复合物优化采用6-311+G(d),后续计算单点能和结合能采用ma-QZVP基组，可以不考虑BSSE吗

故1996 · 发表于 Post on 2025-4-24 10:31:31

本帖最后由故1996 于 2025-4-24 10:31 编辑

新人求教：
这几天看了sob老师的关于泛函的选择http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html，泛函的切换http://sobereva.com/415以及基组的选择http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html相关的帖子，以及一个关于实际计算例子的问题http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html，这个帖子感觉对我很有借鉴意义。
这是我的计算：
一. 我想要计算 16烷基磺酸根与4个水分子之间的结合能，水分子是随意放置子磺酸跟周围的，整体构型首先进行了结构优化（opt geom=cartesian freq B3LYP/6-311+G(d) EmpiricalDispersion=GD3BJ
）16烷基磺酸跟是负一价的采用了弥散，单点能的计算采用的是# m062x/ma-QZVP empiricaldispersion=gd3 geom=cartesian，然后打算分别计算16烷基磺酸根、4个水分子在构型中（坐标不变）的能量。进行 E(结合)=E(总)-E(16烷基磺酸根)-E(4个水分子)。想通过计算得出，水分子与16烷基磺酸的结合能。

按照之前看的帖子，优化采用B3LYP/6-311+G(d)，然后能量采用m062x/ma-QZVP，这样计算更能节省成本并提高精度，不知我这么理解是否正确，基组选择是否正确？
单点能计算采用的是m062x/ma-QZVP，之前我计算采用的是ma-TZVP，但是后来考虑到BSSE校正，没太整明白操作，索性采用ma-QZVP计算各部分能量，是否可以这样采用4-zeta级别，因为之前优化结构时采用6-311+G(d)，对后续能量计算采用ma-QZVP有没有影响？（一个是3-zeta级别，一个是4-zeta级别，我不知基组级别应不应该保持一致，我的理解是基组级别增高，计算更加准确）。

二在 16烷基磺酸根与4个水分子的基础上我在构型中增加了一个Na离子和一个Cl离子，整个体系的还是负一价。
想要得出，加入NaCl后，水与NaCl组成的基团与16烷基磺酸根结合能的变化情况，想要验证加入NaCl后基团是否更容易与16烷基磺酸根结合了（结合能降低），是否可以这样进行结合能比较，比较水团簇与16烷基磺酸根的结合倾向。（Na离子和Cl离子的放置也是随意放置的，同样采用了上述计算方式，先优化后单点能计算，基组相同。）

这是优化后的构型图（优化过程中加了geom=cartesian）

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-6-14 08:14:36

QJW 发表于 2025-6-13 23:44
老师，论坛有推荐ORCANEB的文章吗，感觉心里没底，想懂一下原理

ORCA手册的NEB章节引用了很多文献，可以自己查一下

QJW · 发表于 Post on 2025-6-13 23:44:21

wzkchem5 发表于 2025-6-10 20:01
随不同程序的默认设置不同，答案未必一样。一般而言，双键的顺反异构不会发生，诸如丁二烯中间那根C-C单 ...

老师，论坛有推荐ORCANEB的文章吗，感觉心里没底，想懂一下原理

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-6-10 20:01:11

QJW 发表于 2025-6-10 18:46
老师，关于构象搜索这个问题，如果一种柔性分子有顺式反式两构象，其中反式构象效果远好于顺式，那么在反 ...

随不同程序的默认设置不同，答案未必一样。一般而言，双键的顺反异构不会发生，诸如丁二烯中间那根C-C单键的s-cis、s-trans构象异构是可以发生的，酰胺C-N键顺反异构可能发生也可能不发生

QJW · 发表于 Post on 2025-6-10 18:46:43

wzkchem5 发表于 2025-6-10 15:53
我已经说了，可以去搜Markus Reiher的文章

老师，关于构象搜索这个问题，如果一种柔性分子有顺式反式两构象，其中反式构象效果远好于顺式，那么在反应过程中会因为这个导致分子的构象发生顺反式转变吗？如果会的话，是不是也要计算能垒什么的

