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[Gaussian/gview] 关于GV中分子的对称性问题

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本帖最后由 好多于 于 2022-5-7 21:14 编辑

我拿了卢老师优化出来的24环碳的坐标,自己换了泛函,又进行了进一步的优化。卢老师在SI里说这个分子是D12h,可我只能优化出D6d,这是什么原因啊。

结构已附上


C24.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-10 11:14:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-9 21:18
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552(http://bbs.kein ...

好的,谢谢老师回复
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发表于 Post on 2022-5-9 21:18:35 | 只看该作者 Only view this author
好多于 发表于 2022-5-8 14:37
好的老师,有没有关于shermo设置对称性的帖子呀,因为我目前还没用过shermo

使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html

Shermo手册里搜PGlabel
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发表于 Post on 2022-5-9 21:18:00 | 只看该作者 Only view this author
好多于 发表于 2022-5-8 14:41
主要是看log文件的时候,初始结构可以准确识别为D12H,后边一优化就成了D4H了

纠结这个没意义
对于如此高阶旋转群,根本没必要优化过程中强求Gaussian始终判断出来真实的点群。而且是否判断出来对于优化结果并没什么影响
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-9 11:17:35 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-5-8 23:01
跟泛函没关系,对称性只用坐标就可以判断。

好的蟹蟹。我用symmetry=loose得到了想要的对称性,但是在shermo里,对称性又降低了
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发表于 Post on 2022-5-8 23:01:21 | 只看该作者 Only view this author
好多于 发表于 2022-5-8 14:42
是不是因为换了泛函呀

跟泛函没关系,对称性只用坐标就可以判断。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-8 14:42:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-8 09:42
很高阶旋转群的情况,大多数程序没法正确识别点群。应当根据当前结构和点群的常识自己人为判断。对于大尺寸 ...

是不是因为换了泛函呀
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-8 14:41:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-8 09:42
很高阶旋转群的情况,大多数程序没法正确识别点群。应当根据当前结构和点群的常识自己人为判断。对于大尺寸 ...

主要是看log文件的时候,初始结构可以准确识别为D12H,后边一优化就成了D4H了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-8 14:37:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-8 09:42
很高阶旋转群的情况,大多数程序没法正确识别点群。应当根据当前结构和点群的常识自己人为判断。对于大尺寸 ...

好的老师,有没有关于shermo设置对称性的帖子呀,因为我目前还没用过shermo
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-8 14:36:28 | 只看该作者 Only view this author
Daniel_Arndt 发表于 2022-5-8 09:55
我有次算个符合D3h点群的分子,要么使用直角坐标,关键词里加“symmetry=loose”,要么就得手动写z-matrix ...

好的我试试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-8 14:36:11 | 只看该作者 Only view this author
granvia 发表于 2022-5-7 23:58
Gview的bug,对称性最高只能识别到8重轴好像。应该看out文件里的输出点群

感谢回答
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发表于 Post on 2022-5-8 09:55:56 | 只看该作者 Only view this author
我有次算个符合D3h点群的分子,要么使用直角坐标,关键词里加“symmetry=loose”,要么就得手动写z-matrix,而且写z-matrix的时候要用B1、D1这类东西,然后输入文件的末尾写上“B1=”(后面是距离)、“D1=”(后面是角度)。

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发表于 Post on 2022-5-8 09:42:35 | 只看该作者 Only view this author
很高阶旋转群的情况,大多数程序没法正确识别点群。应当根据当前结构和点群的常识自己人为判断。对于大尺寸碳环的研究我都是这么做的。用Shermo的时候也应当手动指定点群。
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发表于 Post on 2022-5-7 23:58:56 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 granvia 于 2022-5-8 00:00 编辑

Gview的bug,对称性最高只能识别到8重轴好像。应该看out文件里的输出点群

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-7 19:58:55 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2022-5-7 16:50
你先在输出文件里搜Full point group,看Gaussian计算时候判断的是什么点群。

第一步是D12H,最后一步是D4H
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发表于 Post on 2022-5-7 19:09:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-5-7 19:32 编辑

社长过来瞄一下,@sobereva 我做[24]碳环的振动分析,结构是优化好的,Gaussian报D12h, Shermo报C1,我没设PGlabel,是Shermo自己判断的。

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