简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-5 10:16:40

虽然本论坛有专门的Multiwfn板块，但还是老有人问Multiwfn问题的时候跑到量化版的“简单量子化学问题答疑专帖”（http://bbs.keinsci.com/thread-33965-1-1.html），这样不好。

遂这里专门开一个“简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴”。尽管还是鼓励有Multiwfn问题的时候在本版单独发个帖子咨询，但如果是一两句话就能交代清楚的简单问题，也可以在本帖末尾跟帖咨询，Sobereva看到后就一定会回复。

与Multiwfn程序本身不直接相关的而是一般性且简单的波函数分析问题也可以在此帖提问，我有时间和能力就会回答。

涉及一堆图片、文字、输入输出文件的相对复杂的问题请单独发帖，别在此帖询问。

初学Multiwfn者必读这两篇文章（内容经常更新）：
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167

sobereva · 发表于 Post on 7 day ago

hzfish 发表于 2024-11-15 21:29
绘制带极值点的静电势着色的分子范德华表面图，对泛函和基组选择有要求吗？
我用r2SCAN-3c计算得到的mold ...

r2SCAN-3c的波函数原理上可以用于这种分析
Hirshfeld原子电荷为正，和这个原子附近有没有负值的表面极值点是两回事。画个表面静电势填色图，是什么情况一目了然。
原子电荷衡量的是原子的整体带电情况，并不体系表面静电势局部分布如何。比如存在sigma-hole的卤素原子，Hirshfeld电荷一般为负，而sigma-hole区域一般静电势为正

hzfish · 发表于 Post on 2024-11-15 21:29:40

绘制带极值点的静电势着色的分子范德华表面图，对泛函和基组选择有要求吗？
我用r2SCAN-3c计算得到的molden，绘制图，Hirshfeld charge为正值的上方的极值点为负值。
另外surfanalysis.pdb文件中该正值的地方有负值，该负值的地方有正值。

Nankaier · 发表于 Post on 2024-10-5 17:15:44

sobereva 发表于 2024-10-4 00:28
不需要非得一致
而且DFT-D色散校正不影响概念密度泛函相关的量的结果，因为结构没变化
基组用def2系列 ...

收到，谢谢老师的耐心解答！

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-4 00:28:26

Nankaier 发表于 2024-10-3 11:50
各位老师，484博文中通过使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量，结构优化时使用了 ...

不需要非得一致
而且DFT-D色散校正不影响概念密度泛函相关的量的结果，因为结构没变化
基组用def2系列最省事，支持几乎全周期表，第五周期开始直接就是赝势基组

Nankaier · 发表于 Post on 2024-10-3 11:50:37

各位老师，484博文中通过使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量，结构优化时使用了赝势基组、溶剂模型以及色散矫正，那么在输入计算单点任务的关键词时，需要考虑需赝势基组、溶剂模型以及色散矫正吗？如果需要的话，那么要按照什么格式输入呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-20 19:11:32

kimariyb 发表于 2024-9-20 11:13
卢老师，如果我还想定量分析 N 原子位点的空间位阻，有没有什么好的方法呢

空间位阻分析这种事都得结合实际体系实际问题来说，情况各有不同
没前提的情况下只能说可行的做法包括IGMH/IRI分析、NBO的steric分析、考察能量分解中的交换互斥项，以及设计一些特殊的模型讨论（参考J. Am. Chem. Soc. 2021, 143, 49, 20837–20848）

kimariyb · 发表于 Post on 2024-9-20 11:13:20

sobereva 发表于 2024-8-31 06:05
算N附近的静电势极小点（主要由孤对电子导致和贡献）的静电势数值，越负说明越亲核，参考下文
使用Multi ...

卢老师，如果我还想定量分析 N 原子位点的空间位阻，有没有什么好的方法呢

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-20 05:59:43

ZYYYYC 发表于 2024-9-19 17:51
我自己手动输入200 3 180-181 2 1能出来，但是用这个就txt文件就报错，手动输入可以出来cue文件，放 ...

以后发帖别用“大佬请问一下这个一直报错”这种标题，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

仔细阅读下文搞清楚命令行方式运行的逻辑，根据原理排查。命令行下运行看提示，甭写pause
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

“cue文件”什么鬼

不要用“也不出orb”这种含糊不明的描述
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

哪能就写一个showorb.vmd，source上哪去了？仔细一个字一个字看下文，该说的全都说得清清楚楚，甚至连视频都给了
使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图（含视频演示）
http://sobereva.com/447（http://bbs.keinsci.com/thread-11122-1-1.html）

ZYYYYC · 发表于 Post on 2024-9-19 17:51:33

我自己手动输入200 3 180-181 2 1能出来，但是用这个就txt文件就报错，手动输入可以出来cue文件，放入VMD，改了路径，也不出orb

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-31 06:05:01

kimariyb 发表于 2024-8-30 12:13
卢老师好，请问如果我想考察一系列含 N 的芳杂环对一个 Ir 金属配合物的亲核能力，可以采用什么方法。可不 ...

算N附近的静电势极小点（主要由孤对电子导致和贡献）的静电势数值，越负说明越亲核，参考下文
使用Multiwfn对静电势和范德华势做拓扑分析精确得到极小点位置和数值
http://sobereva.com/645（http://bbs.keinsci.com/thread-30769-1-1.html）
也可以算原子电荷，但原理上上面的方法更好，因为更具体到作用位点上

kimariyb · 发表于 Post on 2024-8-30 12:13:57

卢老师好，请问如果我想考察一系列含 N 的芳杂环对一个 Ir 金属配合物的亲核能力，可以采用什么方法。可不可以类似于考察价层电子密度，将 pi 轨道归零，计算 N 的 sigma 电子

cyan24 · 发表于 Post on 2024-8-21 12:54:36

sobereva 发表于 2024-8-21 12:02
Multiwfn不支持盆间面积分

明白，请问老师有推荐的软件吗

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-21 12:02:17

cyan24 发表于 2024-8-21 11:47
老师您好，

文献（ Macchi, P.; Sironi, A. Chemical Bonding in Transition Metal Carbonyl Clusters: ...

Multiwfn不支持盆间面积分

cyan24 · 发表于 Post on 2024-8-21 11:47:25

老师您好，

文献（ Macchi, P.; Sironi, A. Chemical Bonding in Transition Metal Carbonyl Clusters: Complementary Analysis of Theoretical and Experimental Electron Densities. Coordination Chemistry Reviews 2003, 238–239, 383–412.）使用了一个参数 electron density integrated over the interatomic surface （IAS） separating atoms A and B来分析金属键，使用Multiwfn做电子密度盆分析的时候没有看到这个选项，请问有什么办法可以计算出该数值？感谢感谢

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-23 03:30:58

cokie 发表于 2024-7-17 14:22
谢谢sob老师的解答

我的问题描述可能不太清楚，主要是想请教sob老师我的理解是否正确：

Multiwfn的空穴-电子分布没法基于弛豫的激发态密度做
激发态-基态的密度差可以分为弛豫和非弛豫的（但空穴-电子分析模块里给出的密度差只能是非弛豫的），差异下文明确说了
使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征
http://sobereva.com/434（http://bbs.keinsci.com/thread-10775-1-1.html）

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