计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 28615|回复 Reply: 20
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 关于pKa的计算问题

[复制链接 Copy URL]

14

帖子

0

威望

1171

eV
积分
1185

Level 4 (黑子)

大家好,我用gaussain计算分子的pKa。
计算步骤严格按照量子化学培训班讲义上的实例(腈乙酸)进行,试计算了甲酸和甲醇两个小体系,计算结果和实验值差别比较大的。
纠结了两三天,实在找不到问题所在,还请各位高人老师帮我看看问题出在了哪里。
附件是我的原始输入代码和最后的计算结果,exel表格是对讲义上腈乙酸和自算甲醇,甲酸计算结果的汇总。

PKajs.xlsx

10.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 155

结果汇总文件

PKajs.rar

1.86 MB, 下载次数 Times of downloads: 13305

输入和输出文件

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112496

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2018-8-7 05:17:13 | 只看该作者 Only view this author
CHCOOH.rar (59.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 1114)

最近太忙没时间仔细看你的文件,我把我算甲酸pka计算的所有输入输出文件都传上来了,结果为3.47,和实验仅相差0.3,对于当前计算级别已经算不错了。你可以对照下。
注意甲酸阴离子的点群是C2v

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +2 收起 理由
Reason
YuhangYao + 2 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

4

帖子

0

威望

75

eV
积分
79

Level 2 能力者

3#
发表于 Post on 2018-8-14 19:27:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-7 05:17
最近太忙没时间仔细看你的文件,我把我算甲酸pka计算的所有输入输出文件都传上来了,结果为3.47,和实 ...

S大您好,学生看了你的数据想问一下大大你的Ggas(AH,A-)那边的数字是从哪里求得的,我看了大大你的输出档从SCF那边也找不到,所以想询问一下,謝謝

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112496

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2018-8-15 08:11:04 | 只看该作者 Only view this author
crazy46917 发表于 2018-8-14 19:27
S大您好,学生看了你的数据想问一下大大你的Ggas(AH,A-)那边的数字是从哪里求得的,我看了大大你的输出 ...

做CBS-QB3从输出文件末尾读的自由能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

4

帖子

0

威望

75

eV
积分
79

Level 2 能力者

5#
发表于 Post on 2018-8-19 17:32:32 | 只看该作者 Only view this author
謝謝老師

195

帖子

0

威望

699

eV
积分
894

Level 4 (黑子)

6#
发表于 Post on 2018-8-29 09:05:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-7 05:17
最近太忙没时间仔细看你的文件,我把我算甲酸pka计算的所有输入输出文件都传上来了,结果为3.47,和实 ...

Sob老师,请问:计算pKa时,您的输入文件中涉及到的cbs-qb3以及M052X是如何选择的?还是说该计算级别对于所有分子体系计算pKa都有普适性?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112496

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2018-8-29 18:50:23 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-8-29 09:05
Sob老师,请问:计算pKa时,您的输入文件中涉及到的cbs-qb3以及M052X是如何选择的?还是说该计算级别对于 ...

气相自由能用CBS-QB3。用M05-2X是为了结合SMD溶剂模型得到比较好的溶解自由能,这里说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

195

帖子

0

威望

699

eV
积分
894

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2018-8-29 19:21:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-29 18:50
气相自由能用CBS-QB3。用M05-2X是为了结合SMD溶剂模型得到比较好的溶解自由能,这里说了
谈谈隐式溶剂模 ...

Sob老师,使用CBS-QB3时产生的rwf太大了,硬盘空间不够怎么办呀?
可以用%rwf将rwf分成多个之后实时手动删除前面的rwf吗?会不会影响正在进行的任务

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112496

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2018-8-29 21:44:29 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-8-29 19:21
Sob老师,使用CBS-QB3时产生的rwf太大了,硬盘空间不够怎么办呀?
可以用%rwf将rwf分成多个之后实时手动 ...

用更便宜的热力学组合方法
rwf可以分割。运行过程中绝对不能删rwf
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

4

帖子

0

威望

75

eV
积分
79

Level 2 能力者

10#
发表于 Post on 2018-9-14 00:10:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-15 08:11
做CBS-QB3从输出文件末尾读的自由能

S老師您好,  最近學生計算pka,拿了您的excel做了計算參考,想問一下最後面 deltaG 最後 扣掉一個270.29  是因為是 delta(H+)的理想值嗎?  

如果不使用CBS-QB3 使用 aug-cc-pvtz 做freq 所計算出的 熱力學校正的 自由能,會比較推薦嗎?

謝謝老師

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112496

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2018-9-14 05:38:15 | 只看该作者 Only view this author
crazy46917 发表于 2018-9-14 00:10
S老師您好,  最近學生計算pka,拿了您的excel做了計算參考,想問一下最後面 deltaG 最後 扣掉一個270.29  ...

那是合并常数项得到的


热力学数据计算精度远不是光由基组决定的,还有诸多细节,特别是理论方法。建议你看看比如G4方法的原文,了解一下热力学组合方法的原理,就明白热力学组合方法的价值。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

4

帖子

0

威望

75

eV
积分
79

Level 2 能力者

12#
发表于 Post on 2018-9-14 10:04:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-14 05:38
那是合并常数项得到的

好的 謝謝老師

4

帖子

0

威望

46

eV
积分
50

Level 2 能力者

13#
发表于 Post on 2018-9-23 20:40:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-14 05:38
那是合并常数项得到的

老师,我想问一下如果是计算碱性物质比如 CH3NH2 在水溶液中的Pka该如何计算呢

374

帖子

2

威望

1539

eV
积分
1953

Level 5 (御坂)

14#
发表于 Post on 2019-10-10 18:14:38 | 只看该作者 Only view this author

1

帖子

0

威望

25

eV
积分
26

Level 2 能力者

15#
发表于 Post on 2019-12-6 16:13:18 | 只看该作者 Only view this author
来向大牛们学习,最近也是需要精确计算PKa

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 08:40 , Processed in 0.205826 second(s), 30 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list