求助OTF-阴离子拓扑文件

maojiale · 发表于 Post on 2022-6-25 12:04:55

求求各位老师救救孩子吧，之前用acpype生成的OTF离子的amber力场itp文件，电荷分配的不对。有没有大佬求告知怎么解决或者提供一下OTF的力场文件

牧生 · 发表于 Post on 2022-6-25 13:50:15

你先告诉我，OTF是什么

算电荷，懒人脚本不能再傻瓜了。
http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html

生成itp文件，sobtop不能再简单了。
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-25 17:31:34

http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html明确说了

不要在标题开头自行写诸如 [求助]、[提问] 这样的标签

这次给你改了，以后注意

提问时候不要用小众向缩写

maojiale · 发表于 Post on 2022-6-25 20:39:12

sobereva 发表于 2022-6-25 17:31
http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html明确说了
这次给你改了，以后注意

好的老师

maojiale · 发表于 Post on 2022-6-25 20:40:29

牧生发表于 2022-6-25 13:50
你先告诉我，OTF是什么

算电荷，懒人脚本不能再傻瓜了。

问题是我不会用gaussian

，OTF-是三氟甲磺酸根离子

Jotaro · 发表于 Post on 2022-6-25 20:51:05

http://bbs.keinsci.com/thread-30149-1-1.html
在CentOS里按要求准备好文件和软件，运行脚本就行了

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-25 22:06:49

maojiale 发表于 2022-6-25 20:40
问题是我不会用gaussian，OTF-是三氟甲磺酸根离子

只要机子里装了Gaussian或免费的ORCA，会不会用程序本身都无所谓，只要有Linux基本常识，都能直接用懒人脚本
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）

但凡你要用RESP电荷，不管什么途径，机子里总得有Gaussian或ORCA，避不开。不用RESP的话，靠acpype只能给你AM1-BCC电荷，比RESP差多了。

maojiale · 发表于 Post on 2022-6-26 09:25:38

sobereva 发表于 2022-6-25 22:06
只要机子里装了Gaussian或免费的ORCA，会不会用程序本身都无所谓，只要有Linux基本常识，都能直接用懒人 ...

谢谢老师

maojiale · 发表于 Post on 2022-6-26 09:26:09

Jotaro 发表于 2022-6-25 20:51
http://bbs.keinsci.com/thread-30149-1-1.html
在CentOS里按要求准备好文件和软件，运行脚本就行了

谢谢您

林俊杰 · 发表于 Post on 2024-11-12 14:37:34

你好，请问你是怎么解决的呢，可以分享一下吗

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