dalton计算磷光速率问题

yezhonghua · 发表于 Post on 2017-3-31 18:33:54

看到论坛以前有人提起过用dalton计算过磷光速率的帖子，但是不是特别懂，想请教一下大神么？
首先构建mol文件，因为dal文件是不变的。mol文件我先从CCDC中获得Irppyacac的cif文件，然后用mercury打开，然后save as .mol2格式的文件，用Gview打开后保存为gjf格式文件，这样就得到了原子的坐标文件，然后换算成A单位，得到Irppyacac.mol 。但是计算的结构和文献相差特别大，怀疑从cif构建mol文件的过程中原子坐标有问题，因为dal文件用来计算其他分子，结果和文献相近。
请教一下如何通过cif文件构建dalton的mol文件，谢谢！

ggdh · 发表于 Post on 2017-3-31 20:52:10

本帖最后由 ggdh 于 2017-3-31 20:59 编辑

dalton 默认的单位是bohr
在下面这一行里面加Angstrom试试
Atomtypes=5 Charge=0 Nosymmetry Angstrom

话说你算磷光不先优化下三线态么？

yezhonghua · 发表于 Post on 2017-3-31 21:16:50

ggdh 发表于 2017-3-31 20:52
dalton 默认的单位是bohr
在下面这一行里面加Angstrom试试
Atomtypes=5 Charge=0 Nosymmetry Angstrom

谢谢，你的意思是我通过晶体结构提取的gjf在进行UDFT优化T1构型后，得到dalton的mol文件进行磷光计算？
文献上说是基于基态进行translation moment计算，所以我没有优化T1。

yezhonghua · 发表于 Post on 2017-3-31 21:17:44

ggdh 发表于 2017-3-31 20:52
dalton 默认的单位是bohr
在下面这一行里面加Angstrom试试
Atomtypes=5 Charge=0 Nosymmetry Angstrom

那请问我这样通过cif获得mol的原子坐标信息有没有问题，因为mol坐标中Z坐标太大了，不太可信。谢谢

ggdh · 发表于 Post on 2017-3-31 23:32:32

本帖最后由 ggdh 于 2017-3-31 23:33 编辑

yezhonghua 发表于 2017-3-31 21:17
那请问我这样通过cif获得mol的原子坐标信息有没有问题，因为mol坐标中Z坐标太大了，不太可信。谢谢

你用gv看结构正常就没有问题。嫌Z坐标太大的话那就在gv里面弄一下edit --》 symmtrize。
文献不优化那是文献偷懒。也有可能是优化后和实验值对不上。。你盲目效仿文献的偷懒做法有被审稿人质疑的风险。

小范范1989 · 发表于 Post on 2017-4-1 08:10:45

yezhonghua 发表于 2017-3-31 21:17
那请问我这样通过cif获得mol的原子坐标信息有没有问题，因为mol坐标中Z坐标太大了，不太可信。谢谢

你这个保存了坐标来做应该不对吧
cif测量，应该是基态的吧。有周围环境分子的影响。
你用dalton计算磷光或者SOC的时候，不应该是基于优化的T1的结构？
你可以通过dalton优化T1。然后在计算磷光或者SOC

yezhonghua · 发表于 Post on 2017-4-6 08:44:34

小范范1989 发表于 2017-4-1 08:10
你这个保存了坐标来做应该不对吧
cif测量，应该是基态的吧。有周围环境分子的影响。
你用dalton计算磷 ...

我一般是通过g09的UDTF进行T1的优化（有的用TD-DFT进行优化的），然后再次利用dalton进行磷光速率计算的。dalton和g09对于T1的优化结构应该不会相差很大吧？
另外问一下，dalton2016计算得到的磷光寿命不需要除以3吧？
谢谢！

yezhonghua · 发表于 Post on 2017-4-6 08:46:31

ggdh 发表于 2017-3-31 23:32
你用gv看结构正常就没有问题。嫌Z坐标太大的话那就在gv里面弄一下edit --》 symmtrize。
文献不优化那 ...

谢谢，加上Angstrom就可以了，应该是单位的问题。
请问T1的优化是UDFT还是TD-DFT，我一般用g09进行T1的优化，然后用dalton计算磷光寿命和速率；dalton直接进行T1的优化不会，请教一下，谢谢！

ggdh · 发表于 Post on 2017-4-6 11:25:17

yezhonghua 发表于 2017-4-6 08:46
谢谢，加上Angstrom就可以了，应该是单位的问题。
请问T1的优化是UDFT还是TD-DFT，我一般用g09进行T1的 ...

用gaussian的udft 优化T1就好。快。也不会被质疑

小范范1989 · 发表于 Post on 2017-4-6 12:02:31

yezhonghua 发表于 2017-4-6 08:44
我一般是通过g09的UDTF进行T1的优化（有的用TD-DFT进行优化的），然后再次利用dalton进行磷光速率计算的 ...

我没有除3.我都是用的他们计算出来的数据。为啥要除以3呢？
beefly大神当时的帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2455
里面应该是2pi的关系吧。

yezhonghua · 发表于 Post on 2017-4-8 14:35:15

ggdh 发表于 2017-4-6 11:25
用gaussian的udft 优化T1就好。快。也不会被质疑

谢谢！

yezhonghua · 发表于 Post on 2017-4-8 14:35:34

小范范1989 发表于 2017-4-6 12:02
我没有除3.我都是用的他们计算出来的数据。为啥要除以3呢？
beefly大神当时的帖子http://bbs.keinsci.co ...

恩恩，看了，是2π的关系，谢谢！

柒月小鱼 · 发表于 Post on 2018-1-17 11:27:52

楼主您好 Dalton2016如果按照beefly大神考虑的打印的振子强度为实际振子强度的1/2pi 代入爱因斯坦自发辐射方程实际的辐射寿命确实在打印的辐射寿命上除以3
这样就有一个问题了我们能不能做一个标准分子来考虑到底是Dalton是对的还是按照beefly大神推爱因斯坦自发辐射方程是对的了

bomsaude · 发表于 Post on 2018-1-18 00:03:37

柒月小鱼发表于 2018-1-17 03:27
楼主您好 Dalton2016如果按照beefly大神考虑的打印的振子强度为实际振子强度的1/2pi 代入爱因斯坦自发辐射 ...

关于计算的寿命是否除以3 的问题，我看Zork在Dalton论坛很早就报告了，但人家却无视，不做回应。。。

柒月小鱼 · 发表于 Post on 2018-1-18 10:24:28

bomsaude 发表于 2018-1-18 00:03
关于计算的寿命是否除以3 的问题，我看Zork在Dalton论坛很早就报告了，但人家却无视，不做回应。。。

我目前想用MOMAP再计算一次辐射速率目前我还有一些问题没有解决但是根据Dalton给出的跃迁偶极矩我大胆猜测MOMAP计算的结果是符合ZORK大神的等两天后计算完了再向您回复

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