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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-30 05:47:39 | 只看该作者 Only view this author
18217265596 发表于 2025-6-27 09:03
老师 请问这样的igmh_inter 散点图
我描述成吸引和排斥都存在但是很弱的范德华相互作用 是合适的对吗?
...

永远不要只摆出一个散点图
给出散点图的前提是先给出填色等值面图

参考下文
http://sobereva.com/291
2.10 老师,您看我的散点图(发来图片...),能说明其中有弱相互作用么?
绝对不要光看散点图!要先看RDG填色等值面图,弱相互作用在什么位置、什么特征一目了然。有那么直观的等值面图不看干嘛非要只看一张特别抽象的散点图?光给出散点图的话别人都不知道你的体系是什么结构。仅当需要定量考察、对比的时候才应当结合散点图一起看。


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-6-30 16:28:52 | 只看该作者 Only view this author

VMD绘制ESP图的求助

各位老师,利用VMD绘制ESP图时,双击ESPiso之后,打开VMD输入iso后,为什么ESP图没有颜色呀,是黑白的呢,期待老师的回复

ESP.png (53.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 127)

ESP.png

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发表于 Post on 2025-6-30 17:49:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-27 06:41
不能
ORCA跑AIMD可以要求每隔一定帧数输出一次gbw,各个gbw是独立的,Gaussian没这个功能

好的,谢谢老师
The end.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-30 18:03:19 | 只看该作者 Only view this author
ttdycb 发表于 2025-6-30 16:28
各位老师,利用VMD绘制ESP图时,双击ESPiso之后,打开VMD输入iso后,为什么ESP图没有颜色呀,是黑白的呢, ...

仔细看文末的红字部分
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html
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发表于 Post on 2025-6-30 20:03:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-30 18:03
仔细看文末的红字部分
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2025-7-12 14:48:36 | 只看该作者 Only view this author
老师 想跟您请教下,Multiwfn可以计算分子体系两个原子之间的COHP么,看了Multiwfn的Software Manual (version 3.8 (dev)),4.10.7 Plot COHP for C60 fullerene and N-phenylpyrrole里面的例子,没找到原子之间COHP计算的选项

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-13 06:21:44 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2025-7-12 14:48
老师 想跟您请教下,Multiwfn可以计算分子体系两个原子之间的COHP么,看了Multiwfn的Software Manual (vers ...

把那两个原子各定义为一个片段就完了

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吴双 + 3 好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2025-7-17 22:50:09 | 只看该作者 Only view this author
使用能量分解分析 分析原子对色散作用的贡献时,无论读取MOL2或GJF或XYZ文件,选择选项1或者2会直接闪退,生成一个XYZ文件和一个空TXT文件,请问该如何解决?试了各种文件,结果都一样,求助各位!

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发表于 Post on 2025-7-17 22:51:01 | 只看该作者 Only view this author
DUTHUANGXY 发表于 2025-7-17 22:50
使用能量分解分析 分析原子对色散作用的贡献时,无论读取MOL2或GJF或XYZ文件,选择选项1或者2会直接闪退, ...

是最新版Multiwfn

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-18 06:09:26 | 只看该作者 Only view this author
DUTHUANGXY 发表于 2025-7-17 22:50
使用能量分解分析 分析原子对色散作用的贡献时,无论读取MOL2或GJF或XYZ文件,选择选项1或者2会直接闪退, ...

先重复博文的例子,确保操作无误
使用Multiwfn图形化展现原子对色散能的贡献以及色散密度
http://sobereva.com/705http://bbs.keinsci.com/thread-44723-1-1.html

如果唯独你自己的体系不行,上传输入文件、贴完整的操作过程。提问时提供的信息必须尽可能充分。

以examples\phenol.xyz为例,Multiwfn的输出信息都在附件里,可见目前的最新版没有任何问题
phenol.txt (4.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)
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发表于 Post on 2025-8-21 00:43:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 shobuu 于 2025-8-21 12:21 编辑

卢老师您好!做了一氧化氮吸附体系的电子密度差图。结果上看起来像是电子从NO的其中一个π反键轨道转移到了跟它垂直的另外一个π反键轨道上。NO的π反键轨道其实是简并轨道,猜测是单体单点能计算的时候,程序随机选了一个π反键轨道填充NO的单电子,正好不是复合物中NO单电子填充的那一个,造成了有内部跃迁的假象。请问有没有可能在NO单体单点能计算的时候,规定单电子填充在和复合物中一样的那个π反键轨道中呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-21 03:29:29 | 只看该作者 Only view this author
shobuu 发表于 2025-8-21 00:43
卢老师您好!做了一氧化氮吸附体系的电子密度差图。结果上看起来像是电子从NO的其中一个π反键轨道转移到了 ...

图太乱,都看不清楚等值面的特征

算NO单体的时候,如果用背景电荷表示另一部分体系,由于有外场的作用,电子结构就不会随机了
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发表于 Post on 2025-8-21 12:22:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-21 03:29
图太乱,都看不清楚等值面的特征

算NO单体的时候,如果用背景电荷表示另一部分体系,由于有外场的作用 ...

好的,谢谢老师指导~

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发表于 Post on 2025-9-25 20:48:15 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我使用CP2K进行了三重激发态的动力学模拟(即输入文件里只改了自旋多重度的三重态动力学模拟,没有进行激发态的设置)后如何用Multiwfn进行空穴-电子分析呢(包括空穴-电子距离等指数及得到CDD可视化)?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-26 00:41:18 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2025-9-25 20:48
老师好,我使用CP2K进行了三重激发态的动力学模拟(即输入文件里只改了自旋多重度的三重态动力学模拟,没有 ...

空穴-电子及其相关的分析只能用于CIS/TDDFT方式的计算。UKS方式算激发态也想得到描述电子激发相关指数的话,需要对AIMD轨迹的每个结构都产生T1和S0的电子密度cube文件,用Multiwfn求密度差后按照4.18.3节说的方法获得各种指数。当然,密度差cube文件也可以让Multiwfn导出来可视化
这个过程建议写脚本自动化,参考
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html
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