请教交联聚合物拓扑文件中原子电荷的问题

naoki · 发表于 Post on 2019-9-25 22:06:00

大家好，我想做间苯二胺和均苯三甲酰氯反应得到的交联聚酰胺（常见反渗透膜活性层）结构的模拟。之前在论坛上发帖提问关于Polymatic建模的问题（http://bbs.keinsci.com/thread-14023-1-1.html），Sob老师和EdwardLimit大神都给予了很大的帮助，让我得以建出了交联聚酰胺的模型。就是下面这一坨玩意儿。。。。

现在准备用GROMACS对其进行动力学平衡，实现结构的优化。之前我跑GROMACS都是小分子体系，能够使用一些工具制作拓扑文件（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html），但不能很好地处理这种交联聚合物。我是想着通过mktop获取该聚合物在OPLS-AA下的力场参数，电荷用RESP电荷（有文献报道这种交联聚酰胺用polymatic建模后电荷由Gaussian拟合得到）。然后我就构建了包含几个单体的寡聚物（如下），按Sob老师的帖子拟合RESP电荷（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）但是我不知道如何将这个寡聚物拟合的RESP对应到聚合物拓扑文件里的每个原子上，也不知道能不能这样搞，特来向大家请教请教一下，有没有合理构建这种拓扑的最佳方案。有点啰嗦，谢谢大家。

Starrymoon · 发表于 Post on 2024-6-28 11:14:31

您好，我建的模型和您的差不多，后续发现很难平衡，膜分布很不均匀，请问可以用什么办法让它均匀点吗？

JCenter · 发表于 Post on 2023-2-24 10:56:50

naoki 发表于 2023-2-24 10:40
polymatic并不仅限于构建线型聚合物，其原文中已指出可用于构建交联聚合物。
举两个例子：
10.1038/nma ...

感谢大佬的指点！🤗🤗🤗

naoki · 发表于 Post on 2023-2-24 10:40:25

JCenter 发表于 2023-2-24 01:57
大佬，我突然有个疑问，polymatic是为用于构建无定形线性聚合物而做出的程序包，可以用于构建结晶性聚合物 ...

polymatic并不仅限于构建线型聚合物，其原文中已指出可用于构建交联聚合物。
举两个例子：
10.1038/nmat4638
10.1002/anie.202103555
结晶性聚合物可以构建，但是构建后应该不是结晶状态，需要后续的md步骤来做

JCenter · 发表于 Post on 2023-2-24 01:57:11

大佬，我突然有个疑问，polymatic是为用于构建无定形线性聚合物而做出的程序包，可以用于构建结晶性聚合物的聚合模拟吗，而且它做出来的应该也是线性聚酰胺吧，不是交联的聚酰胺。不知道要不要接着用了，哈哈哈

naoki · 发表于 Post on 2022-3-9 14:44:42

shiqiyuan 发表于 2022-3-2 09:45
请问一下Polymatic直接解压就能用嘛？谢谢

是的，你得改一下脚本里lammps的路径

shiqiyuan · 发表于 Post on 2022-3-2 09:45:12

请问一下Polymatic直接解压就能用嘛？谢谢

tjuptz · 发表于 Post on 2022-2-14 13:57:08

naoki 发表于 2022-2-13 10:00
是的，我觉得是一次一根键

谢啦

naoki · 发表于 Post on 2022-2-13 10:00:51

tjuptz 发表于 2022-2-12 17:43
楼主好，最近在借鉴polymaic脚本来自己写的脚本，我发现polym.pl执行1次也就polym_loop.py里的一圈循环最 ...

是的，我觉得是一次一根键

tjuptz · 发表于 Post on 2022-2-12 17:43:53

naoki 发表于 2022-1-23 21:38
太强了，期待早日实现

楼主好，最近在借鉴polymaic脚本来自己写的脚本，我发现polym.pl执行1次也就polym_loop.py里的一圈循环最多只找到一个成键的对，跟您确认下是这样吧？
这样的话感觉效率低了。

naoki · 发表于 Post on 2022-1-23 21:38:55

tjuptz 发表于 2022-1-23 20:30
好的，谢谢。我再试试

太强了，期待早日实现

tjuptz · 发表于 Post on 2022-1-23 20:30:37

naoki 发表于 2022-1-23 19:52
加上电荷跑退火更合理些
我的cutoff是6 angstrom，我没加intra，感觉加不加对MPD和TMC都一样

好的，谢谢。我再试试

naoki · 发表于 Post on 2022-1-23 19:52:44

tjuptz 发表于 2022-1-23 14:14
好的，谢谢提供信息和建议。我在gromacs用gaff力场试验的，把除了连接原子外其他原子电荷都设为0了，可能 ...

加上电荷跑退火更合理些
我的cutoff是6 angstrom，我没加intra，感觉加不加对MPD和TMC都一样

tjuptz · 发表于 Post on 2022-1-23 14:14:21

本帖最后由 tjuptz 于 2022-1-23 14:23 编辑

naoki 发表于 2022-1-23 14:07
ptz兄好，常温下应该没有这种产物。当MPD与TMC反应生成一个酰胺键后，这俩环被酰胺键隔开，没法再扭转过 ...

好的，谢谢提供信息和建议。我在gromacs用gaff力场试验的，把除了连接原子外其他原子电荷都设为0了，可能跟这个有关。你用polymatic加pcff力场直接用距离标准就不会出现这种情况吗？是否加了不允许分子内intra成键的选项呢？

naoki · 发表于 Post on 2022-1-23 14:07:58

tjuptz 发表于 2022-1-22 22:44
楼主好，我最近自己写脚本做这个，用少量分子试验时发现会有这种一个MPD的2个N与一个TMC的2个C连一起，如下 ...

ptz兄好，常温下应该没有这种产物。当MPD与TMC反应生成一个酰胺键后，这俩环被酰胺键隔开，没法再扭转过来反应了，这需要克服的势垒太高。我用polymatic脚本做交联的时候，在pcff力场下没出现这种结构。如果你写的脚本是考虑linker之间距离和角度来判断交联，不妨将cutoff设大一点看看。比较合理的方法可能是先通过距离和角度的cutoff判断成键，在生成几个化学键后，跑em或md退火，或许可以避免这种问题。

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