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楼主 Author: yumingsuxmu
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[Multiwfn资源与经验] 基于Multiwfn的分子机器学习助手:MultiwfnMLhelper

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傻傻的木瓜

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发表于 Post on 2025-10-19 12:01:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-10-19 12:02 编辑
〇66 发表于 2025-10-19 11:35
是的老师,我是在这个帖子http://sobereva.com/426和手册里ctrl+F搜索“Mol_Size_2”这个关键词,但是没 ...

完全找错地方了,这种变量名并不是社长的multiwfn直接输出的而是楼主自定义于脚本的,得到MultiwfnMLhelper.py里面找并结合python知识理解。实际上第1页就有列表但格式不工整且解释不完善。这个关键词对应的部分代码是
  1.     for line in lines:
  2.     [omitted]
  3.         elif ' Length of the three sides:' in line:
  4.             mol_size = list(map(float, re.findall(r'([\d.]+)', line)))
  5.             sorted_mol_size = sorted(mol_size)
  6.             mol_size_short = sorted_mol_size[0]
  7.             mol_size_2 = sorted_mol_size[1]
  8.             mol_size_l = sorted_mol_size[2]
  9.             length_ratio = mol_size_l / sum(mol_size)
  10.             len_div_diameter = mol_size_l / (2 * mol_radius)
复制代码
这相当于定位到multiwfn输出文件中有“Length of the three sides:”的行,存入并排序该行所有浮点数(一共3个);由于sorted()函数按升序排列,故最小的边长mol_size_short在第1个元素sorted_mol_size[0],最大的边长mol_size_l在第3个元素sorted_mol_size[2],中间的边长mol_size_2在第2个元素sorted_mol_size[1]。(变量命名实在好乱,又缺乏清晰文档,所以出这种问题并不怪用户。)
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2025-10-19 12:16:52 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-10-19 12:01
完全找错地方了,这种变量名并不是社长的multiwfn直接输出的而是楼主自定义于脚本的,得到MultiwfnMLhelp ...

原来是这样,感谢你耐心详细的解答,我目前还没有python基础,那后续找别的描述符的物理意义感觉也是怪麻烦的==只能一个帖子一个帖子的盯对了。

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63#
发表于 Post on 2025-10-20 00:16:20 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-10-19 11:35
是的老师,我是在这个帖子http://sobereva.com/426和手册里ctrl+F搜索“Mol_Size_2”这个关键词,但是没 ...

把我前面提到的601博文完整看一遍,99%的描述符是什么含义、怎么算的,你应该就能了解了,剩下的极少数糊涂的可以发帖问楼主
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-10-20 09:08:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-20 00:16
把我前面提到的601博文完整看一遍,99%的描述符是什么含义、怎么算的,你应该就能了解了,剩下的极少数糊 ...

好的老师 我完整看一遍 谢谢

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发表于 Post on 2025-11-20 13:34:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Eternal 于 2025-11-20 14:29 编辑

楼主提供的Step_1.txt1是不是可以完善一下,Step_1.txt1末尾改为

2
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-1
q
不改的话会提示forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit -4, file CONIN$




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