简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

sobereva

liaowangna 发表于 2018-11-15 17:20
请教个问题：高斯软件下，用CCSD（T）做单点计算时，关键词为“#p ccsd(t)/aug-cc-pvdz”，   输出文件 log ...

不慎把你的帖子合并错了，本来是要合并到简单量化答疑专贴




如果没有特殊原因，用DZ档次的基组给CCSD(T)明显太小，CCSD(T)起码从cc-pVTZ起步。

liaowangna

非常感谢老师的回复。

lufenghxu

老师，体系中电子排布看了您的教程还有没有办法把基函数和shell与轨道相对应。其中Cu的S轨道，不知道是3S，还是4S。信息如下：
44   S        2(Cu)   16     -0.28163
45   S        2(Cu)   17      1.38617
46   S        2(Cu)   18      0.88418
47   S        2(Cu)   19      0.52376
48   S        2(Cu)   20      0.02123
49   S        2(Cu)   21      0.00444
50   X        2(Cu)   22     -0.06266
51   Y        2(Cu)   22     -0.06262
52   Z        2(Cu)   22     -0.06257
53   X        2(Cu)   23      1.42167
54   Y        2(Cu)   23      1.42105
55   Z        2(Cu)   23      1.42044
56   X        2(Cu)   24      0.63498
57   Y        2(Cu)   24      0.63534
58   Z        2(Cu)   24      0.63568
59   X        2(Cu)   25      0.04720
60   Y        2(Cu)   25      0.02964
61   Z        2(Cu)   25      0.01225
62   X        2(Cu)   26      0.00358
63   Y        2(Cu)   26      0.00134
64   Z        2(Cu)   26     -0.00089
65   D 0      2(Cu)   27      1.58699
66   D+1      2(Cu)   27      1.58601
67   D-1      2(Cu)   27      1.59083
68   D+2      2(Cu)   27      1.57994
69   D-2      2(Cu)   27      1.57105
70   D 0      2(Cu)   28      0.36986
71   D+1      2(Cu)   28      0.37201
72   D-1      2(Cu)   28      0.37018
73   D+2      2(Cu)   28      0.37371
74   D-2      2(Cu)   28      0.37295
75   D 0      2(Cu)   29      0.03595
76   D+1      2(Cu)   29      0.03745
77   D-1      2(Cu)   29      0.03668
78   D+2      2(Cu)   29      0.03796
79   D-2      2(Cu)   29      0.03625

Population of each type of angular moment orbitals:
Atom     1(Ni) s: 2.4239 p: 6.0475 d: 8.9582 f: 0.0001 g: 0.0000 h: 0.0000
Atom     2(Cu) s: 2.5382 p: 6.0744 d: 9.9578 f: 0.0000 g: 0.0000 h: 0.0000
Sum  s:   4.9620 p:  12.1219 d:  18.9160 f:   0.0001 g:   0.0000 h:   0.0000

sobereva

lufenghxu 发表于 2018-11-16 22:50
老师，体系中电子排布看了您的教程还有没有办法把基函数和shell与轨道相对应。其中Cu的S轨道，不知道是3S， ...

考察基函数与原子轨道对应关系的时候应当用单个原子考察，等关系确定了之后，再用这套关系去讨论你实际体系中各个原子轨道的电子数

李宏俊

sob大大，我利用multiwfn分析两个分子之间的相互作用。利用gaussian得到了优化结构后的wfn文件，然后利用multiwfn按照手册说明去除了分子内部的相互作用只保留了两个分子之间的相互作用。基于上述操作最后得到的是func1.cub和func2.cub，并做了rdg分析得到了表征两个分子之间相互作用的图像。
我想请问一下，后续我想画出与不同caseRDG分析对应的散点图（只表征两个分子之间相互作用的散点图）应该如何去操作得到？
PS：我尝试利用func1.cub文件去得到散点图，但是感觉得到的散点图不对。

sobereva

李宏俊 发表于 2018-11-18 12:33
sob大大，我利用multiwfn分析两个分子之间的相互作用。利用gaussian得到了优化结构后的wfn文件，然后利用mu ...

caseRDG是什么？

专门研究片段之间的作用，用IGM方便得多
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407

如果非得用RDG，需要利用主功能13对某些区域的格点数据进行屏蔽（详见《用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题》http://sobereva.com/291），再用主功能13把处理后的RDG，以及sign(lambda2)rho的cube文件转化成散点数据再用origin之类绘图，比较麻烦

李宏俊

sobereva 发表于 2018-11-19 10:04
caseRDG是什么？

专门研究片段之间的作用，用IGM方便得多

不好意思，sob，应该表述为不同情况下的RDG分析。谢谢sob的解答。

cqu_xiaoq

老师您好，对于of Natural Population Analysis (NPA) charge的概念查了一圈也没有个清楚的解释，我猜想是不是也是类似于NBO那种，是计算电子的局域分布的，还请老师帮助解答（虽然有点白痴，望老师见谅。）

sobereva

cqu_xiaoq 发表于 2018-11-20 16:00
老师您好，对于of Natural Population Analysis (NPA) charge的概念查了一圈也没有个清楚的解释，我猜想是 ...

