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[新手求助] 提交Gaussian 09 C.01计算Opt+Freq任务时报错

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本帖最后由 深爱小李 于 2022-9-23 15:15 编辑

首先化合物结构是用MS建模的,Export成.mol2格式的文件,然后用GaussView 5.0.9打开,设置Opt+Freq任务(如图一),将文件保存成Gaussian输入文件.gif,提交任务计算,出现报错(如图二),请问是怎么回事呀?请@sobereva老师指教。         报错内容是Error termination via Lnk1e in E:\Experiment related software\G09\G09W\l101.exe;The processing of the last link ended abnormally.All processing has been aborted.

1.png (49.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

图一

图一

2.png (22.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

图二

图二

WW-S-SN38.gjf

46.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 10

Gromacs输入文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-19 14:38:26 | 只看该作者 Only view this author
乐平 发表于 2022-9-24 15:19
这么大的体系,还好都是 C,H,O,N,S 这些元素。建议你先用 xTB 试试。

xTB 现在有 Windows 版了,解 ...

嗯嗯 xtb半经验法果然快的飞起 谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-25 14:45:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-25 01:59
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421(http://bb ...

好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2022-9-25 01:59:49 | 只看该作者 Only view this author
深爱小李 发表于 2022-9-24 18:00
感谢,xTB是像Gaussian一样的量子力学软件吗,那我去看看

将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html

用Gaussian里的半经验方法也可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-24 18:00:28 | 只看该作者 Only view this author
乐平 发表于 2022-9-24 15:19
这么大的体系,还好都是 C,H,O,N,S 这些元素。建议你先用 xTB 试试。

xTB 现在有 Windows 版了,解 ...

感谢,xTB是像Gaussian一样的量子力学软件吗,那我去看看

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发表于 Post on 2022-9-24 15:19:19 | 只看该作者 Only view this author
这么大的体系,还好都是 C,H,O,N,S 这些元素。建议你先用 xTB 试试。

xTB 现在有 Windows 版了,解压就能用
http://bbs.keinsci.com/thread-30080-1-1.html


用法见 xTB 手册 optimization 的内容
https://xtb-docs.readthedocs.io/ ... ometry-optimization

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-24 09:25:27 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2022-9-23 16:49
看看清楚,6-31g(d,p)不是6-31g(b,p)
实在看不清可以写 6-31g**

嗯嗯 谢谢 是我写错了,抱歉

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-24 09:24:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-24 00:03
槽点太多,强烈建议你参加北京科音的初级量化班正经好好学学
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sober ...

感谢老师的耐心解答,我刚开始接触分子模拟,很多都不懂,我好好看看你发的那些知识,发帖以后一定注意

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发表于 Post on 2022-9-24 00:03:37 | 只看该作者 Only view this author
槽点太多,强烈建议你参加北京科音的初级量化班正经好好学学
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html
否则纯粹是胡算瞎算,完完全全白浪费时间

基组不加极化根本没法用、没法发文章,这是最最基本的常识,好好看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html

内存给区区100MB干嘛,好好看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

用M$创建结构毫无意义,gview的建模功能(晶体、聚合物等除外)明明远比M$强大得多。正经用Gaussian做计算的人几乎没有用M$创建结构的

没有叫Gaussian 09 5.0.9的东西,要么Gaussian 09,要么GaussView 5.0.9。你用的叫Gaussian 09 C.01

明明从G09 D.01开始就已经支持了DFT-D3,好好看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

当前体系如果用的方法是B3LYP这样无法描述色散作用的还不加色散校正,结果根本毫无意义,仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html

你就一个4核机子,还只给区区100MB内存,用当前级别想优化将近800个原子体系还做振动分析完全不可能,完全没有最基本计算常识。

是%mem不是%men
是gjf不是gif
分清楚Gaussian和GROMACS,1L的附件描述怎么写成了Gromacs输入文件

别打那么多错字,看着令人极其难受,要有点最基本的严谨态度

看清楚板块再发帖,避免扰乱论坛秩序。Gaussian的问题明显不应当发到“分子模拟”板块,这次给你改了,以后注意





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发表于 Post on 2022-9-24 00:03:04 | 只看该作者 Only view this author
Q-Chembio-llg 发表于 2022-9-23 15:02
我想删掉geom=connectivity应该就不会报错了。然后按我的个人习惯,b3lyp的话我一般会配合em=gd3使用,然后 ...

opt freq阶段不建议用SMD,数值噪音容易出虚频和震荡,见
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
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发表于 Post on 2022-9-23 16:49:28 | 只看该作者 Only view this author
深爱小李 发表于 2022-9-23 15:47
啊,感谢!我把%men提高到100MW,然后用6-31G(b,p),就算跑单独一个前药分子还是会出现一样的问题。

看看清楚,6-31g(d,p)不是6-31g(b,p)
实在看不清可以写 6-31g**
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-23 15:47:42 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-9-23 15:24
Initialization pass.
Out-of-memory error in routine Optmz1 (IEnd=      32152122 MxCore=      13 ...

啊,感谢!我把%men提高到100MW,然后用6-31G(b,p),就算跑单独一个前药分子还是会出现一样的问题。

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发表于 Post on 2022-9-23 15:24:09 | 只看该作者 Only view this author
深爱小李 发表于 2022-9-23 15:15
你指的是.gif文件吗,我放上去了

Initialization pass.
Out-of-memory error in routine Optmz1 (IEnd=      32152122 MxCore=      13107200)
Use %mem=31MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l103.exe at Fri Sep 23 15:20:18 2022.

%men太小了。

另外,分子好大,可以先试6-31G*基组。
ORCA大法好!CP2K大法好!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-23 15:15:49 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-9-23 15:13
我忘了这事了,connecitivty缺失好像也行。基组加极化见http://sobereva.com/336
方便的话把文件贴出来 ...

你指的是.gif文件吗,我放上去了

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发表于 Post on 2022-9-23 15:13:07 | 只看该作者 Only view this author
深爱小李 发表于 2022-9-23 15:01
你好,成键数据指的是什么呢? 删除geom=connectivity后也是报错。请问给基组加极化的目的和作用是什么呢 ...

我忘了这事了,connecitivty缺失好像也行。基组加极化见http://sobereva.com/336
方便的话把文件贴出来看看
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
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