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楼主 Author: sobereva
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[Sobtop] 使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-12 05:14:38 | 只看该作者 Only view this author
sun877469558 发表于 2022-3-11 16:57
如果sob老师有精力的话,还是请老师做一个算金属蛋白教程,因为对于gmx用户来说,用MCPB.py做实在是复杂 ...

最近没时间,有时间会写一个
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-3-16 09:52:22 | 只看该作者 Only view this author
sobtop有一个重复的选项 如图4和6

OU]XFKWUW9{0$B4T9RG(3FJ.png (16.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 54)

OU]XFKWUW9{0$B4T9RG(3FJ.png

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发表于 Post on 2022-3-16 22:50:28 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2022-3-16 09:52
sobtop有一个重复的选项 如图4和6

两个“above”指代的内容不一样
- 向着虚无前进 -

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发表于 Post on 2022-3-20 10:17:05 | 只看该作者 Only view this author
这个简直太棒了

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发表于 Post on 2022-3-29 11:35:55 | 只看该作者 Only view this author
老师 您好我想问一下 ,我用sobtop 做环丁砜 的gromacs 的 itp文件 ,但是我发现 非键相互作用只给出一种 C 的sigma (nm)    epsilon (kJ/mol)   在原子电荷上是给出的两种C的电荷,我觉得从C的环境上 应该是两种C,这种情况应该怎么办?

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发表于 Post on 2022-3-30 12:02:55 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,请问我用Multiwfn处理金属配合物的RESP电荷是,提示Too many symmetry operations. Try a lower tolerance,但我设置更小的tolerance(0.09,0.08……)以后提示“Detected point group: C1 No symmetry-equivalence atoms were found”。请问这种情况怎么处理呢?谢谢~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-1 01:29:09 | 只看该作者 Only view this author
竹会飞 发表于 2022-3-29 11:35
老师 您好我想问一下 ,我用sobtop 做环丁砜 的gromacs 的 itp文件 ,但是我发现 非键相互作用只给出一种 C ...

指认原子类型那一步仔细看屏幕上已指认的原子类型的解释,凭化学常识判断原子类型指认得对不对,不对就自己手动修改(根据LJ_param.dat里的原子类型的注释手动设为更合适的原子类型)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-1 01:31:04 | 只看该作者 Only view this author
heiheihaha 发表于 2022-3-30 12:02
Sob老师您好,请问我用Multiwfn处理金属配合物的RESP电荷是,提示Too many symmetry operations. Try a low ...

如果目前官网上的最新版本Multiwfn也这样,把你的输入文件压缩后上传,说明具体操作步骤
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发表于 Post on 2022-5-11 09:50:44 | 只看该作者 Only view this author
感谢,有了这个再也没用过网站上的其他力场工具了。顺便请问社长,基于sobtop得到的配体是力场是GAFF的,与AMBER力场配套,在生物组分选择力场时选择amber99sb-ildn可以吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-11 20:13:01 | 只看该作者 Only view this author
youknowdcf 发表于 2022-5-11 09:50
感谢,有了这个再也没用过网站上的其他力场工具了。顺便请问社长,基于sobtop得到的配体是力场是GAFF的,与 ...

可以
不过这年头最好用AMBER14SB或AMER19SB
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sobereva 发表于 2022-5-11 20:13
可以
不过这年头最好用AMBER14SB或AMER19SB

感谢社长,刚看了http://bbs.keinsci.com/thread-15094-1-1.html里的链接地址,但发现gmx的页面改版了,找不到user-contributions页面了,也找不到amber14sb和19sb了,想厚颜向社长讨要一下

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发表于 Post on 2022-7-30 19:39:25 | 只看该作者 Only view this author
感谢社长,Sobtop后期版本会将INTERFACEFF参数写进User_LJ.dat文件吗?研究材料界面作用的用户应该很多。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-31 03:40:32 | 只看该作者 Only view this author
阿di达思 发表于 2022-7-30 19:39
感谢社长,Sobtop后期版本会将INTERFACEFF参数写进User_LJ.dat文件吗?研究材料界面作用的用户应该很多。

现在没明确打算,也没时间弄
如果有谁有兴趣写一份我也欢迎
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发表于 Post on 2022-7-31 16:03:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 naoki 于 2022-7-31 17:08 编辑

sob老师好,我想请教您一下sobtop能否在调用openbabel生成MMFF94电荷的时候设置体系总电荷为某一定值,谢谢~
好像openbabel的MMFF94插件本身就没有设定net charge的地方

No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-31 22:26:51 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2022-7-31 16:03
sob老师好,我想请教您一下sobtop能否在调用openbabel生成MMFF94电荷的时候设置体系总电荷为某一定值,谢谢 ...

MMFF94原子电荷的计算从原理上就没法设总电荷。换句话说只能算中性体系的原子电荷。
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