Amber14安装方法

sobereva

Amber14安装方法

Installation method of AMBER14

文/Sobereva @北京科音   2014-Nov-22

编译环境：RHEL6U1-64bit, root, bash。硬件：Core 2 Q6600，GTX770。安装到/sob/amber14。用的编译器、MPI库版本在文中都已经注明了，其它软件环境下不保证能按此文方法顺利编译，请根据错误提示自行解决。

Amber越来越多的东西都被挪到免费开源的AmberTools里面了。Amber14只剩PMEMD一个模块了，其它所有模块，包括曾经amber最核心的sander，都已经弄到AmberTools14里了。可以说，光靠AmberTools就已经足够进行动力学模拟了。如果需要更快的速度和GPU加速，才需要花钱买Amber。

====准备工作====

准备好Amber14.tar.bz2，去官网免费下载AmberTools14.tar.bz2。

安装ifort,icc 12.1.0到默认路径（其它版本我没试过）。MKL对性能影响很小，这里不用MKL。

编译openmpi：
去http://www.open-mpi.org下载OpenMPI 1.6.5（更新的版本大抵也可以，笔者没测试），解压到/sob目录下，进入其目录，运行
./configure CC=icc CXX=icpc FC=ifort F77=ifort; make all install
此时openmpi的可执行文件、库文件、头文件等就被装到了/usr/local里面的对应目录下。

然后在.bashrc里加上
export AMBERHOME=/sob/amber14
export PATH=$PATH:$AMBERHOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$AMBERHOME/lib

运行bash使环境变量生效。

进入/sob目录，将AmberTools14.tar.bz2在当前目录下解压。将Amber14.tar.bz2也在当前目录下解压，这会合并掉一些目录，覆盖几个文件。然后amber14目录下应该会看到Ambertools、src、benchmarks等目录。

要保持联网畅通，以使得安装程序能自动使用官网上的补丁。

====编译串行版本====

cd /sob/amber14
./configure intel，程序检测到有补丁文件，输入y。

运行make install开始编译，耗时20多分钟。
运行make test进行测试。测试时间相当长，两个小时左右。测试内容包括面向第三方量化程序的QMMM接口，如果机子上有gaussian、orca、terachem等等，在测试过程中都会被调用。笔者这里有11个测试failure，大部分是和orca有关的，这无关紧要。测试结果在/sob/amber14/logs目录下有汇总。

====编译并行版本====

./configure -mpi intel
make install
会在bin目录下生成MMPBSA.py.MPI、pmemd.amoeba.MPI、pmemd.MPI、sander.LES.MPI、sander.MPI等带.MPI后缀的文件。

进行测试，-np后面是测试时用的核数。
export DO_PARALLEL="mpirun -np 4"
make test
一般的四核机子应该大概在半个小时内完成。笔者458个测试悉数通过。

编译OpenMP并行版NAB和Cpptraj
./configure -openmp intel
make openmp
编译出来的名字和串行版本一样仍叫nab和cpptraj。

====编译GPU版PMEMD====

先去nVidia网站下载并安装CUDA toolkit到默认路径，笔者用的是5.5。然后在.bashrc里加入
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda-5.5
export PATH=$PATH:$CUDA_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$CUDA_HOME/lib64
运行bash使之生效

cd /sob/amber14
./configure -cuda intel
make install
./configure -cuda -mpi intel
make install
很快就编译完了，bin目录下产生了pmemd.cuda和pmemd.cuda.MPI。这是默认的SPFP版本，是精度和速度的最佳平衡。还有种DPFP版本，把-cuda改为-cuda_DPFP就可以编译，精度更高但计算消耗也明显更高，一般没必要。

测试串行版GPU版
make test.cuda
测试并行版GPU版
export DO_PARALLEL="mpirun -np 4"
make test.cuda_parallel

笔者这里提示的Possible failure竟接近半数。原因大抵是GPU跑动力学的重现性本来就比CPU跑更低，所以和参考值偏差容易较明显，但这也不能说当前设备跑的结果不合理，只不过是探索相空间的不同区域罢了。

附之前版本的编译方法：

Amber11+AmberTools1.5及CUDA版安装方法，以及Amber12安装方法
http://sobereva.com/103

Amber10安装方法
http://sobereva.com/3

cyang

太好了，有时间装个试试，之前一直是用NAMD

psfan

不知何时能见到传说中的amber14

ruanyang

Sob老师我想问一下，如果我只用Amber做一些小分子的力场参数，是不是可以只安装Ambertools ,不安装Amber .这样可以吗？

sobereva

ruanyang 发表于 2015-1-3 19:32
Sob老师我想问一下，如果我只用Amber做一些小分子的力场参数，是不是可以只安装Ambertools ,不安装Amber . ...

可以。
实际上，ambertools已经包含了当初amber绝大部分功能了，就连曾经动力学模拟的核心程序sander都包含进去了，可以说amber14反倒是“可有可无”了

ruanyang

好的Sob老师，谢谢！

肖富贵

Sob前辈，您好！

非常谢谢您分享Amber的安装经验 ！

我有一个小问题，请您看一下。
在编译openmpi的时候，您用了icc和ifort, 在您以前的博客中看到下边的信息：Install intel compilers (The advantage in speed is huge relative to GNU compilers).

我在amber的manual和其它地方没有搜到相关的信息(也就是icc比gnu快的信息。)

请问我可不可以用gnu编译，而不是用icc？

sobereva

肖富贵 发表于 2015-1-23 23:25
Sob前辈，您好！

非常谢谢您分享Amber的安装经验 ！

amber的计算量大的代码都是基于fortran的，c编译器实际上用什么无所谓，不影响速度，关键是ifort比gfortran强多了。amber在configure的时候，选了intel，则c编译器也自动用icc了。你也可以尝试手动把config.h里的编译器替换成gcc，而fortran部分还是ifort。

肖富贵

sobereva 发表于 2015-1-23 23:55
amber的计算量大的代码都是基于fortran的，c编译器实际上用什么无所谓，不影响速度，关键是ifort比gfor ...

多谢Sob前辈指点！

lao7

谢谢，找到了！

lao7

如何安装 安装ifort,icc 12.1.0到默认路径（其它版本我没试过）。centos通过 yum在线安装？试了几个关键词都不行。
   我电脑上已经安装了openmpi，运行orca用的

sobereva

lao7 发表于 2015-1-27 11:24
如何安装 安装ifort,icc 12.1.0到默认路径（其它版本我没试过）。centos通过 yum在线安装？试了几个关键词 ...

下载ifort包，http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &extra=page%3D1，解压之后有个安装脚本，运行之，按提示操作即可。

lao7

谢谢 学学安装一下哈

therotyonth

谢谢Sob老师！

hcxytpp@163.com

谢谢