计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 4530|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助在top文件中添加其他小分子力场时报错Invalid order for directive atomtypes

[复制链接 Copy URL]

81

帖子

0

威望

477

eV
积分
558

Level 4 (黑子)

本帖最后由 sj12138 于 2022-1-17 13:29 编辑

前辈们好,我是做的水合物分子动力学的。我在ATB网站上下载的氢气的itp文件以及其自带的力场,将H的itp文件include到top文件中后报错。
我的命令是: gmx_mpi_d grompp -f min.mdp -c II-H-222.gro -o min -pp min -po min -p topol.top
以下是我用到的文件,
我按照论坛中的方法尝试了几次之后仍旧报错,希望各位大佬赐教。

报错.png (20.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

报错

报错

0D1U)9UJI9J6)GTR{B3E5WX.png (49.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

topol.top

topol.top

H.png (38.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

H.itp

H.itp

II-H-222.gro

160.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

位置文件

topol.top

1.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 8

拓扑文件

oplsaa.ff.7z

40.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

全原子力场文件

gromos54a7_atb.ff.7z

49.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

ATB下载的力场文件

H.itp

4.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

H的itp文件

1560

帖子

0

威望

5001

eV
积分
6561

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2022-1-16 18:55:54 | 只看该作者 Only view this author
看我以前犯的相同错误
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html
其次,力场不建议混用,opls和gromos不能混用
又菜又爱玩

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2022-1-17 07:16:07 | 只看该作者 Only view this author
怎么能两个力场的forcefield.itp都include,没有基本常识

ATB提供的修改版54A7力场包里又不是没有spce.itp,include OPLS-AA力场下的spc.itp作甚
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

81

帖子

0

威望

477

eV
积分
558

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-17 14:07:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-17 07:16
怎么能两个力场的forcefield.itp都include,没有基本常识

ATB提供的修改版54A7力场包里又不是没有spce.i ...

老师,我在54A7的rtp文件中加上了19P的残基和原子之后采用gmx_mpi_d pdb2gmx -f II-zj-222.pdb -o II-zj-222.gro -ff gromos54a7_atb生成top文件并grompp之后跑通了,谢谢sob老师,是我之前没想到不需要oplsaa。

但是老师我想问一下,因为我的小分子是氢气很简单所以在rtp文件中可以很容易补充,但是如果是一个比较复杂的分子应该如何在rtp中确定需要补充的内容那?

谢谢sob老师

81

帖子

0

威望

477

eV
积分
558

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-17 14:12:42 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-1-16 18:55
看我以前犯的相同错误
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html
其次,力场不建议混用,opls和grom ...

帖子我看了,我尝试之后还是没有跑通才发帖请教的。由于我的H.itp并没有atomtype的字段,所以我在ffnonbonded.itp中的内容贴到了top中但是依然报最开始的错误

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2022-1-17 17:12:23 | 只看该作者 Only view this author
sj12138 发表于 2022-1-17 14:07
老师,我在54A7的rtp文件中加上了19P的残基和原子之后采用gmx_mpi_d pdb2gmx -f II-zj-222.pdb -o II-zj- ...

这种体系完全不需要用pdb2gmx
直接把小分子itp文件include到主top文件就完了,折腾rtp纯粹是自找麻烦
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

13

帖子

0

威望

45

eV
积分
58

Level 2 能力者

7#
发表于 Post on 2022-2-23 15:29:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-17 17:12
这种体系完全不需要用pdb2gmx
直接把小分子itp文件include到主top文件就完了,折腾rtp纯粹是自找麻烦

老师可以请问下include到主top文件时的格式是什么样的吗

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2022-2-23 18:46:35 | 只看该作者 Only view this author
494085639 发表于 2022-2-23 15:29
老师可以请问下include到主top文件时的格式是什么样的吗

语义不明
搞清楚gromacs的各个字段都该有什么内容,该以什么顺序出现,自然就明白了
PS:我在GROMACS培训里讲得特别透彻 http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html,搞不明白这些基本知识的话最好系统性学学
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 01:20 , Processed in 0.186363 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list