分子动力学选择Amber or Gromacs ?

Entropy.S.I

关于3080Ti功耗墙怎么拉到400W：
先nvidia-smi -q看一下Max Power Limit是多少，一般较好的非公版卡，这个值都会比较高，比如我的七彩虹3080Ti AD OC，打开挡板上的自动超频BIOS开关，Max Power Limit就是400W。然后sudo nvidia-smi -pl 400，这里“pl”的意思是power limit，即功耗墙。
接着watch nvidia-smi，你就会看到TDP变成了400W。
其他N卡操作方法类似。
需要注意：以上操作在机器上所有卡的Max Power Limit相同时有效，否则最大只能把所有卡的功耗墙设置为第一块卡的Max Power Limit值。

拉功耗墙的好处是满载时频率更高。如果愿意折腾，也可以玩玩超频，Linux下N卡的超频在网上有教程。不过我不推荐日常跑生产力任务时超频，实在是不稳定。

naoki

sobereva 发表于 2021-12-23 12:30

感觉能快不少，谢谢Sob老师~

喵星大佬

biogon 发表于 2021-12-23 15:14
现在同硬件还是amber快吧

http://bbs.keinsci.com/thread-27072-1-1.html

看里面的回答

夏一天

请问GPU加速上,gromacs2019.6远小于 gromacs2020.6，但是否是 gromacs2020.6 <  gromacs2021.4 < gromacs2022 ？这三个差距大还是已差别不大？

牧生

夏一天 发表于 2021-12-25 11:44
请问GPU加速上,gromacs2019.6远小于 gromacs2020.6，但是否是 gromacs2020.6 <  gromacs2021.4 < gromacs20 ...

据我自己的使用感受，6149双路+3090，   2019.6≈2021.4
我不认为“gromacs2019.6远小于 gromacs2020.6”。

Entropy.S.I

夏一天 发表于 2021-12-25 11:44
请问GPU加速上,gromacs2019.6远小于 gromacs2020.6，但是否是 gromacs2020.6 <  gromacs2021.4 < gromacs20 ...

2020和2021速度几乎没有差别

喵星大佬

牧生 发表于 2021-12-25 12:03
据我自己的使用感受，6149双路+3090，   2019.6≈2021.4
我不认为“gromacs2019.6远小于 gromacs2020.6[ ...

印象中-update gpu是2020新加的，你确认一下版本对应的环境变量没弄错？

再就是想再提速30%可以上A40，或者是A6000(这个更容易买到也更便宜)，当时和NV的人交流结论就是用Gromacs两张A40然后NVLink插满，再多的基本没意义了，Gromacs是那几个MD程序里唯一用A100不是最快的(2-4卡时不如A40/A6000)

牧生

喵星大佬 发表于 2021-12-25 15:36
印象中-update gpu是2020新加的，你确认一下版本对应的环境变量没弄错？

再就是想再提速30%可以上A40 ...

我的机子同时装了2018.8,   2019.6    2020.6    2021.4   你这么一说，我还真有点怀疑我是不是弄错了。我周一上班去办公室的时候再确认一下。到时候再反馈。

为了提速30%，那加钱的幅度得100%或更多，人间不值得  
1080TI已经很好了，3090更是人间极品，更高的我就不去想了

喵星大佬

牧生 发表于 2021-12-25 15:49
我的机子同时装了2018.8,   2019.6    2020.6    2021.4   你这么一说，我还真有点怀疑我是不是弄错了。 ...

再上一张3090和桥接器，也是可以的，Gromacs在双卡时效率相当高，这个应该是速度仅次于双A100和双A40/A6000的方案了，速度非常接进前面的了，相对于单3090要有提速90%吧，估计有双A100的85%或者双A6000的92%

牧生

喵星大佬 发表于 2021-12-25 15:36
印象中-update gpu是2020新加的，你确认一下版本对应的环境变量没弄错？

再就是想再提速30%可以上A40 ...

-update gpu  针对2018.8无效，对2019.6及以后版本是有效的。未测试2019前几个版本。

喵星大佬

牧生 发表于 2021-12-27 07:06
-update gpu  针对2018.8无效，对2019.6及以后版本是有效的。未测试2019前几个版本。

https://developer.nvidia.com/blo ... -with-gromacs-2020/

看着里面说的有点区别
不过主要提升在多GPU方面，快出去相当多，但并行效率仍然远不及Amber和NAMD的完美线性

牧生

喵星大佬 发表于 2021-12-25 15:55
再上一张3090和桥接器，也是可以的，Gromacs在双卡时效率相当高，这个应该是速度仅次于双A100和双A40/A60 ...

gromacs双卡，你的意思是两个卡跑同一个gmx任务吧。这样的话，命令是怎样的啊。

喵星大佬

牧生 发表于 2021-12-27 14:42
gromacs双卡，你的意思是两个卡跑同一个gmx任务吧。这样的话，命令是怎样的啊。

看上面那个链接

牧生

喵星大佬 发表于 2021-12-27 14:54
看上面那个链接

原来，NVLink是实体的硬件，这下子明白了。是我孤陋寡闻了。

喵星大佬

牧生 发表于 2021-12-27 15:21
原来，NVLink是实体的硬件，这下子明白了。是我孤陋寡闻了。

是的，30系消费级只有3090有，而且和Gromacs的多卡并行效率关系很大
多卡并行优化看上面那个nVidia的博客就好了