看这里的
NBO分析资料汇总 http://bbs.keinsci.com/thread-102-1-1.html

就是基于量化计算的密度矩阵，产生自然原子轨道，并且计算其上电子数的方法
在我写的http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml里也有简明扼要的介绍

以后注意发帖时候在标题清楚体现帖子内容，见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

xiayu1985

老师，安装linux（ubuntu）的multiwfn，按照手册的要求修改完后，为什么老出现这张图片？另外，有没有源代码的安装教程，我看文件夹里面没有configure等文件，不知道如何安装。

sobereva

xiayu1985 发表于 2018-11-26 20:59
老师，安装linux（ubuntu）的multiwfn，按照手册的要求修改完后，为什么老出现这张图片？另外，有没有源代 ...

手册2.1.2节对linux下的安装写得极其详细。Multiwfn的手册是几乎所有计算化学程序里写得最详细的，有问题先看手册，手册里没有的再去自己摸索

没看过此文的话看此文：
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167

Ubuntu下运行Multiwfn毫无问题，不知道你的截图的窗口是怎么弄出来的

lufenghxu

sobereva 发表于 2018-11-8 00:03
并非Ni的所有5个d都充满了
用Multiwfn做Mulliken布居分析可以看到
Atom     1(Ni) s: 2.4244 p: 6.048 ...

老师，我分析了该分子轨道成分发现是这样的：
Basis Type    Atom    Shell     Local       Cross term      Total
    3   S        1(Ni)    3      0.69765%     -1.58892%     -0.89127%
    4   S        1(Ni)    4     14.71476%      6.11347%     20.82823%
    5   S        1(Ni)    5      0.03267%      0.95743%      0.99010%
   16   X        1(Ni)   10      0.10702%      0.52421%      0.63123%
   17   Y        1(Ni)   10      0.09701%      0.47518%      0.57219%
   22   D 0      1(Ni)   12      7.43852%      1.19422%      8.63273%
   26   D-2      1(Ni)   12     22.25690%      3.57349%     25.83039%
   27   D 0      1(Ni)   13      1.29911%      1.58176%      2.88088%
   31   D-2      1(Ni)   13      3.88707%      4.73383%      8.62090%
   36   D-2      1(Ni)   14      0.21168%      1.11497%      1.32664%
   46   S        2(Cu)   18      0.94167%     -1.74486%     -0.80318%
   47   S        2(Cu)   19     17.85588%      6.75297%     24.60886%
   48   S        2(Cu)   20      0.03907%      1.06805%      1.10712%
   59   X        2(Cu)   25      0.46916%      1.11682%      1.58598%
   60   Y        2(Cu)   25      0.42545%      1.01300%      1.43846%
Sum up those listed above:      70.47363%     26.88564%     97.35927%主要的组分是D-2 ,但是从外观上它又是D0(Dz2，不知道D0和Dz2的对应关系是否正确).(参考http://sobereva.com/51里面，Dxy，Dyz等和D0，D+1，D-1的关系）

sobereva

lufenghxu 发表于 2018-11-28 13:17
老师，我分析了该分子轨道成分发现是这样的：
Basis Type    Atom    Shell     Local       Cross ter ...

程序输出的D后面的标签和你视觉上观看的等值面图里的一般意义上的dz2、dxy...没有直接关系。

从图上一看就知道Ni肯定是结构化学上说的用dz^2成键

lufenghxu

sobereva 发表于 2018-11-28 17:30
程序输出的D后面的标签和你视觉上观看的等值面图里的一般意义上的dz2、dxy...没有直接关系。

从图上一 ...

老师，也就是分析的时候只能依靠图像区别dz2（或者dπ，dσ等），不能依靠轨道成分来判断是dxy，dyz。。。组成的？网址http://sobereva.com/51里面的
作为基函数的GTF   实型真实原子轨道符号   高斯中用了5d关键字后对d轨道的标识
3*z^2-r^2 ->dz^2     ->d 0
xz        ->dxz      ->d+1
yz        ->dyz      ->d-1
x^2-y^2   ->dx^2-y^2 ->d+2
xy        ->dxy      ->d-2
代表什么意思啊？

erya123

老师，如何判断分子（原子）两者之间有静电吸引？只需要做填充图显示出带正电和负电即可吗？