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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-22 00:33:47 | 只看该作者 Only view this author
2429783189 发表于 2025-11-21 20:51
老师我还有点疑惑,对于不明确键的类型的时候,有的键可能是同时具有共价键特征和离子键特征,此时能否用 ...

视具体体系而定
对于你说的这两种键,一定程度上能说明,但建议同时结合其它判据,比如原子电荷,两个原子对对应成键的定域化轨道的贡献、sobEDA能量分解中轨道相互作用项占键能的百分比等
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2025-11-22 21:43:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-22 00:33
视具体体系而定
对于你说的这两种键,一定程度上能说明,但建议同时结合其它判据,比如原子电荷,两个原 ...

好的,听取老师的建议我打算额外再补充AIM分析,我参考了您的博文http://sobereva.com/717,但是我这个周期性体系原子数比较多,自己的笔记本上跑起来太慢了,需要放在服务器上跑,但是不跑完看图又难以确定感兴趣的化学键对应的临界点序号,这在服务器上是无法做到的。所以能否模仿您的这篇博文http://sobereva.com/445进行如下方法:在服务器上安装了Multiwfn_noGUI,然后把AIM.bat和AIM.txt丢进Multiwfn可执行文件所在目录,把AIM.bat里面的VMD路径随便写一个能下载文件的路径,然后在服务器上用命令行运行AIM.bat,再把产生的文件下载下来放在win电脑上的VMD目录下,接着就正常遵循博文内容。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-23 00:56:59 | 只看该作者 Only view this author
2429783189 发表于 2025-11-22 21:43
好的,听取老师的建议我打算额外再补充AIM分析,我参考了您的博文http://sobereva.com/717,但是我这个周 ...

可以
但注意.bat是Windows下的批处理文件,没法在Linux上用,应当了解怎么在Linux里通过命令行使用Multiwfn,看:
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html


另外顺带一提,Multiwfn搜索临界点后,用-4 Modify or export CPs (critical points)里的相应选项可以导入导出。因此可以服务器上搜索临界点并导出成txt文件,然后导入到你笔记本上的Multiwfn里
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发表于 Post on 2025-11-23 01:40:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-23 00:56
可以
但注意.bat是Windows下的批处理文件,没法在Linux上用,应当了解怎么在Linux里通过命令行使用Multi ...

好的,十分感谢老师的耐心解答!想顺便问一下老师,我还有一个想法是用IGMH或者IRI分析将片段间的共价作用和离子键作用分开可视化,以展示出两个体系中的成键差异,这个有方法能行得通吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-23 01:58:36 | 只看该作者 Only view this author
2429783189 发表于 2025-11-23 01:40
好的,十分感谢老师的耐心解答!想顺便问一下老师,我还有一个想法是用IGMH或者IRI分析将片段间的共价作 ...

不可行
变形密度图倒是可以只展现共价作用,下文说了变形密度
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113

下文提到的我的综述里也介绍了变形密度
Angew. Chem.上发表了全面介绍各种共价和非共价相互作用可视化分析方法的综述
http://sobereva.com/746http://bbs.keinsci.com/thread-54361-1-1.html

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发表于 Post on 2025-11-24 20:59:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-23 01:58
不可行
变形密度图倒是可以只展现共价作用,下文说了变形密度
使用Multiwfn作电子密度差图

感谢老师的耐心解答

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发表于 Post on 2025-12-1 01:19:46 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,采用http://sobereva.com/108中的方法计算NF3分子,N-F键间的(3,-3)紫球为什么位置靠近N,而不是靠近F?紫球不是对应于共价键区域电子定域程度局部最高点吗?F的电负性大,共用电子对儿不是应该靠近F吗?谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-1 05:54:01 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2025-12-1 01:19
请问老师,采用http://sobereva.com/108中的方法计算NF3分子,N-F键间的(3,-3)紫球为什么位置靠近N,而不是 ...

截图说明,以及说明对什么函数而言的(3,-3)
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发表于 Post on 2025-12-1 09:20:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dingniu2 于 2025-12-1 09:23 编辑
sobereva 发表于 2025-12-1 05:54
截图说明,以及说明对什么函数而言的(3,-3)

谢谢老师,是对ELF而言。

jietu2.jpg (15.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

jietu2.jpg

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发表于 Post on 2025-12-1 11:28:53 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,在做二维填色LOL图时,分子中的H原子周围为什么会出现高定域性区域,很红的颜色中间包裹一片白色,如图。有以下两个问题:1. 这是否说明H原子定域性非常高,但是H和C之间定域区域应该在C附近,不该在H附近高定域?2. 那块白色区域该如何解释?

ttttt.jpg (51.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

ttttt.jpg

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发表于 Post on 2025-12-3 15:35:59 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我在尝试跟一篇文章中的计算时遇到了这个描述, 文献里提到了一个wA的加权比较。这个步骤是否已经包含在multiwfn-12Quantitative analysis of molecular serface-0-11output surface properties of each atom的过程中。抑或是我需要进入菜单6 Export all surface vertices to vtx.pdb中进一步导出数据用其他软件处理。我的理解是这个加权比较就是为了将ESP表面切分然后归属于分子的各部分原子的,完全包含在multiwfn的计算程序之中了,我的理解是否正确,请老师指教,感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-4 10:25:43 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2025-12-1 09:20
谢谢老师,是对ELF而言。

用Multiwfn画个ELF等值面图,以及F-N-F平面的ELF填色图,一目了然
ELF主要体现成键的电子在哪,并不反映极性。电子密度拉普拉斯函数更能反映。量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班(http://www.keinsci.com/WFN)专门说了:


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-4 10:27:02 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2025-12-1 11:28
请问老师,在做二维填色LOL图时,分子中的H原子周围为什么会出现高定域性区域,很红的颜色中间包裹一片白色 ...

说明电子在那里定域性高。很正常,本来成键的电子就在那里。本来C的半径就远大于H,当然主要分布在靠近H那边

白色是超过了色彩刻度上限,下文明确说了
Multiwfn FAQ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-4 10:28:13 | 只看该作者 Only view this author
sinbley 发表于 2025-12-3 15:35
老师好,我在尝试跟一篇文章中的计算时遇到了这个描述,文献里提到了一个wA的加权比较。这个步骤是否已经包 ...

这是我提出的。看Multiwfn手册这个部分

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发表于 Post on 2025-12-4 11:53:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dingniu2 于 2025-12-4 11:57 编辑
sobereva 发表于 2025-12-4 10:25
用Multiwfn画个ELF等值面图,以及F-N-F平面的ELF填色图,一目了然
ELF主要体现成键的电子在哪,并不反映 ...

谢谢老师!有2个问题向老师请教,做了ELF和LOL填色图的电子定域位置也是靠近氮而非氟,请问老师:1. 如何理解电子定域位置没有靠近电负性大的原子,而是靠近了电负性小的原子?做了电子密度拉普拉斯函数如图,请问老师:2. 这个电子密度拉普拉斯与老师的图例不一样,好似分不出极性大小区域?谢谢老师!!!

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