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楼主 Author: 青青青
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[GROMACS] 请问计算msd时间段如何选取

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-28 16:25:34 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2018-6-28 16:19
体系稳定,扩散系数稳定,MSD斜率稳定,不就是一条斜线了…

我模拟的150ns的时间,从几ns斜率就不变了,但体系在几ns没稳定啊,而且,根据MSD 的定义,趋于平衡的时候,离子不就基本稳定了吗,那位置变化就小了吧,那MSD不应该趋于平缓吗?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-29 19:02:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-27 14:24
可以自由扩散的粒子的MSD曲线本来就应该一直增大。
扩散系数是MSD曲线的斜率,倘若MSD到最后成了水平 ...

老师,那我做的纳米颗粒跨磷脂膜的模拟,分析磷脂分子的MSD来看膜的流动性,从5ns开始到结束一条斜率稳定的直线,但是体系在50ns 左右才平衡啊,有点想不通。盒子中的磷脂分子属于自由扩散吗?
还有MSD一直增大这个问题,请问以您可以详细解释一下吗?
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发表于 Post on 2018-6-30 01:25:36 | 只看该作者 Only view this author
青青青 发表于 2018-6-29 19:02
老师,那我做的纳米颗粒跨磷脂膜的模拟,分析磷脂分子的MSD来看膜的流动性,从5ns开始到结束一条斜率稳定 ...

我不知道你怎么衡量的什么时候到达了平衡,当前结果并没什么异常。
MSD肯定会一直增大,否则就没有扩散运动了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-30 21:39:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-30 01:25
我不知道你怎么衡量的什么时候到达了平衡,当前结果并没什么异常。
MSD肯定会一直增大,否则就没有扩散 ...

老师 我是根据序参数和单磷脂分子面积稳定状态看的体系平衡,50ns左右平衡,磷脂分子MSD从5ns左右开始到最终一直呈斜率稳定的直线。。我知道MSD会一直增大,但是体系稳定了的话增大的趋势会变小吧,MSD呈直线增大,您觉得这有问题吗?可以解释这种现象吗?
难道说颗粒对膜的MSD没有影响吗?
感谢老师一直的回复,真心感谢您!!谢谢!
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发表于 Post on 2018-7-1 05:08:34 | 只看该作者 Only view this author
青青青 发表于 2018-6-30 21:39
老师 我是根据序参数和单磷脂分子面积稳定状态看的体系平衡,50ns左右平衡,磷脂分子MSD从5ns左右开始到 ...


不管体系是否达到平衡,磷脂始终有扩散现象,不扩散的话就不处于流体状态了。不同模拟时段的扩散系数大小和体系是否达到平衡没必然关系。从当前情况看,无论是否达到根据你提到的标准定义的平衡,扩散特征并没表现出什么不同,这是正常的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-1 09:19:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 青青青 于 2019-3-28 16:22 编辑
sobereva 发表于 2018-7-1 05:08
不管体系是否达到平衡,磷脂始终有扩散现象,不扩散的话就不处于流体状态了。不同模拟时段的扩散系数大 ...

嗯嗯
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发表于 Post on 2021-10-28 17:04:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-27 14:24
可以自由扩散的粒子的MSD曲线本来就应该一直增大。
扩散系数是MSD曲线的斜率,倘若MSD到最后成了水平 ...

社长,请问用VMD可以计算MSD吗?

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发表于 Post on 2021-10-28 17:28:14 | 只看该作者 Only view this author
namd学者 发表于 2021-10-28 17:04
社长,请问用VMD可以计算MSD吗?

直接用gmx 自带的根据 gmx msd 就可以计算啊

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发表于 Post on 2021-10-29 06:50:59 | 只看该作者 Only view this author
namd学者 发表于 2021-10-28 17:04
社长,请问用VMD可以计算MSD吗?

如果你用的是gromacs,用gmx msd是最佳选择,牵扯不到VMD
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发表于 Post on 2023-10-19 22:09:17 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问一下纵坐标值很大是什么原因?我看您的值很小

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