CP2K软件metadynamics模块的自由能后处理问题

highlight · 发表于 Post on 2019-10-31 10:52:19

413 发表于 2019-10-31 09:12
谢谢您提供的链接。想请教下比如2000步的fes结果和3000步的fes结果，是不是3000步的fes一定会比2000步的 ...

我只知道会不同，但是由于我没有跑出过成功的 MTD 轨迹，我也没法判断。但是从理论上看，符合最后结果收敛条件的话，应该是差不多的。

413 · 发表于 Post on 2020-3-2 16:34:56

youyno 发表于 2018-8-6 09:48
graph.popt是cp2k编译时产生的用于metadynamics后处理自由能的程序，后缀根据版本不同有所区别，具体命令可 ...

请教下，metadynamics的作业怎么重启呢？我找了下手册，好像给的介绍都是利用restart文件得到自由能势能面的信息

youyno · 发表于 Post on 2020-3-2 23:21:08

413 发表于 2020-3-2 16:34
请教下，metadynamics的作业怎么重启呢？我找了下手册，好像给的介绍都是利用restart文件得到自由能势能 ...

直接将.restart 文件复制成inp文件提交即可

413 · 发表于 Post on 2020-3-3 14:40:34

本帖最后由 413 于 2020-3-3 14:43 编辑

youyno 发表于 2020-3-2 23:21
直接将.restart 文件复制成inp文件提交即可

收到

另外再请教下，从一个势阱出来，进入到另一个势阱时（此时两个势阱之间的势能面还没被填满）。
这个时候机器计算一个step花费的时间增长了很多很多，是正常现象吗？

youyno · 发表于 Post on 2020-3-4 16:41:00

413 发表于 2020-3-3 14:40
收到
另外再请教下，从一个势阱出来，进入到另一个势阱时（此时两个势阱之间的势能面还没被填满）。
...

不正常，结构可能跑崩了，最好去看看轨迹检查

413 · 发表于 Post on 2020-3-4 17:23:21

youyno 发表于 2020-3-4 16:41
不正常，结构可能跑崩了，最好去看看轨迹检查

谢谢，我检查了一下，结构确实崩了。请问是不是就是说整个计算都没有意义了？我是不是可以从崩之前的restart接着算？

youyno · 发表于 Post on 2020-3-4 21:45:36

413 发表于 2020-3-4 17:23
谢谢，我检查了一下，结构确实崩了。请问是不是就是说整个计算都没有意义了？我是不是可以从崩之前的rest ...

崩之后的肯定没用了，重启时记得删掉COLVAR和HILLs里面崩掉的部份

413 · 发表于 Post on 2020-3-6 14:15:39

youyno 发表于 2020-3-4 21:45
崩之后的肯定没用了，重启时记得删掉COLVAR和HILLs里面崩掉的部份

好的，谢谢

Flights · 发表于 Post on 2020-3-11 10:40:02

借楼，求助，请问cp2k分子动力学计算之后的结构怎么进行电子结构分析呢？把结构提取出来拿vasp计算差分电荷、bader这样？cp2k可以计算这些嘛？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-10 03:40:05

Flights 发表于 2020-3-11 10:40
借楼，求助，请问cp2k分子动力学计算之后的结构怎么进行电子结构分析呢？把结构提取出来拿vasp计算差分电荷 ...

把轨迹中你要做电子结构分析的帧的结构提取出来。诸如你要做密度差，就对整体和相应片段分别做个单点计算并同时要求产生molden文件，然后按照Multiwfn手册2.9.2节所述将盒子信息加入molden文件中。之后在Multiwfn里按照下文的做法计算密度差格点数据并导出成cube文件。之后可以用VMD、VESTA等观看
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113

bader电荷没什么优点，严重缺点倒是一大堆。建议用Multiwfn载入CP2K的molden文件并计算CM5电荷，比bader电荷化学意义好多了。

高斯不过如此 · 发表于 Post on 2021-7-30 21:16:28

借楼问一下，为什么CP2K用graph.popt算出来的FES是负值？这是什么意义呢？

a52241313 · 发表于 Post on 2021-9-1 15:57:37

xingyuan 发表于 2018-8-18 21:09
@youyno 老师，您好，又来麻烦您了。还是关于CP2K的问题，我有以下几个疑问：
1、CP2K Manual上关于计算 ...

"CP2K Manual上关于计算自由能有三种方法：Alchemical Change 、Metadynamics、Umbrella Integration。"请问这一部分的知识在网页的哪里去找，多谢！

elpa · 发表于 Post on 2021-11-4 12:57:14

youyno 发表于 2018-8-6 09:48
graph.popt是cp2k编译时产生的用于metadynamics后处理自由能的程序，后缀根据版本不同有所区别，具体命令可 ...

您好，请问运行命令graph.popt -ndim 2 -ndw 1 2 -file cp2k-1.restart -find-path -point-a CVs -point-b CVs -cp2k 报错是为什么？
报错提示：forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit -5, file Internal List-Directed Read 查了一下好像是输入文件的问题，但是restart文件是cp2k自己打印出来的我也没有改动过。

dhdhdh · 发表于 Post on 2022-2-12 10:04:42

liujodan 发表于 2019-10-16 09:15
youyno老师您好，请问向我这个文件夹中，没有找到graph.popt,是不是没有编译上呢？还请指点，谢谢

请问问题解决了吗？我用的cp2k是7.0版本，输入graph.popt命令显示command not found。

zgdong · 发表于 Post on 2022-3-23 11:24:48

请问您是怎么编译的，我用的也是popt版本，但没有graph相关文件

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[CP2K] CP2K软件metadynamics模块的自由能后处理问题