分子动力学选择Amber or Gromacs ?

邓仰福 · 发表于 Post on 2021-12-21 20:07:52

请教各位老师，最近开始准备学习分子动力学模拟相关知识，不知用哪个软件使用好点呢，以下括号里的内容是网上看别人说的，自己现在也看不懂这些

看起来好像amber好点但是gromacs用的人也多，所以在此请教下选用哪个软件学习使用呢
（这两三年gmx删了隐式溶剂，不能在真空下跑MD，现在又开始删deffnm,mdrun only, 而amber现在对中国用户也可以免费使用了）

邓仰福 · 发表于 Post on 2021-12-21 20:11:27

另外amber和gmx都可以进行FEP计算叭，不知道fep方面这两款软件是否在精确度或者其他方面有明显优势呢

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-22 01:11:16

先说清楚具体模拟什么
在我来看，但凡适合gromacs跑的问题都优先考虑gromacs。gromacs用户数近乎所有其它动力学程序用户的总和

邓仰福 · 发表于 Post on 2021-12-22 12:57:45

sobereva 发表于 2021-12-22 01:11
先说清楚具体模拟什么
在我来看，但凡适合gromacs跑的问题都优先考虑gromacs。gromacs用户数近乎所有其它 ...

好的好的，是想模拟蛋白和配体复合物，验证对接的可靠性得到最稳定可靠复合物，计算FEP，谢谢您的解答

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-12-22 14:12:35

邓仰福发表于 2021-12-22 12:57
好的好的，是想模拟蛋白和配体复合物，验证对接的可靠性得到最稳定可靠复合物，计算FEP，谢谢您的解答:hu ...

讲道理，gromacs简单好用，用户多同时意味着教程多，你说的这些功能也都有，速度不说最快，还算说得过去。

Amber和NAMD3的话目前来看速度确实快些，而且功能更全面，用起来的话就会复杂一些，同时用户少也意味着教程少得多，要自己慢慢扒手册慢慢试

总结一句话，自己看

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-22 14:47:50

邓仰福发表于 2021-12-22 12:57
好的好的，是想模拟蛋白和配体复合物，验证对接的可靠性得到最稳定可靠复合物，计算FEP，谢谢您的解答:hu ...

GROMACS算这个极度理想

邓仰福 · 发表于 Post on 2021-12-22 15:26:39

sobereva 发表于 2021-12-22 14:47
GROMACS算这个极度理想

好的，谢谢您！

邓仰福 · 发表于 Post on 2021-12-22 15:28:07

喵星大佬发表于 2021-12-22 14:12
讲道理，gromacs简单好用，用户多同时意味着教程多，你说的这些功能也都有，速度不说最快，还算说得过去 ...

谢谢您，打算好好学习使用gromacs

邓仰福 · 发表于 Post on 2021-12-22 20:14:27

sobereva 发表于 2021-12-22 14:47
GROMACS算这个极度理想

麻烦再问下您gromacs版本的问题，下载旧版本好点吧比如2018版功能方面可能更全一点哈（最近两三年gmx删了隐式溶剂，不能在真空下跑MD，现在又开始删deffnm,mdrun only）

Chris——szk · 发表于 Post on 2021-12-22 20:28:08

喵星大佬发表于 2021-12-22 14:12
讲道理，gromacs简单好用，用户多同时意味着教程多，你说的这些功能也都有，速度不说最快，还算说得过去 ...

emm不应该是GPU支持下gromacs更加快一点嘛emm

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-12-22 20:29:01

本帖最后由喵星大佬于 2021-12-22 20:30 编辑

邓仰福发表于 2021-12-22 20:14
麻烦再问下您gromacs版本的问题，下载旧版本好点吧比如2018版功能方面可能更全一点哈（最近两三年gmx删了 ...

不影响，用最新的。装一个21.4的GPU版和18.8的cpu版(不支持新的硬件和cuda版本)

一般跑轨迹的时候不会在隐式溶剂模型下跑的，要用mm-gbsa的话完了之后用老版本rerun就好了。相同硬件新版本速度快得多得多，何况老版本还不支持新的硬件不能用新的gpu，而且新的版本可以把将更多的计算分配给gpu，多gpu并行的时候gpu间通信也优化过了，速度更快

话说deffnm啥时候删了，这就是个命名输出文件的选项而且21.4还用的好好的，真空下MD指啥？非周期性边界静电作用用cut-off不就是真空嘛，这不是最基本的设置嘛啥时候不行了

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-22 21:23:54

邓仰福发表于 2021-12-22 20:14
麻烦再问下您gromacs版本的问题，下载旧版本好点吧比如2018版功能方面可能更全一点哈（最近两三年gmx删了 ...

deffnm目前最新正式版里没有删
你平时的蛋白质模拟根本不牵扯到隐式溶剂模型，而且本来gmx的GB模型做得就不怎么样，速度慢，支持的计算有效Born半径的方法也老，真需要专门用GB来跑的话基本都会用amber。而当需要用MMPBSA的时候，有专门的gmx_mmpbsa程序可以解决，调用外部PB求解程序。
gmx可以在真空下跑MD，只不过必须在有足够的真空区的盒子里跑，而不能当非周期性来跑。你跑蛋白质根本不会涉及到这种情况。
你提到的那些事情没有一个是和你有直接关系的。

GPU加速应当用>=2020版。纯CPU跑建议2018.8

邓仰福 · 发表于 Post on 2021-12-22 21:33:39

sobereva 发表于 2021-12-22 21:23
deffnm目前最新正式版里没有删
你平时的蛋白质模拟根本不牵扯到隐式溶剂模型，而且本来gmx的GB模型做得 ...

好的，学到很多，谢谢您

邓仰福 · 发表于 Post on 2021-12-22 21:39:10

喵星大佬发表于 2021-12-22 20:29
不影响，用最新的。装一个21.4的GPU版和18.8的cpu版(不支持新的硬件和cuda版本)

我也不清楚

我是看网上说gromacs最新版有各种缺陷说不如用gromacs2018

snljty · 发表于 Post on 2021-12-22 21:41:39

喵星大佬发表于 2021-12-22 20:29
不影响，用最新的。装一个21.4的GPU版和18.8的cpu版(不支持新的硬件和cuda版本)

deffnm是开发日志说的，好像是2022版要删...

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[综合交流] 分子动力学选择Amber or Gromacs ?