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[新手求助] irc跑完后几何优化的自由能比TS高

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本帖最后由 typ_gauss 于 2020-8-13 10:19 编辑

过渡态能量:HF=-3853.1213921
                   Sum of electronic and thermal Free Energies=        -3852.054085
irc关键词:# irc=(rcfc,maxpoints=20,reverse,LQA) b3lyp/genecp geom=check guess=read empiricaldispersion=gd3bj

几何优化关键词:# opt=calcfc b3lyp/genecp geom=check guess=read freq empiricaldispersion=gd3bj


中间体能量:HF=-3853.1218684
                   Sum of electronic and thermal Free Energies=        -3852.052123

我有点疑惑的是,单点能是中间体比过渡态低的,但也不是很多,才0.3个kcal,算频率后,反倒中间体的自由能比过渡态的高。从过渡态的虚频看是我期望的过渡态,但是能量的结果又比较奇怪,是不是说明这个过渡态找得不对?这样的情况应该怎么处理?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-27 15:28:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-25 07:29
B3LYP算过渡金属和主族都很平庸,opt freq目的二者都兼顾的话还不如用MN15。M06已经过时了,哪方面都不值 ...

好的,谢谢。我尝试一下

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发表于 Post on 2020-10-25 07:29:08 | 只看该作者 Only view this author
typ_gauss 发表于 2020-10-24 10:15
感谢sob老师,我有详细看过这几篇文章,但是我觉得我是一个综合的情况,是一些含过渡金属的有机化合物, ...

B3LYP算过渡金属和主族都很平庸,opt freq目的二者都兼顾的话还不如用MN15。M06已经过时了,哪方面都不值得使用
单点显然可以用那些。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-24 10:15:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 typ_gauss 于 2020-10-24 10:16 编辑
sobereva 发表于 2020-10-21 11:50
我并不怎么推荐M06
该用什么看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择

感谢sob老师,我有详细看过这几篇文章,但是我觉得我是一个综合的情况,是一些含过渡金属的有机化合物,同时又需要计算过渡态,来比较能垒差。我觉得用B3LYP-D3来进行几何优化找过渡态是合适的,但是关于单点能的计算是不是可以用wB97M-V 或者B2PLYP-D3(BJ)这两种泛函来尝试一下。

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发表于 Post on 2020-10-21 11:50:15 | 只看该作者 Only view this author
typ_gauss 发表于 2020-10-20 17:40
感谢sobereva老师的回复,我目前体系是含有过渡金属的有机化合物,是不是换成SMD(solvent)-M06-D3/Def2TZ ...

我并不怎么推荐M06
该用什么看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-20 17:40:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-14 09:40
这年头还用B3LYP-D3(BJ)算势垒是极其危险的,很容易被拒:http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html
...

感谢sobereva老师的回复,我目前体系是含有过渡金属的有机化合物,是不是换成SMD(solvent)-M06-D3/Def2TZVPP//B3LYP-D3BJ/6-31G** & lanl2dz这样可以试一试。还是说几何优化也换成M06-D3

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发表于 Post on 2020-8-14 09:40:08 | 只看该作者 Only view this author
这年头还用B3LYP-D3(BJ)算势垒是极其危险的,很容易被拒:http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html
本来B3LYP算势垒的误差就大,尤其是对于这种势垒极低的情况,B3LYP-D3(BJ)给出的电子能量的可靠度简直完全没法用于发表,可能造成定性错误。

应当用个更像样的方法算单点能(CCSD(T)、双杂化、wB97M-V等等,看计算条件),结合B3LYP-D3(BJ)给出的自由能热校正量来得到自由能
参考此文过程
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html
另见
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

有些很低势垒的情况B3LYP优化出的过渡态可能都不合理,看诸如
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-13 21:26:20 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-8-13 20:38
一个意思,产物Gibbs自由能略高于过渡态,不就是逆反应的反应物的Gibbs自由能略高于过渡态嘛

好的,知道了,感谢

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发表于 Post on 2020-8-13 20:38:10 | 只看该作者 Only view this author
typ_gauss 发表于 2020-8-13 14:38
您好,有一点我忘了说明了,虽然这里写的是reverse,但算出来的实际结果是朝着产物方向走的,如果用forwa ...

一个意思,产物Gibbs自由能略高于过渡态,不就是逆反应的反应物的Gibbs自由能略高于过渡态嘛
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-13 14:38:56 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-8-13 11:55
这是有可能的,过渡态少一个振动模式,因此零点能往往会比中间体低一些,如果是活化能特别低的过渡态,有可 ...

您好,有一点我忘了说明了,虽然这里写的是reverse,但算出来的实际结果是朝着产物方向走的,如果用forward算出来的是反应物方向的中间体,活化能有10多个kcal;所以这里的能量差是产物和过渡态的差别,我不知道这种产物中间体的能量比过渡态高是说明什么问题?谢谢

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发表于 Post on 2020-8-13 11:55:55 | 只看该作者 Only view this author
这是有可能的,过渡态少一个振动模式,因此零点能往往会比中间体低一些,如果是活化能特别低的过渡态,有可能出现加了频率校正以后活化Gibbs自由能略小于0的情形。因为你是在单点能的势能面上找的过渡态,不是在自由能的势能面上找的过渡态,所以过渡态能量比反应物高的图像,只在讨论单点能的时候才成立。
Zikuan Wang
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