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[波函数分析交流] 拟合静电势电荷的计算方法

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这篇文章专门介绍拟合静电势电荷的原理、特点,对于MK、CHELPG、RESP、AM1-BCC等各种拟合静电势电荷都专门进行了介绍和讨论。

拟合静电势电荷的计算方法.pdf (50.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 2339)

补充:后来笔者在Multiwfn程序(http://sobereva.com/multiwfn)中实现了RESP电荷的计算(MK、CHELPG也都支持),并撰写了下文,强烈建议一看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html
Multiwfn在计算RESP电荷上是所有程序中最灵活、最强大、使用最方便的。

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发表于 Post on 2022-12-2 08:52:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-2 02:38
看《原子电荷计算方法的对比》http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml里的引用。Mu ...

好的,谢谢老师,谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-2 02:38:44 | 只看该作者 Only view this author
忘不掉的回忆 发表于 2022-12-1 14:43
老师好,请问您在本文中提到的MK方法的引用的文献是哪两篇?谢谢老师
我根据您的这篇博文(http://bbs.kei ...

看《原子电荷计算方法的对比》http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml里的引用。Multiwfn手册里也有引用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-12-1 14:43:08 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问您在本文中提到的MK方法的引用的文献是哪两篇?谢谢老师
我根据您的这篇博文(http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html)做了一个能量分解,想简单写一下拟合静电势用到的MK方法。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-22 10:17:10 | 只看该作者 Only view this author
dgwfly 发表于 2022-2-22 00:00
谢谢Sob老师,我再通过Multiwfn试一下RESP电荷。我阅读了你之前的文章,大概明白HF不是一个好的方法。我 ...

保持这个一致没有丝毫意义,反倒体现出对计算原理的严重错误理解
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发表于 Post on 2022-2-22 00:00:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-21 20:21
把基组名写对

用HF毫无意义

谢谢Sob老师,我再通过Multiwfn试一下RESP电荷。我阅读了你之前的文章,大概明白HF不是一个好的方法。我采用HF的一个原因是我用sSAPT0 结合jun-cc-pVDZ 作了能量分解,sSAPT0使用了HF计算了electrostatic energies. 我想要保持一致性所以采用HF通过Gaussian得到电荷。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-21 20:21:41 | 只看该作者 Only view this author
dgwfly 发表于 2022-2-20 22:29
谢谢前辈的帖子。想请教一下,我想通过B48N48H24分子得到氮化硼的表面电荷。首先我采用B3LYP/631G(d)对B48N ...

把基组名写对

用HF毫无意义

对这种有对称性的体系强烈不建议用Gaussian自己的算拟合静电势电荷的功能,原子电荷往往和点群对称型不符。应当用Multiwfn算RESP电荷,计算时根据点群自动判断等价性,并施加等价性约束,仔细看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html

我不知道你哪看的文献。要和文献对比必须计算级别、原子电荷计算方法严格一致。
仔细看下文了解原子电荷常见的都有哪些,各有什么特点
《原子电荷计算方法的对比》(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml
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发表于 Post on 2022-2-21 09:02:53 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-2-21 01:04
文献也是CHELPG电荷吗?
把文献也贴一下吧

这个用的是DDAP, 氮化硼,0.9e, https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpclett.7b03443
这个是chelpg,氮化硼碳管,也是小于1  https://digital-library.theiet.o ... .1049/mnl.2009.0112

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发表于 Post on 2022-2-21 01:04:51 | 只看该作者 Only view this author
dgwfly 发表于 2022-2-20 15:29
谢谢前辈的帖子。想请教一下,我想通过B48N48H24分子得到氮化硼的表面电荷。首先我采用B3LYP/631G(d)对B48N ...

文献也是CHELPG电荷吗?
把文献也贴一下吧
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-2-20 22:29:02 | 只看该作者 Only view this author
谢谢前辈的帖子。想请教一下,我想通过B48N48H24分子得到氮化硼的表面电荷。首先我采用B3LYP/631G(d)对B48N48H24分子进行结构优化,然后用Gaussian的pop=chelpg进行原子电荷的计算,分别测试了HF/jun-cc-pvdz 和wB97X-D/6-33++G(d,p)这两种方法。得到的位于分子最内环的B和N的平均电荷大概是1.6e,而大多文献中计算的氮化硼平板的电荷一般是小于1e的。我的结果有点偏大,不知道我的计算是不是存在问题。附件是我的输入文件和最后的电荷分布图。 dircumboronene.out (107.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
dircumboronene.gjf (7.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)


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发表于 Post on 2020-10-29 16:08:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-29 13:13

相关信息看MOLECULAR PHYSICS, 1985, VOL. 56, No. 5, 1047-1064

好的,非常感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-29 13:13:03 | 只看该作者 Only view this author
熊猫黑又白 发表于 2020-10-27 19:28
请问您的这篇文章发表了吗?想学习一下DMA方法


相关信息看MOLECULAR PHYSICS, 1985, VOL. 56, No. 5, 1047-1064
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发表于 Post on 2020-10-27 19:28:24 | 只看该作者 Only view this author
请问您的这篇文章发表了吗?想学习一下DMA方法

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发表于 Post on 2017-9-12 20:35:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-12 16:29
是。

[78] Franc, M. M., Chirlian, L. E. Reviews in Computational Chemistry. Lipkowitz, K. B.; B ...

谢sob.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-12 16:29:44 | 只看该作者 Only view this author
meatball1982 发表于 2017-9-12 15:30
sob:
看了文章,学了很多。
现在,想看Ref73.Ref78.Ref86进一步阅读一下。

是。

[78] Franc, M. M., Chirlian, L. E. Reviews in Computational Chemistry. Lipkowitz, K. B.; Boyd, D. B., Eds. VCH Publishers: New York, 2000; Vol. 14, pp 1-31.
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发表于 Post on 2017-9-12 15:30:11 | 只看该作者 Only view this author
sob:
看了文章,学了很多。
现在,想看Ref73.Ref78.Ref86进一步阅读一下。

查了一下,请帮忙看一下是不是对应的73,86两个文献。
另外,能不能把Ref78的题目给一下。



Ref73
@article{doi:10.1021/j100494a019,
author = {Momany, Frank A.},
title = {Determination of partial atomic charges from ab initio molecular electrostatic potentials. Application to formamide, methanol, and formic acid},
journal = {The Journal of Physical Chemistry},
volume = {82},
number = {5},
pages = {592-601},
year = {1978},
doi = {10.1021/j100494a019},
}


Ref86

@article{Horn2006,
  doi = {10.1007/s00894-006-0137-8},
  url = {https://doi.org/10.1007/s00894-006-0137-8},
  year  = {2006},
  month = {aug},
  publisher = {Springer Nature},
  volume = {13},
  number = {2},
  pages = {381--392},
  author = {Anselm H. C. Horn and Timothy Clark},
  title = {Multipole electrostatic potential derived atomic charges in {NDDO}-methods with spd-basis sets},
  journal = {Journal of Molecular Modeling}
}

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