

ggdh · 发表于 Post on 2022-2-20 16:33:42

这个工具好像完全不依赖其他的工具(multiwfn除外)?

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-20 17:18:00

ggdh 发表于 2022-2-20 16:33
这个工具好像完全不依赖其他的工具(multiwfn除外)?

对
依赖得越多，用户用起来越困难

不过里面有个自动指认MMFF94原子电荷的功能，用户要用的话需要在ini文件里正确填入OpenBabel的可执行文件路径

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-2-21 16:29:47

sob老师，此程序能否替代gmx中金属蛋白模拟时候所需要用到的MCPB.py？

牧生 · 发表于 Post on 2022-2-21 20:02:48

本帖最后由牧生于 2022-2-21 20:03 编辑

刚发现sobtop可以在几秒内，基于GAFF，建立丙烯酰胺-丙烯酸线型共聚物的itp，但聚合度也就200而已，再提高聚合度到300就不行了。
在将来，sobtop能不能支持建立更高聚合度的线型聚合物呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-21 20:08:02

牧生发表于 2022-2-21 20:02
刚发现sobtop可以在几秒内，基于GAFF，建立丙烯酰胺-丙烯酸线型共聚物的itp，但聚合度也就200而已，再提高 ...

我不知道你具体遇到了什么情况，怎么不行
如果是调用atomtype识别原子类型的地方太慢，这没办法解决，只能用其它方法指认原子类型，比如从文件里直接读取，或者基于连接关系判断原子类型（正式版才有此功能）

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-21 20:09:32

sun877469558 发表于 2022-2-21 16:29
sob老师，此程序能否替代gmx中金属蛋白模拟时候所需要用到的MCPB.py？

MCPB.py不是直接用于gmx的
可能可以也可能不可以，目前还没专门考虑这种情况。就算直接不行，稍微扩展一下也能实现

牧生 · 发表于 Post on 2022-2-21 20:54:27

本帖最后由牧生于 2022-2-21 20:55 编辑

sobereva 发表于 2022-2-21 20:08
我不知道你具体遇到了什么情况，怎么不行
如果是调用atomtype识别原子类型的地方太慢，这没办法解决，只 ...

已经发现问题所在。Running: atomtype -i F:\sobtop\sobtop_1.0(dev)\sobtop_1.0(dev)\polymer.mol2 -f mol2 -o MOL.ac -d ATOMTYPE_GFF.DEF
Info: The number of rings (4000) exceeded the default (1000).

因为分子链较长，在这个地方卡住了而已，我以为超过1000就不行了。。实际上，等十几秒 ~ 一分钟就好了。然后就能正常生成了。

世间竟有如此好物，建立线型聚合物不费吹灰之力，我等懒人福音。

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-2-21 21:23:59

sobereva 发表于 2022-2-21 20:09
MCPB.py不是直接用于gmx的
可能可以也可能不可以，目前还没专门考虑这种情况。就算直接不行，稍微扩展一 ...

嗯嗯，对于gromacs用户来说，每次都要使用amber的MCPB.py再转换为gmx格式文件，如果sobtop能更简单更直接的gmx文件，那就很好了！期待。

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-3 15:58:23

jitou11 发表于 2022-3-3 11:27
我之前用过MCPB.py，我印象中是不可以的。MCPB.py的思路类似于QM/MM，它先是按与金属离子距离确定配体有 ...

我仔细看过MCPB.py的文章，没兴趣搞那么复杂。而且由于GROMACS没有AMBER那种leap工具，弄成MCPB.py的流程形式本来也不方便。
本身直接借助Sobtop算金属蛋白也不费事，自己挖个簇做opt freq，得到Hessian后用Sobtop自带的功能算出来需要的bond和angle的参数，然后在gromacs的拓扑文件里，在[intermolecular_interactions]里给金属和配位原子之间加入[bonds]和[angles]就完了。也没多费事，可控性还强，一个简单教程就能解释清楚。

Sobtop不会去支持AMBER，AMBER的拓扑文件乱死了。而且十几年前我从AMBER转投GROMACS后就不怎么用AMBER了。

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-3-11 16:57:46

sobereva 发表于 2022-3-3 15:58
我仔细看过MCPB.py的文章，没兴趣搞那么复杂。而且由于GROMACS没有AMBER那种leap工具，弄成MCPB.py的流程 ...

如果sob老师有精力的话，还是请老师做一个算金属蛋白教程，因为对于gmx用户来说，用MCPB.py做实在是复杂，还要再转成gmx，增加了很多工作量

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-12 05:14:38

sun877469558 发表于 2022-3-11 16:57
如果sob老师有精力的话，还是请老师做一个算金属蛋白教程，因为对于gmx用户来说，用MCPB.py做实在是复杂 ...

最近没时间，有时间会写一个

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