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[波函数分析求助] AIM分析和RDG分析判断氢键是否存在的标准为什么不一样?

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在RDG分析中,当-0.05a.u.<sign(λ2)ρ<-0.005a.u.时,认为属于氢键作用。但在AIM分析中,当r(rBCP)=0.002~0.04a.u.时,认为属于氢键作用。这两个范围不一致,是因为在AIM分析中对于氢键的判别标准太严格了吗?

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发表于 Post on 2017-5-13 12:05:08 | 只看该作者 Only view this author
RDG里和AIM框架里都没有明确说明rho在什么范围才算氢键作用,本来氢键就是个强度问题,一刀切说有没有显然是不合适的。
就算你用Lipkowski提出的氢键判断标准,其中一条规则是rho在0.002~0.04a.u.之间,那也是比你列的那个所谓的RDG标准更松而不是更严。而且Lipkowski的标准也仅仅适合是对X-H----O (X=C,N,O)型氢键定义的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-5-14 09:37:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-13 12:05
RDG里和AIM框架里都没有明确说明rho在什么范围才算氢键作用,本来氢键就是个强度问题,一刀切说有没有显然 ...

请问sob老师,都有哪些氢键判断标准呢?
站在宇宙中心呼唤爱

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发表于 Post on 2017-5-14 23:36:11 | 只看该作者 Only view this author
kevin 发表于 2017-5-14 09:37
请问sob老师,都有哪些氢键判断标准呢?


所谓的“有无”判断标准常用的就是Lipkowski那个,那是更老的poplier判断标准的简化

至于强弱程度的判断,RDG、AIM、范德华表面穿透程度、静电势分析、IQA等等分析方法多了去了,这里谈到很多
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发表于 Post on 2020-6-23 16:09:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 夜千 于 2020-6-23 16:19 编辑
sobereva 发表于 2017-5-14 23:36
所谓的“有无”判断标准常用的就是Lipkowski那个,那是更老的poplier判断标准的简化

至于强弱程度的 ...

请问老师,非X-H……O结构也可以借用Lipkowski标准吗,我的结构是C-H……F。

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发表于 Post on 2020-6-24 16:31:07 | 只看该作者 Only view this author
夜千 发表于 2020-6-23 16:09
请问老师,非X-H……O结构也可以借用Lipkowski标准吗,我的结构是C-H……F。

只能用于X-H∙∙∙O (X=C,N,O)
其它情况用我提出的这种方法估计作用能,特别弱的就忽略掉
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
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发表于 Post on 2020-6-26 14:56:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-24 16:31
只能用于X-H∙∙∙O (X=C,N,O)
其它情况用我提出的这种方法估计作用能,特别弱的就忽略 ...

sob老师,我这个HF之间的相互作用,根据RDG等值面图分析,是范德华力,AIM结果,根据您522这篇文章,是非常微弱的氢键,键能小于2.5,根据Rozas标准,是中等强度氢键,根据您的ppt上的总结,是电荷转移或者配位键,请问这个该怎么讨论啊

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发表于 Post on 2020-6-26 19:06:53 | 只看该作者 Only view this author
夜千 发表于 2020-6-26 14:56
sob老师,我这个HF之间的相互作用,根据RDG等值面图分析,是范德华力,AIM结果,根据您522这篇文章,是非 ...

氢键的本质是什么?根据513的文献,非常微弱的氢键是由色散力+静电力组成。 范德华力的本质是什么?是由色散主导的相互作用+交换互斥。
根据作用能量大小的不同+不同类型主导 来对这些作用命名、理解。没必要对一个相互作用纠结叫什么名字。

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发表于 Post on 2020-6-27 01:07:00 | 只看该作者 Only view this author
夜千 发表于 2020-6-26 14:56
sob老师,我这个HF之间的相互作用,根据RDG等值面图分析,是范德华力,AIM结果,根据您522这篇文章,是非 ...

别管其它标准
C-H……F这种作用一看就不可能是中等强度氢键
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发表于 Post on 2020-11-16 14:45:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-27 01:07
别管其它标准
C-H……F这种作用一看就不可能是中等强度氢键

老师我的氢键是NH-O但是ρ=0.053a.u.  ∇2ρ=0.15 这还属于氢键吗  还能用判断 ∇2ρ和H来定性判断是强氢键还是弱氢键吗

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发表于 Post on 2020-11-17 04:38:24 | 只看该作者 Only view this author
SSSjjjiao 发表于 2020-11-16 14:45
老师我的氢键是NH-O但是ρ=0.053a.u.  ∇2ρ=0.15 这还属于氢键吗  还能用判断 ∇2ρ和H来定性 ...

显然属于氢键
具体强度多大按此文的方法能直接估计
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发表于 Post on 2020-11-17 15:47:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-17 04:38
显然属于氢键
具体强度多大按此文的方法能直接估计
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇20 ...

老师 我觉得这篇文章对我的体系蛮实用的  我想引用这种氢键的分类   有什么名字来形容吗

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发表于 Post on 2020-11-18 02:40:18 | 只看该作者 Only view this author
SSSjjjiao 发表于 2020-11-17 15:47
老师 我觉得这篇文章对我的体系蛮实用的  我想引用这种氢键的分类   有什么名字来形容吗

叫Emamian-Lu分类吧,取通讯作者的姓的组合
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发表于 Post on 2020-11-18 14:23:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-18 02:40
叫Emamian-Lu分类吧,取通讯作者的姓的组合

好的 !
祝好

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发表于 Post on 2020-11-18 15:07:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-18 02:40
叫Emamian-Lu分类吧,取通讯作者的姓的组合

老师,我想问一下:
我的体系IGM分析时,有CH-pi ,pi-pi, lp-pi 等相互作用,但是AIM分析的时候这种又相互作用的地方也产生很多BCPs ,这写BCP有意义吗 (电子密度啥的,binding energy 还能用那个拟合公式吗)
我觉得是不能的,所以我对氢键作用的用AIM去表述,再用IGM去补充表述pi 相互作用,但是AIM产生的那些键径会不会让审稿人困惑,要人为p掉吗?

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