Amber14安装方法

abdoman · 发表于 Post on 2015-5-20 21:18:06

“所以和参考值偏差容易较明显，但这也不能说当前设备跑的结果不合理，只不过是探索相空间的不同区域罢了。”
有一个问题，就是GPU计算失败了很多，大误差如何判定是合理的，而不是安装编译有问题？

sobereva · 发表于 Post on 2015-5-20 21:42:34

测试结果中可以看偏差多少。根据测试任务内容，以及相对偏差多少，有经验的话心里会有数。
也可以先跑跑一般的任务，看看是否正常。

tbw@zyc · 发表于 Post on 2015-6-11 21:22:32

请问能给的链接里面的icc  ifort能在ubuntu kylin14版本上安装吗？我安装过程中出现了这个
step no: 4 of 6 | Options > Missing Critical Pre-requisite
--------------------------------------------------------------------------------
32-bit libraries not found on this system.
This product release requires the presence of 32-bit compatibility libraries
when running on Intel(R) 64 architecture systems. One or more of these libraries
could not be found:
libstdc++ (including libstdc++6)
glibc
libgcc
Without these libraries, the compiler will not function properly.  Please refer
to Release Notes for more information.
--------------------------------------------------------------------------------
1. See next issue [default]
2. Back to Pre-requisite summary dialog

h. Help
b. Back to the previous menu
q. Quit
--------------------------------------------------------------------------------
Please type a selection or press "Enter" to accept default choice [1]:
而且我也尝试了 ubuntu 安装命令  sudo apt-get install libstdc++       sudo apt-get install glibc sudo apt-get install libgcc 后面2个命令没有用
希望有经验的高手指点下

tbw@zyc · 发表于 Post on 2015-6-12 11:52:31

sob神如果直接用ubuntu里自带的gcc g++ gfortran 来编译安装对比你提供的包（icc ifort 少了c++对应的icpc,）安装好后速度差距有多大呢？
（我也是首先尝试了您提供的方法可是ubuntu里天然就没有intel的编译器而且amber安装需要的icc icpc ifort，因为没有icpc的包就放弃了）

sobereva · 发表于 Post on 2015-6-12 16:48:18

tbw@zyc 发表于 2015-6-12 11:52
sob神如果直接用ubuntu里自带的gcc g++ gfortran 来编译安装对比你提供的包（icc ifort 少了c++对应的ic ...

现在的版本速度差多少我不好说，当年编译amber9或者10的时候有过对比，ifort编译出的运行速度是gfortran的7倍。
不过也有可能当时默认的编译脚本没有把gfortran的优化选项充分开启。

我基本不用ubuntu，一直用RHEL，所以ubuntu那个提示怎么解决我也不好确切回答，反正肯定是缺32bit兼容库文件。即便是RHEL下安装，有时候也会有提示，也得自己找包去补上这些库。

tbw@zyc · 发表于 Post on 2015-6-14 14:17:07

哦谢谢SOB的回复，我仔细阅读了amber mannual 发现它的installattion举例就用UBUNTU的，问题已经解决了再次感谢

psfan · 发表于 Post on 2015-6-16 09:05:28

sobereva 发表于 2015-5-20 21:42
测试结果中可以看偏差多少。根据测试任务内容，以及相对偏差多少，有经验的话心里会有数。
也可以先跑跑一 ...

请教sob老师，这是不是意味着GPU跑出来的结果不确定性更大？

sobereva · 发表于 Post on 2015-6-16 09:09:48

psfan 发表于 2015-6-16 09:05
请教sob老师，这是不是意味着GPU跑出来的结果不确定性更大？

虽然原则上是这样，但是不确定性高本身就是MD自身的特征，所以论重现性，CPU也未必比GPU强哪去
这里有更多讨论
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

psfan · 发表于 Post on 2015-6-16 09:10:56

sobereva 发表于 2015-6-16 09:09
虽然原则上是这样，但是不确定性高本身就是MD自身的特征，所以论重现性，CPU也未必比GPU强哪去
这里有更 ...

谢谢sob解答。

hplc2008 · 发表于 Post on 2015-12-19 11:55:57

积分不够,如何下载amber14呢

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-19 12:17:33

hplc2008 发表于 2015-12-19 11:55
积分不够,如何下载amber14呢

没有别的办法。本论坛建立目的不是公开的下载站，而是交流的论坛。
获得积分的方法在置顶的新人必读写明了

smutao · 发表于 Post on 2015-12-21 04:14:50

请教一下：
GPU的模块是不是收费的？

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-21 05:29:18

smutao 发表于 2015-12-21 04:14
请教一下：
GPU的模块是不是收费的？

是的。PMEMD才支持GPU，但PMEMD收费。如果不用GPU跑，可以用较慢的sander，目前是在免费的ambertools包里发布的。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-7-14 08:33:56

Sob老师，可以不编译串行版本直接编译并行版本吗？

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-14 09:43:30

liyuanhe211 发表于 2016-7-14 08:33
Sob老师，可以不编译串行版本直接编译并行版本吗？

虽然也可以，但是很多工具只有编译串行版的时候才会生成，所以只编译并行版得到的是不完整的。

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