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[GROMACS] 请问计算msd时间段如何选取

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本帖最后由 青青青 于 2019-3-8 11:24 编辑

首先十分感谢您的回复!
msd在体系平衡时计算才有意义,因此 我计算了体系的总能量如图。能量很快就平衡了,是不是15ns之后到结束前一段时间都可以用来计算扩散系数呢?
我计算了整个模拟时间段的msd曲线如图:,要按斜率平稳的曲线看的话,选取的时间段在20-50ns处?请问计算msd的时间段怎么选取呢?
我图里的msd最后的时候数据上升的很快,是由于时间太长误差引起的吗?msd表示位移距初始时刻的变化,那体系平衡的时候,颗粒位置应该稳定了吧?为什么msd数值还会变大这么多呢?十分感谢!!



J0FU]V0(634G2M([I`9{A8B.png (8.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 118)

整个模拟时间msd

整个模拟时间msd
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-10 10:45:40 | 只看该作者 Only view this author
不好意思,图片发重了,删不了了
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发表于 Post on 2018-6-10 10:51:20 | 只看该作者 Only view this author
重新编辑帖子就能删,看置顶的新人必读贴
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-6-10 10:53:37 | 只看该作者 Only view this author
体系的属性有的收敛得快,有的收敛得慢。凝聚相体系的总能量收敛总是很快的,不代表这个收敛了体系就已经充分平衡了

MSD曲线越靠后统计误差越大,因此不要取太靠后的。而且应当取比较平直的区域。论坛里有扩散系数、MSD的讨论,首页google框搜索就能搜到
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-10 16:04:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-10 10:53
体系的属性有的收敛得快,有的收敛得慢。凝聚相体系的总能量收敛总是很快的,不代表这个收敛了体系就已经充 ...

非常谢谢您老师,那msd最后的时间段数据变大,就是由于误差引起的吧?我把论坛里的内容goole一下。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-10 18:17:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-10 10:53
体系的属性有的收敛得快,有的收敛得慢。凝聚相体系的总能量收敛总是很快的,不代表这个收敛了体系就已经充 ...

老师,那怎么看体系平衡了没有呢
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发表于 Post on 2018-6-11 05:51:58 | 只看该作者 Only view this author
青青青 发表于 2018-6-10 18:17
老师,那怎么看体系平衡了没有呢

先得明确是什么体系。不同的体系,恰当的判断平衡的方式各有不同,得结合体系特征来考虑
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-21 21:58:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-11 05:51
先得明确是什么体系。不同的体系,恰当的判断平衡的方式各有不同,得结合体系特征来考虑

好的,谢谢老师!
请问老师,我想算一个颗粒的MSD,用gromacs里的g_traj命令测出颗粒的质心坐标,再根据 MSD={|r ⃗(t)-r ⃗(0)|^2 } 的计算公式计算z轴方向位移变化,得出的MSD可取吗?
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发表于 Post on 2018-6-22 12:39:14 | 只看该作者 Only view this author
青青青 发表于 2018-6-21 21:58
好的,谢谢老师!
请问老师,我想算一个颗粒的MSD,用gromacs里的g_traj命令测出颗粒的质心坐标,再根据 ...

直接用gmx MSD计算不行?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-26 20:43:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-22 12:39
直接用gmx MSD计算不行?

因为用公式计算的话,MSD会趋于一个定值,可以说明平衡之后颗粒的位置稳定了。而用gmx msd算的话,MSD曲线一直增大,是不是就说明颗粒没有平衡呢?谢谢您!
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发表于 Post on 2018-6-27 14:24:43 | 只看该作者 Only view this author
青青青 发表于 2018-6-26 20:43
因为用公式计算的话,MSD会趋于一个定值,可以说明平衡之后颗粒的位置稳定了。而用gmx msd算的话,MSD曲 ...


可以自由扩散的粒子的MSD曲线本来就应该一直增大。
扩散系数是MSD曲线的斜率,倘若MSD到最后成了水平横线了,那扩散系数就成了0了,粒子都不动了

倘若你的目的不是研究扩散,而只是说明粒子最后位置稳定在某处,那直接把粒子坐标随时间变化的曲线画出来就完了,一看基本是在某个值上下波动就能说明了,牵扯不到MSD
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-28 12:52:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 青青青 于 2018-7-3 21:34 编辑
sobereva 发表于 2018-6-27 14:24
可以自由扩散的粒子的MSD曲线本来就应该一直增大。
扩散系数是MSD曲线的斜率,倘若MSD到最后成了水平 ...

老师,那我做的磷脂分子的扩散系数为啥从开始到介绍一直不变呢,MSD曲线是一条直线,按说趋近稳定过程了,MSD增大的趋势应该会变小吧?(并不是说MSD会减小)
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发表于 Post on 2018-6-28 16:14:53 | 只看该作者 Only view this author
青青青 发表于 2018-6-28 12:52
老师,那我做的磷脂分子的扩散系数为啥从开始到介绍一直不变呢,MSD曲线是一条直线,按说趋近稳定过程了 ...

谁说的……
要不你先做个LJ particle的MSD感受一下,如果情况单纯的话MSD就应该是一条斜线。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-28 16:17:13 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2018-6-28 16:14
谁说的……
要不你先做个LJ particle的MSD感受一下,如果情况单纯的话MSD就应该是一条斜线。

做出来曲线是这样,可是就是不能解释MSD的值一直升高呢
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发表于 Post on 2018-6-28 16:19:35 | 只看该作者 Only view this author
青青青 发表于 2018-6-28 16:17
做出来曲线是这样,可是就是不能解释MSD的值一直升高呢

体系稳定,扩散系数稳定,MSD斜率稳定,不就是一条斜线了…

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