亚硝酸根和碳酸根用acpype生成拓扑文件时出错，是什么原因呢？

peixing · 发表于 Post on 2022-6-10 17:19:42

老师好：
我在用acpype生成亚硝酸根和碳酸根的拓扑文件时报错，不能生成NO2.acpype 文件，如图片所示。生成硝酸根的没有问题，求问老师是什么原因，该怎么生成？

牧生 · 发表于 Post on 2022-6-10 18:57:30

本帖最后由牧生于 2022-6-10 18:58 编辑

这里有个傻瓜软件可以解决你的问题 http://sobereva.com/soft/Sobtop

peixing · 发表于 Post on 2022-6-11 16:18:58

牧生发表于 2022-6-10 18:57
这里有个傻瓜软件可以解决你的问题 http://sobereva.com/soft/Sobtop

你好，我在这个网站下载了sobtop,在linux系统，进入Sobtop目录后输入./sobtop启动时，出现图片所示错误，是什么问题呢

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-11 16:55:39

peixing 发表于 2022-6-11 16:18
你好，我在这个网站下载了sobtop,在linux系统，进入Sobtop目录后输入./sobtop启动时，出现图片所示错误， ...

google搜索报错提示，<10秒钟找到答案
简单到如探囊取物般的linux使用问题没必要在这里问

peixing · 发表于 Post on 2022-6-11 17:49:40

sobereva 发表于 2022-6-11 16:55
google搜索报错提示，

抱歉老师，acpype计算拓扑文件报错能解决吗？sobtop计算出的拓扑电荷为0，然后看用Multiwfn懒人脚本计算，看了几个小时也没看明白

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-11 18:02:30

peixing 发表于 2022-6-11 17:49
抱歉老师，acpype计算拓扑文件报错能解决吗？sobtop计算出的拓扑电荷为0，然后看用Multiwfn懒人脚本计算 ...

哪看不懂具体问，写得已经超级明白了。我看看到底是怎么个“看了几个小时也没看明白”

“拓扑电荷为0”莫名其妙，根本没有什么“拓扑电荷”的概念

peixing · 发表于 Post on 2022-6-11 19:14:44

sobereva 发表于 2022-6-11 18:02
哪看不懂具体问，写得已经超级明白了。我看看到底是怎么个“看了几个小时也没看明白”

“拓扑电荷为0 ...

老师好：不是拓扑电荷为0，是用sobtop生成的itp文件里的电荷为0，如图所示。按照帖子的教程，这时可以用懒人脚本计算RESP2电荷，再填充到itp中。我之前是将NO3.mol2文件与acpype文件在amber中生成NO3_GMX.itp，但同样的方法不适用与NO2.mol2与CO3.mol2。回到之前的问题，我看懒人脚本要用到高斯软件将生成的.chk文件导入到脚本中获得RESP电荷，我不了解这高斯，也不知道.chk文件怎么生成，我现在不能用现有的NO3.mol2文件用懒人脚本计算RESP2电荷吗？或者请求老师可以帮忙解决我用acpype方法计算NO2与CO3的报错问题。谢谢老师回复！

Jotaro · 发表于 Post on 2022-6-13 11:32:19

http://bbs.keinsci.com/thread-30149-1-1.html 试试这个？

牧生 · 发表于 Post on 2022-6-13 13:34:24

本帖最后由牧生于 2022-6-13 14:24 编辑

像极了以前懵懂入门的我，来让我用更通俗的语言来解释。

计算RESP电荷，参考这个帖子安装orcahttp://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html
具体步骤是：
①先参照教程下载安装opemmpi4.1.1 https://www.open-mpi.org/，然后在home目录下，按ctrl+h，把隐藏文件显示出来，鼠标双击.bashrc，然后把以下两行复制进去，红色字体替换为你实际的opemmpi4.1.1路径
export PATH=$PATH:/sob/openmpi411/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/sob/openmpi411/lib
②安装orca502，下载shared和.tar.xz字样的ORCA包，解压，并在.bashrc里面添加 (红色字体替换为实际解压的路径，orca的安装，有点类似win下的“绿色”软件，只需要下载压缩包，然后解压，把路径添加到bash里面，以保证在每个目录下都可以调用。)
export PATH=$PATH:/sob/orca410
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/sob/orca410
alias orca='/sob/orca410/orca'
计算RESP电荷，只需要一个命令即可，对于碳酸根之类的原子数极少的体系，只需要1~2分钟就能算好
http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html
此时，你已经可以得到一个.chg文件了

我已经算好的itp

CO3-2-.itp (1.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

NO-.itp (1.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

Jotaro · 发表于 Post on 2022-6-13 14:43:05

牧生发表于 2022-6-13 13:34
像极了以前懵懂入门的我，来让我用更通俗的语言来解释。

计算RESP电荷，参考这个帖子安装orcahttp://bbs ...

电荷跟我的有些不一样，这是啥原因呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-13 20:24:02

peixing 发表于 2022-6-11 19:14
老师好：不是拓扑电荷为0，是用sobtop生成的itp文件里的电荷为0，如图所示。按照帖子的教程，这时可以用 ...

根本不存在“将生成的.chk文件导入到脚本中获得RESP电荷”
明明你提供含有结构信息的文件，诸如pdb，脚本直接就自动调用Gaussian和Multiwfn做一条龙服务产生RESP电荷了
一个字一个字好好看博文，别自己瞎猜，写得没法更清楚，例子都给得明明白白
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

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