求助，刚学GROMACS，使用grompp命令时，出现了以下错误

@Bruce · 发表于 Post on 2019-7-15 10:26:41

You are using Ewald electrostatics in a system with net charge. This can lead to severe artifacts, such as ions moving into regions with low dielectric, due to the uniform background charge. We suggest to neutralize your system with counter ions, possibly in combination with a physiological salt concentration.

julianrong · 发表于 Post on 2024-10-11 21:07:39

@Bruce 发表于 2020-10-28 19:24
不会，抗衡离子就是这样加的

感谢楼主，也是刚学，遇到一模一样的问题了，完美解答，多谢

renpx · 发表于 Post on 2024-7-29 18:21:24

@Bruce 发表于 2020-10-28 19:24
不会，抗衡离子就是这样加的

请教一下老师，为什么有的体系加过抗衡离子之后不会出现warning，有的会出现这个warning？

YuniJ · 发表于 Post on 2024-3-4 08:50:37

@Bruce 发表于 2024-3-2 09:34
电荷很小的时候可以忽略

好的，谢谢您

@Bruce · 发表于 Post on 2024-3-2 09:34:28

YuniJ 发表于 2024-3-1 20:44
请问System has non-zero total charge: -0.000300该如何添加抗衡离子？

电荷很小的时候可以忽略

YuniJ · 发表于 Post on 2024-3-1 20:44:18

请问System has non-zero total charge: -0.000300该如何添加抗衡离子？

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-12 05:25:26

liushu 发表于 2021-7-30 09:50
请问，能量最小化grompp时，体系带0.045个电荷，这样的可以怎样中和系统呢，我试了不能加0.045个CL离子

这是因为分子里所有原子电荷加和不为0
建议用Multiwfn算RESP或RESP2(0.5)电荷，Multiwfn输出的电荷小数位数非常多，可以确保加和几乎精确为0

RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

liushu · 发表于 Post on 2021-7-30 11:14:25

@Bruce 发表于 2021-7-30 11:02
为什么忽略我说的添加 -maxwarn 1的简单做法呢？很明显你电荷改错了，体系原先带0.045个正电荷，你体系 ...

抱歉没说清楚，我之前加了-maxwarn，然后后面跑md的时候会出现Lincs Warning，所以我想可能是因为带电荷的缘故。
感谢指点，我重新修改试一下

@Bruce · 发表于 Post on 2021-7-30 11:02:39

liushu 发表于 2021-7-30 10:35
请问修改itp文件是改吗，我把itp文件高亮的这一行的charge0.0882改为了0.0782，进行grompp之后的NOTE，带 ...

为什么忽略我说的添加 -maxwarn 1的简单做法呢？很明显你电荷改错了，体系原先带0.045个正电荷，你体系有多少个ch分子，把这0.045个正电荷从体系里面减掉不就行了（不要只改一类原子的电荷）

liushu · 发表于 Post on 2021-7-30 10:35:05

@Bruce 发表于 2021-7-30 09:59
非整数个电荷可以在命令最后添加 -maxwarn 1 忽略警告，或者修改itp文件将电荷进行分配

请问修改itp文件是改吗，我把itp文件高亮的这一行的charge0.0882改为了0.0782，进行grompp之后的NOTE，带电荷从0.045001变成了-1.455000

@Bruce · 发表于 Post on 2021-7-30 09:59:40

liushu 发表于 2021-7-30 09:50
请问，能量最小化grompp时，体系带0.045个电荷，这样的可以怎样中和系统呢，我试了不能加0.045个CL离子

非整数个电荷可以在命令最后添加 -maxwarn 1 忽略警告，或者修改itp文件将电荷进行分配

liushu · 发表于 Post on 2021-7-30 09:50:07

本帖最后由 liushu 于 2021-7-30 09:54 编辑

请问，能量最小化grompp时，体系带0.045个电荷，这样的可以怎样中和系统呢，我试了不能加0.045个CL离子

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-8 02:14:41

xxzj 发表于 2021-5-7 14:20
老师，您好，使用ambertools+acpype获得gromacs格式的top，gro文件时出现了下面错误
输入命令行：antech ...

直接用acpype，根本就不需要自己用antechamber

过渡金属配合物本身就不适合用acpype。acpype是搞有机体系的

xxzj · 发表于 Post on 2021-5-7 14:20:23

本帖最后由 xxzj 于 2021-5-7 14:25 编辑

sobereva 发表于 2019-7-15 11:33
加抗衡离子，让盒子里成为电中性

老师，您好，使用ambertools+acpype获得gromacs格式的top，gro文件时出现了下面错误
输入命令行：antechamber -i A.log -fi gout -o A.mol2 -fo mol2 -c dc -j 4
错误信息：This molecule may have more than one unit.
   antechamber can only handle one unit.  If the input is a single unit
   then the connectivity is wrong and the geometry may be bad.
   Please convert your molecule to a mol2 file via:
   antechamber -j 5 -at sybyl -dr no
   And then check your molecule with a visualization program;
   manually add missing bonds or delete unwanted bonds as appropriate.
我的分子结构是锌卟啉，无论优化还是计算频率都正常，所以不知道是哪里出错了，请老师帮看一下，辛苦老师了

wanglg · 发表于 Post on 2020-11-4 16:49:37

@Bruce 发表于 2020-10-28 19:24
不会，抗衡离子就是这样加的

好的，谢谢了。

@Bruce · 发表于 Post on 2020-10-28 19:24:29

wanglg 发表于 2020-10-27 16:12
老师好。可是通过命令gmx grompp -f em-vac-pme.mdp -c fws-PBC.gro -p fws.top -o em-vac.tpr生成tpr文 ...

不会，抗衡离子就是这样加的

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助，刚学GROMACS，使用grompp命令时，出现了以下错误

浏览过的版块