Sobtop 1.0(dev 3.1)发布

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-18 04:19:19

灵活、方便的产生GROMACS拓扑文件的Sobtop 1.0(dev 3.1)今日发布，已可以在主页http://sobereva.com/soft/Sobtop下载。

之前有人希望让Sobtop支持xtb产生的Hessian，因为xtb能对很大体系做振动分析。现在Sobtop 1.0(dev 3.1)在载入Hessian矩阵的地方已经可以用xtb做--ohess任务后在当前目录下产生的名为Hessian的文件作为这一步的输入文件了。

当然，别对GFN-xTB的Hessian的质量有太高期望，这只能算是聊胜于无。遇到DFT做振动分析实在搞不动的贼大体系可以试试。

另外，sobtop.ini里增加了iskipgendih选项，有些体系完全不需要靠二面角来描述（如很多无机固体），这种情况可以把此选项设1来忽略无用的二面角的产生，对体系特别大时能节约不少时间。sobtop.ini里还增加了ioutatminfo选项，设成1后，载入结构文件后原本在屏幕上显示的原子坐标和连接关系信息都会输出到当前目录下的atminfo.txt文件中便于检查。

Sobtop之前的版本会对产生的键角、二面角项按原子序号由小到大自动做排序，以便于用户检查。但对于含有十几、几十万angle、dihedral项的时候这一步极为耗时，由于重要性也不太高，所以新版本中当angle、dihedral项超过50000时会自动忽略排序。

hld888 · 发表于 Post on 2022-7-21 22:39:49

老师，我用sobtop老是出现这种信息，是怎么回事呢？

Loading atom information from .pdb file...
Error: Unable to determine element for atom 8! Please guarantee that this file records element information!
Press ENTER button to exit

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-22 20:12:28

hld888 发表于 2022-7-21 22:39
老师，我用sobtop老是出现这种信息，是怎么回事呢？
Loading atom information from .pdb file...
Er ...

输入文件有问题
检查pdb里定义元素那一列的信息。如果没有，手动补上，确保sobtop能正确判断元素。

hld888 · 发表于 Post on 2022-7-22 22:24:09

搞定了，原来是元素那一列部分元素有1+或1-的问题，谢谢老师。

huangjin · 发表于 Post on 2022-7-27 00:17:59

我在进行第5个例子计算时，“例5：产生聚合度为40的氯丁二烯聚合物的拓扑文件”，提示我“Error: Calculation of MMFF94 atomic charges was failed! Perhaps because there are elements not supported by this method”，所使用文件就是软件包里面的，请问这个如何解决？

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-27 01:50:28

huangjin 发表于 2022-7-27 00:17
我在进行第5个例子计算时，“例5：产生聚合度为40的氯丁二烯聚合物的拓扑文件”，提示我“Error: Calculati ...

没细节没法说
操作系统，使用步骤（sobtop输出的所有信息都拷到txt文件里上传），OpenBabel版本，都得交代得特别明确

huangjin · 发表于 Post on 2022-8-4 08:52:02

我的操作系统是windows10，openbabel版本为OpenBabel-3.1.1，官网下载后按照默认步骤安装，使用了2台电脑都出现了同样问题，操作界面见附件。

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-4 09:45:24

huangjin 发表于 2022-8-4 08:52
我的操作系统是windows10，openbabel版本为OpenBabel-3.1.1，官网下载后按照默认步骤安装，使用了2台电脑都 ...

手动在cmd下执行D:\Program Files\OpenBabel-3.1.1\obabel.exe "examples\polymer\Neoprene_40.mol2" -omolreport --partialcharge MMFF94 看显示什么

huangjin · 发表于 Post on 2022-8-4 14:04:44

sobereva 发表于 2022-8-4 09:45
手动在cmd下执行D:\Program Files\OpenBabel-3.1.1\obabel.exe "examples\polymer\Neoprene_40.mol2" -om ...

已经找到原因了，应该“Program Files”文件夹名字中间有空格的原因，所有OpenBabel安装路径的文件夹的命名不应该有空格。感谢卢老师。

huangjin · 发表于 Post on 2022-8-4 22:47:51

卢老师，我使用这个软件在windows10平台计算生成了丙烯酰胺和丙烯酸钠嵌段聚合物的gro、itp等文件，但是出现问题，1、itp文件总氧原子写成了C，但是gro文件中的正常，导致提示两个文件的原子不对应；2、在itp文件中的atom列相同原子没有用序号区分。由于无法上传超过500k的文件，因此itp文件只保留了一部分。请问是我哪里操作不对造成的吗？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-5 08:32:20

huangjin 发表于 2022-8-4 22:47
卢老师，我使用这个软件在windows10平台计算生成了丙烯酰胺和丙烯酸钠嵌段聚合物的gro、itp等文件，但是出 ...

文本编辑器打开25HPAM.mol2一看就知道原子名不对
氧原子这里写成C干嘛
4 C -5.90265 -0.202443 0 O.co2 1 C3H4O2 0

论坛首页公告栏和置顶的新社员必读贴都说了，较大文本型文件必须压缩后再上传

牧生 · 发表于 Post on 2022-8-30 11:48:02

sobtop能不能实现对饱和氢原子以后的二氧化硅也进行傻瓜式的生成top呢？

我用附件中的1544734.cif，Multiwfn将其扩展为5×5×5的超胞。gv打开超胞以后自动加氢，得到了新的pdb文件。但是用sobtop去生成top时候（参照了二氧化硅的例子，依次选择1  5），就有些原子不能被识别。
Current atom types and meaning:
1Si: ?       Unknown
2O : O_bulk    O in bulk SiO2
3O : O_bulk    O in bulk SiO2
4Si: ?       Unknown
……
  800H : ?       Unknown
  801H : ?       Unknown
  802H : ?       Unknown

1544734.cif (2.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

1544734.pdb (90.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-30 15:15:15

牧生发表于 2022-8-30 11:48
sobtop能不能实现对饱和氢原子以后的二氧化硅也进行傻瓜式的生成top呢？

我用附件中的1544734.cif，Mult ...

需要自己改写assign_AT.dat增加判断规则

xiaoruoqiu · 发表于 Post on 2022-8-30 16:23:23

不知道我的理解对不对：
在“例9：产生二氧化硅晶体的拓扑文件”里做了r0和σ的变换，原始文献Chem. Mater., 26, 2647 (2014)给的L-J方程是这样的形式E=ε[(σ/r)^12-2(σ/r)^6]。我的理解，该文献给出的σ，实际上应该就是r0才对，所以这个实例里有必要做r0和σ的变换吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-30 18:12:34

xiaoruoqiu 发表于 2022-8-30 16:23
不知道我的理解对不对：
在“例9：产生二氧化硅晶体的拓扑文件”里做了r0和σ的变换，原始文献Chem. Mater ...

文献里给的符号有误导性。不用转换

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