Amber14安装方法

wfmf1994 · 发表于 Post on 2019-1-7 17:04:27

老师，我在按照您的教程以及amber18的手册安装ambertools18的时候出现以下错误
CXX ActionFrameCounter.cpp
/usr/local/include/c++/6.1.0/type_traits(1367): internal error: bad pointer
decltype(__helper<const _Tp&>({}))* = 0);
^

compilation aborted for ActionFrameCounter.cpp (code 4)
make[4]: *** [ActionFrameCounter.o] Error 4
make[4]: Leaving directory `/home/software/amber18/AmberTools/src/cpptraj/src'
make[3]: *** [install] Error 2
make[3]: Leaving directory `/home/software/amber18/AmberTools/src/cpptraj'
make[2]: *** [build_cpptraj] Error 2
make[2]: Leaving directory `/home/software/amber18/AmberTools/src'
make[1]: *** [serial] Error 2
make[1]: Leaving directory `/home/software/amber18/AmberTools/src'
make: *** [install] Error 2
请问这是哪里出问题了呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-1-7 18:09:55

wfmf1994 发表于 2019-1-7 17:04
老师，我在按照您的教程以及amber18的手册安装ambertools18的时候出现以下错误
CXX ActionFrameCounter.cp ...

我在CentOS 7.4下用gnu编译器没发现你的问题。如果按照http://sobereva.com/455前半部分安装ifort+icc+intel MPI 19.0.1，然后用
./configure intel
make install
也没遇见你说的问题

要么是编译过程不对，要么是你用的编译器和当前版本有兼容性问题

wfmf1994 · 发表于 Post on 2019-1-7 20:26:46

sobereva 发表于 2019-1-7 18:09
我在CentOS 7.4下用gnu编译器没发现你的问题。如果按照http://sobereva.com/455前半部分安装ifort+icc+in ...

我的ifort和icc版本是15.0.0 intel mpi是5.0.1的，是不是这个的问题？
编译过程就是
./configure intel
make install
第一步没有问题，make install一直报错

sobereva · 发表于 Post on 2019-1-7 23:32:13

wfmf1994 发表于 2019-1-7 20:26
我的ifort和icc版本是15.0.0 intel mpi是5.0.1的，是不是这个的问题？
编译过程就是
./configure intel ...

可以试试新版本，2017或者我的版本

pengchy · 发表于 Post on 2019-4-12 10:01:35

谢谢，这个帖子明确了，可以不用考虑Amber，只用AmberTools就好了。

azero · 发表于 Post on 2019-5-20 16:35:45

一开始，以为pmemd.cuda.MPI是同时使用多个CPU和1个GPU
然后多次跑MD失败才知道是并行多个GPU

请教怎么才能同时使用多个CPU和1个GPU？
pmemd.cuda好像只能用1个CPU

知黑守白 · 发表于 Post on 2020-8-31 14:32:50

本帖最后由知黑守白于 2020-8-31 14:42 编辑

卢老师，请教您一个关于amber18安装之后运行的问题

我按照您的帖子，新装了cent os7.8系统，在此基础上安装好了amber18的串行版，并行版，GPU版本和GPU并行版本，对应的运行指令为pmemd.mpi、pmemd.cuda 、pmemd.cuda.mpi
串行版运行无任何问题
运行并行版pmemd.mpi的时候报错，但是前面加上mpirun -np 8 -allow-run-as-root 之后，八核的并行任务就可以跑起来了
本来我以为相应地对pmemd.cuda.mpi再额外加上类似 -gpu 2（我使用了两块GPU）就可以实现GPU同时运算了，但是还是报了和之前一样的错误
能否请您指点一下，该如何添加指令才能使pmemd.cuda.mpi成功运行啊

cuda版本为10.2（ambertools更新到19之后是支持的）
openmpi版本为 1.8.8

感谢！！！！！

ps：我试了mpirun -np 2 --allow-run-as-root pmemd.cuda.MPI 还是报错，无法调用两块GPU运算

黄舒伟 · 发表于 Post on 2021-4-10 22:57:29

ruanyang 发表于 2015-1-3 19:32
Sob老师我想问一下，如果我只用Amber做一些小分子的力场参数，是不是可以只安装Ambertools ,不安装Amber . ...

您好，请问这个怎么实现呢？和上面同一个步骤吗？因为只安装ambertools的话，环境变量的位置似乎有问题？希望大佬有时间能指点一下

uenh1998 · 发表于 Post on 2021-11-9 21:27:57

请问老师，今天我按照此帖安装Amber14，AmberTools14时候，到了做完./configure intel，并输入y后的时候，出现了如图所示的错误，检查编译mpi并没有问题，请问各位老师这是什么原因呢？解决办法又是什么呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-10 02:03:20

uenh1998 发表于 2021-11-9 21:27
请问老师，今天我按照此帖安装Amber14，AmberTools14时候，到了做完./configure intel，并输入y后的时候， ...

如果你不需要有图形界面的leap，就按提示说得加上-noX11

uenh1998 · 发表于 Post on 2021-11-10 07:58:16

本帖最后由 uenh1998 于 2021-11-10 11:11 编辑

sobereva 发表于 2021-11-10 02:03
如果你不需要有图形界面的leap，就按提示说得加上-noX11

好的感谢sob老师，那我试试

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