简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

暗黑烧酒小圆 · 发表于 Post on 2018-10-20 11:54:35

sobereva 发表于 2018-10-19 17:41
密度差图一看作的就不对，两个波函数文件坐标不对应
怎么分析手册4.5.4节有例子

老师我好像知道我错在哪了，我直接拿中性分子的优化产生wfn直接拿去算Fukui了，没有重新算中性分子的单点。

sobereva · 发表于 Post on 2018-10-20 12:59:14

xiayu1985 发表于 2018-10-20 11:09
图中显示的是MO轨道的一部分，multiwfn能不能给出图中，Cu和Ni之间形成的轨道是由Cu和Ni的哪些轨道形成的（ ...

用Multiwfn做轨道定域化分析，见
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380
得到定域化轨道后，找到对应Cu-Ni的定域化轨道的序号，对其照常做Mulliken或SCPA形式的轨道成分分析，就可以得到哪些基函数或原子轨道起产生主要贡献

xy,yz这是和笛卡尔轴绑定的，体系一旋转，那么dxy,dyz相对于分子结构的朝向就会发生变化。而dxy和dyz之间的相对朝向则不会变化

xiayu1985 · 发表于 Post on 2018-10-22 13:25:38

sobereva 发表于 2018-10-20 12:59
用Multiwfn做轨道定域化分析，见
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://s ...

MO轨道途中很明显在Cu-Ni之间有轨道重叠成键了，但是定域化之后Cu和Ni之间却没有成键。不知道这是为何？应该是成键的。

不懂计算 · 发表于 Post on 2018-10-22 21:28:11

sob老师，mulliken分析里 U原子F 0 F+1 F+2 F+3 F-1 F-2 F-3分别代表什么轨道呀？

sobereva · 发表于 Post on 2018-10-23 14:55:21

不懂计算发表于 2018-10-22 21:28
sob老师，mulliken分析里 U原子F 0 F+1 F+2 F+3 F-1 F-2 F-3分别代表什么轨道呀？

不是轨道，是基函数的标识，对应F角动量的球谐型基函数。
每个f原子轨道壳层包含7种f原子轨道，类似地，每个F基函数壳层包含7个球谐型基函数

表达式见
球谐型与笛卡尔型Gaussian函数的转换关系
http://sobereva.com/97

sobereva · 发表于 Post on 2018-10-23 14:58:42

xiayu1985 发表于 2018-10-22 13:25
MO轨道途中很明显在Cu-Ni之间有轨道重叠成键了，但是定域化之后Cu和Ni之间却没有成键。不知道这是为何？ ...

这不能靠猜，本来这俩之间也不是典型的共价键。但凡典型的共价键，基本都会找到对应的定域化轨道。如果你利用比如AdNDP强行去取Cu-Ni的2c-2e轨道，你也会发现这种轨道的占据数很低，本来不适合用一个定域化轨道来表现

不懂计算 · 发表于 Post on 2018-10-23 15:43:07

sobereva 发表于 2018-10-23 14:55
不是轨道，是基函数的标识，对应F角动量的球谐型基函数。
每个f原子轨道壳层包含7种f原子轨道，类似地， ...

谢谢老师，那计算5f壳层的贡献，是不是将F0 F+1 F+2 F+3 F-1 F-2 F-3的Total项加和就好了？

sobereva · 发表于 Post on 2018-10-23 19:10:34

不懂计算发表于 2018-10-23 15:43
谢谢老师，那计算5f壳层的贡献，是不是将F0 F+1 F+2 F+3 F-1 F-2 F-3的Total项加和就好了？

不用自己加，程序直接就输出了各个壳层的贡献

lufenghxu · 发表于 Post on 2018-10-23 22:51:13

本帖最后由 lufenghxu 于 2018-10-24 12:31 编辑

老师，我在用AdNDP方法寻找1 center orbital的时候找出的孤对电子是过渡金属d轨道，是不是按照AdNDP的方法，我认为这其中有些孤对电子存在（合理），就可以把它挑出来，然后继续寻找2-centers orbital？如果觉得不合适就不把它跳出来，再接着搜索其他中心键。总之，AdNDP给出的轨道有些是合理的（有利于解释问题），有些是不合理的。不知道这种理解是否正确？

erya123 · 发表于 Post on 2018-10-23 23:41:17

电子定域性的图形（Laplacian函数，电子定域化函数，定域化轨道指示函数)怎么做？电子定域性的图形分析的博客（http://sobereva.com/63）里面好像没有说那些图怎么做的？谢谢老师！

不懂计算 · 发表于 Post on 2018-10-24 13:59:27

sobereva 发表于 2018-10-23 19:10
不用自己加，程序直接就输出了各个壳层的贡献

好的谢谢sob老师

oucli · 发表于 Post on 2018-10-24 15:14:25

sob老师您好，按照您的帖子“分子间轨道重叠的图形显示和计算”做了分子轨道重叠的图形和积分，有以下几个疑问：
1.分子间电荷转移如何用两分子间HOMO-HOMO以及LUMO-LUMO轨道的重叠来讨论，HOMO-LUMO以及LUMO-HOMO是否可以？轨道重叠应该怎么表示电荷转移？
2.积分的正负表示两分子是一相位相同或相反的方式重叠，是不是不管正负都代表有重叠区域？
3.有些文献中说积分为正表明存在这种轨道相互作用，积分为负则不存在这种轨道相互作用，这种表述是否正确？
谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2018-10-24 18:19:50

oucli 发表于 2018-10-24 15:14
sob老师您好，按照您的帖子“分子间轨道重叠的图形显示和计算”做了分子轨道重叠的图形和积分，有以下几个 ...

1 HOMO-LUMO重叠对讨论电荷迁移问题没有什么意义。电荷转移积分与轨道重叠程度有密切相关性，看比如doi: 10.1007/s11434-012-5222-z的讨论
2 看不懂。即便积分值为0也可以有重叠，只不过可能是相位不匹配而恰好积分为0
3 不正确

wfmf1994 · 发表于 Post on 2018-10-25 16:39:00

sob老师，对于ele分析，如您在博文中给出的图所示，，绿色箭头所指ELE值接近于1，所以可认为是形成共价键，但黄色箭头的ELE显示仍为绿色，是否可认为这个区域电子存在离域的趋向并形成了一种非共价键的较弱的相互作用呢？

sobereva · 发表于 Post on 2018-10-26 12:09:13

wfmf1994 发表于 2018-10-25 16:39
sob老师，对于ele分析，如您在博文中给出的图所示，，绿色箭头所指ELE值接近于1，所以可认为是形成共价键， ...

不要过度解释
黄色箭头告诉你的信息是没有产生明显的共价作用，“非共价键的较弱的相互作用”不是通过ELF直接体现的

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