高斯09E.01win64 下计算CCSD CPU利用率低求助

风飞 · 发表于 Post on 2020-6-17 21:26:53

本帖最后由风飞于 2020-7-4 11:42 编辑

老师，您好，
我使用高斯09E.01win64，使用CCSD(T)/aug-cc-pVTZ 进行计算，体系的原子有18个(C H O) 输入文件如下，刚开始运行到502时，CPU的利用率还挺高的，可是现在到了913，CPU的利用率就特别的低，而且单核的运行速度也下降了很多，如图所示，请问老师怎样提高运算效率呢？

hlmkh · 发表于 Post on 2020-7-5 00:46:40

风飞发表于 2020-7-3 22:56

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-4 10:51:22

本帖最后由风飞于 2020-7-4 11:45 编辑

老师，您好，我想按照您说的进行计算，我看了您的帖子：http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html） ORCA进行DLPNO-CCSD(T) 计算，有几种选择，分别是：
1）DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ with normalPNO and RIJK
2）DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ with tightPNO and RIJK
与CCSD(T)的误差在1 kJ/mol的程度，几乎可认为没有差别。tightPNO的耗时比NormalPNO通常高几倍。在笔者的Intel 36核机子上，用当前级别计算66个原子的有机体系耗时约8小时，耗硬盘最多时候为120GB。如果你还想要更好的精度，建议将基组提升至cc-pVQZ，但也会贵非常多。如果不用RIJK，即去掉RIJK cc-pVTZ/JK关键词，精度会有所改进，但对较大的体系，SCF部分的耗时会增加许多
3）DLPNO-CCSD(T)/CBS with tightPNO and RIJK (def2-TZVPP->QZVPP extrapolation)。关键词DLPNO-CCSD(T) Extrapolate(3/4,def2) RIJK def2/JK tightSCF

我的体系是团簇结构，原子最多是48个（C、H、O），相同团簇同分异构体的能量大小，因为我之前采用M062X-def2TZVP 算有些同分异构体的能量，发现只有0.3~0.5kcal/mol的差异，太小了，所以想提高提高精度进行计算我的计算机配置是（物理核心52核，200G的固态，2T的机械）
老师，根据您的经验，请问我是选择2）呢还是3）？

此外，我昨天运行了一下test.inp 结束后多了很多文件，是否可以写命令将这些文件们在计算过程中进行归档呢？ORCA对内存和CPU并行数是否有什么要求呢？例如内存太大了反而速度变慢，CPU并行太多也会降低速度，

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-3 22:56:10

本帖最后由风飞于 2020-7-4 00:41 编辑

hlmkh · 发表于 Post on 2020-6-30 01:53:14

Can you share Gaussian 09E.01win64?

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-30 00:30:57

风飞发表于 2020-6-29 21:32
老师，您好，我现在已经在linux下装了高斯16，考虑到在高斯下采用CCSD(t,tidiag/aug-cc-pvtz进行计算太耗 ...

注意级别的正确写法，那叫CCSD(T)/aug-cc-pVTZ。
即便极好的机子，CCSD(T)/aug-cc-pVTZ对于普通有机体系连20个原子都算不动

对这些体系要在同一级别下算，只有用DLPNO-CCSD(T)才有可能，仔细看此文相关信息
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html）

snljty · 发表于 Post on 2020-6-29 21:36:55

风飞发表于 2020-6-29 21:32
老师，您好，我现在已经在linux下装了高斯16，考虑到在高斯下采用CCSD(t,tidiag/aug-cc-pvtz进行计算太耗 ...

t1diag不是计算级别，不用写上。48个原子ORCA也算不动，换DLPNO-CCSD(T)无压力。

风飞 · 发表于 Post on 2020-6-29 21:32:05

本帖最后由风飞于 2020-7-4 11:43 编辑

sobereva 发表于 2020-6-18 11:53
PS: 这种机子这种任务居然用win64版...win64版对于核数很多的时候速度比linux慢甚巨

老师，您好，我现在已经在linux下装了高斯16，考虑到在高斯下采用CCSD(T)/aug-cc-pVTZ进行计算太耗时和内存，我的体系只含C、H、O的18-45个原子不等，请问是否可以在ORCA采用进行该级别下的单点计算，到时候文章中这样写高斯和ORCA这样结合使用，审稿人是否会质疑呢？
计算机配置是：双路8171M 2T机械+0.5T的固态），我这边还没来的及装ORCA，如果采用ORCA在这样的条件下CCSD(t,tidiag/aug-cc-pvtz能算动吗？之前在Windows下算，只有21个原子，都实在吃不消，我怕后来到48个原子，也算不动，

naonao5205 · 发表于 Post on 2020-6-19 11:51:02

风飞发表于 2020-6-17 21:56
我用的硬盘是三星PM961，是M.2口512GB高速固态硬盘，刚刚看了高斯的并行测试http://bbs.keinsci.com/th ...

个人经验是cpu运算能力和读取速度之间不匹配我用orca算DLPNO-CCSD(T)的T部分的时候就是读取大概500mb/s但是cpu也占不满，我之前也发贴咨询过硬盘问题 http://bbs.keinsci.com/thread-15974-1-1.html 可能是cpu给太多了吧

风飞 · 发表于 Post on 2020-6-18 13:50:30

sobereva 发表于 2020-6-18 11:53
PS: 这种机子这种任务居然用win64版...win64版对于核数很多的时候速度比linux慢甚巨

那我在Linux下装高斯，然后再试试

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-18 11:53:19

PS: 这种机子这种任务居然用win64版...win64版对于核数很多的时候速度比linux慢甚巨

风飞 · 发表于 Post on 2020-6-17 22:16:44

thanhtam 发表于 2020-6-17 22:06
多给点内存，有191G为什么不用。
8171M只有52个核，nproc设小一点吧

嗯，我已经设置成了52 试试，内存设置成了80G，谢谢您

风飞 · 发表于 Post on 2020-6-17 22:14:53

本帖最后由风飞于 2020-6-17 22:16 编辑

zjxitcc 发表于 2020-6-17 22:06
你可以打开log文件看算到哪一步了，到底是在进行振幅迭代，还是已经迭代完在算(T)部分了。

PS：你用CCSD ...

嗯，我看了一下还是进行振幅迭代，连1都没跑完我改成了80G试试，谢谢您

thanhtam · 发表于 Post on 2020-6-17 22:06:38

多给点内存，有191G为什么不用。
8171M只有52个核，nproc设小一点吧

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-6-17 22:06:31

你可以打开log文件看算到哪一步了，到底是在进行振幅迭代，还是已经迭代完在算(T)部分了。

PS：你用CCSD(T)/aug-cc-pVTZ，这体系也不小，内存才给8GB，实在是太寒酸了，可能算到一半会挂掉。给80GB还差不多。

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