QJW · 发表于 Post on 2025-6-10 16:34:11

wzkchem5 发表于 2025-6-10 15:53
我已经说了，可以去搜Markus Reiher的文章

谢谢老师！我懂了！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-6-10 15:53:42

QJW 发表于 2025-6-10 15:02
谢谢老师，有什么办法通过一个稳定态去找他相邻的过渡态吗

我已经说了，可以去搜Markus Reiher的文章

QJW · 发表于 Post on 2025-6-10 15:02:01

wzkchem5 发表于 2025-6-10 08:21
IRC是已经知道过渡态的情况下找反应路径，NEB是不知道过渡态的时候同时找到过渡态和反应路径。
高斯不支 ...

谢谢老师，有什么办法通过一个稳定态去找他相邻的过渡态吗

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-6-10 08:21:40

QJW 发表于 2025-6-10 00:25
好的老师，我又看了一些，IRC和NEB是一个效果吗，高斯好像不能NEB,辛苦老师！

IRC是已经知道过渡态的情况下找反应路径，NEB是不知道过渡态的时候同时找到过渡态和反应路径。
高斯不支持就用ORCA，等审稿人叫你补NEB计算的时候就知道了，你不能以高斯不支持为理由不用，因为ORCA是免费的

QJW · 发表于 Post on 2025-6-10 00:25:21

wzkchem5 发表于 2025-6-9 16:46
”计算不了“这个范围太宽泛，必须上传你的完整输出文件和stderr输出（光给几行报错信息是不够的），才能 ...

好的老师，我又看了一些，IRC和NEB是一个效果吗，高斯好像不能NEB,辛苦老师！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-6-9 16:46:33

QJW 发表于 2025-6-9 15:59
辛苦老师，还有个疑问，一个多步反应直接用NEB发现计算不了是我的参数问题还是用法问题？

”计算不了“这个范围太宽泛，必须上传你的完整输出文件和stderr输出（光给几行报错信息是不够的），才能讨论原因

QJW · 发表于 Post on 2025-6-9 15:59:10

wzkchem5 发表于 2025-6-9 09:18
一般根据化学常识，自行穷举所有可能的中间体和过渡态。其中不重要的基团的构象可以用构象搜索来产生，但 ...

辛苦老师，还有个疑问，一个多步反应直接用NEB发现计算不了是我的参数问题还是用法问题？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-6-9 09:18:33

QJW 发表于 2025-6-8 20:34
辛苦老师！还有个问题，对于反应可能的过渡态和中间体怎么讨论呢，哪怕前后都构象搜索了，中间可能的中间 ...

一般根据化学常识，自行穷举所有可能的中间体和过渡态。其中不重要的基团的构象可以用构象搜索来产生，但是过渡态需要断哪根键、成哪根键是需要人工确定的。
如果连过渡态的大致样子都不知道，但反应物和产物是已知的，那么用NEB找过渡态，找到了再做构象搜索。
如果不仅不知道过渡态，反应物和产物有至少一个也是不知道的，那么需要用自动搜索反应路径的方法（可以查Markus Reiher的文章），但极为耗时

QJW · 发表于 Post on 2025-6-8 20:36:59

wzkchem5 发表于 2025-6-8 18:13
这个和构象是否能控制没有关系。
正是因为实验控制不了构象，所以实验上各个构象的比例遵从Boltzmann分 ...

我现在了解到的是DFT求得是区域极小值，然后那个分布好像是稳定态的分布，然后我就尬在这里了

QJW · 发表于 Post on 2025-6-8 20:34:35

wzkchem5 发表于 2025-6-8 18:13
这个和构象是否能控制没有关系。
正是因为实验控制不了构象，所以实验上各个构象的比例遵从Boltzmann分 ...

辛苦老师！还有个问题，对于反应可能的过渡态和中间体怎么讨论呢，哪怕前后都构象搜索了，中间可能的中间体和过渡态肯定是未知的，这个是要给个初猜然后算吗，那怎么确定自己的初猜就是最可能的那个路径呢？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[新手求助] 复合物优化采用6-311+G(d),后续计算单点能和结合能采用ma-QZVP基组，可以不考虑BSSE吗

浏览过的版块