半经典分子动力学程序PROGDYN使用教程

Accelerator

pyscf 发表于 2019-3-21 06:42
请问这个程序的公开链接在哪？好想找不到了
网盘链接也失效了。。。。

链接: https://pan.baidu.com/s/1Qyc6ssYwK0tGuge3ORrH1w 提取码: 3r56
应该是没有公开链接的，最新版本可以邮件联系Singelton索取

Accelerator

chemqzx 发表于 2019-3-7 17:06
网盘分享没有了，方便的话可以上传一下吗？谢谢，十分感谢

抱歉才看到，网盘链接已经在ls更新

pyscf

Accelerator 发表于 2019-3-21 13:29
链接: https://pan.baidu.com/s/1Qyc6ssYwK0tGuge3ORrH1w 提取码: 3r56
应该是没有公开链接的，最新版本 ...

谢谢了
这么搞确定老板不会生气吗

Daniel_Arndt

pyscf 发表于 2019-3-22 01:01
谢谢了
这么搞确定老板不会生气吗

我觉得以Daniel A. Singleton的脾气，他应该不会说什么的。我去年发现杨百翰大学有本科生在GitHub上发布Progdyn，页面的介绍中都没有提及Singleton。。。。。。

chemqzx

Accelerator 发表于 2019-3-21 13:29
抱歉才看到，网盘链接已经在ls更新

谢谢！

找雷

跪谢！

青青河边草

您好，请教一个问题啊，progdyn程序中的progdyn.conf输入文件里，有这个设置：“#*** classical --  for quassiclassical dynamics, the default, use 0.  for classical dynamics, use 1. #if there are no normal modes and the velocities are to be generated from scratch, use classical 2", 所以0，1，2各在什么情况下选择啊？期待您的回复，非常感谢！

Daniel_Arndt

青青河边草 发表于 2020-3-8 02:23
您好，请教一个问题啊，progdyn程序中的progdyn.conf输入文件里，有这个设置：“#*** classical --  for qu ...

If you have followed the tutorial, you should use 0. In quasi-classical trajectory, tunneling is not considered while vibrations are quantized. If you still want to know why, you can have a look at William Hase's work or Daniel Singleton's work. By the way, William Hase is at Texas Tech University and Daniel Singleton is at Texas A&M University.

Sorry, I am using a computer at the school office and it doesn't have Chinese input yet.

青青河边草

Daniel_Arndt 发表于 2020-3-14 05:47
If you have followed the tutorial, you should use 0. In quasi-classical trajectory, tunneling is n ...

Thank you very much! I appreciate it.

ene

程序自带的randgen貌似是用drand48+srand48实现的，同一秒内产生的随机数是完全一样的。我用sprng弄了一个类似的randgen,不受运行频率的限制。
randgen.tar.gz (397.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

2020-4-15 20:43 上传 Uploaded

点击下载
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Daniel_Arndt

ene 发表于 2020-4-15 20:41
程序自带的randgen貌似是用drand48+srand48实现的，同一秒内产生的随机数是完全一样的。我用sprng弄了一个 ...

根据我之前的测试，Daniel A. Singleton写的randgen每一秒产生十万个随机数，而且，同一秒内执行randgen，得到的输出完全一样。其实如果你不是在同一台计算机上运行多个progdyn，这一点不会带来太大影响。

我最初使用progdyn时，曾经尝试过在同一台计算机上同时运行三个progdyn。结果，三个文件夹中，第一条轨线完全相同，但之后的轨线就没有出现完全相同的现象。后来，我才发现是randgen在同一秒内的输出相同，同时，progdyn中还调用了awk里面的随机数函数，那个随机数函数也是同一秒内的输出相同。

如果你认为多个文件夹中的第一条轨线完全相同有点浪费机时的话，你可以用这个工具 http://www.unixwiz.net/tools/lockrun.html 避免randgen在同一秒内被多次调用。还有个办法就是修改proggenHP里面调用随机数函数的代码。我之前曾经用过下面的代码：
("cat /dev/urandom | tr -dc '0-9' | head -c 9") | getline seed
srand(seed); tester=rand()*1000

Accelerator

Daniel_Arndt 发表于 2020-4-16 02:54
根据我之前的测试，Daniel A. Singleton写的randgen每一秒产生十万个随机数，而且，同一秒内执行randgen ...

Singleton的解决方法就是运行progdyn时每相邻两次调用之间都间隔一个sleep 5000(

ene

Daniel_Arndt 发表于 2020-4-16 02:54
根据我之前的测试，Daniel A. Singleton写的randgen每一秒产生十万个随机数，而且，同一秒内执行randgen ...

原来如此，看来仅仅修改randgen还不够，得把progdyn里面其他的东西调整一下才可以

sobereva

其实用Gaussian的BOMD也可以做同样的准经典动力学模拟，感觉用起来更清爽和省事。只需通过shell循环就可以模拟大量轨迹，每次模拟通过IOp(1/44=N)设置随机数种子就可以让每次的结果不同，没有前面讨论的随机数的问题

Accelerator

重要提醒：发现有些机器上progdyn移植过去后，当initialdis不等于0时，会产生非常古怪的初始构型。经过仔细研究发现，对proggenHP中function shiftStructure()改成如下内容即可解决：

1. function shiftStructure() {
   
2. #   for (i=1;i<=numAtoms+9;i++) print header[i] > "temp394.gzmat"
   
3. #   for (j=1;j<=numCoord;j++) {
   
4. #      zGeo[j]=zGeoOrig[j]
   
5. #      for (i=1;i<=numFreq;i++) {
   
6. #         zGeo[j]=zGeo[j]+shift[i]*dzdm[i,j]
   
7. #         }
   
8. #      print label[j],zGeo[j] > "temp394.gzmat"
   
9. #      }
   
10. #   close("temp394.gzmat")
    
11. #   system("obabel -igzmat temp394.gzmat -oxyz > temp394.xyz")
    
12. #   for (i=1;i<=5;i++) getline < "temp394.xyz"
    
13. #   for (j=1;j<=numAtoms;j++) {
    
14. #      getline < "temp394.xyz"
    
15. #      geoArr[j,1]=$2; geoArr[j,2]=$3; geoArr[j,3]=$4
    
16. #      }
    
17. #   close("temp394.xyz")
    
18. # original algorithm replaced by above (Singleton), but it seems that the above procedure is buggy, and then I suggest still using the following old algorithm.
    
19.   for (i=1;i<=numFreq;i++) {
    
20.      for (j=1;j<=numAtoms;j++) {
    
21.         for (k=1;k<=3;k++) {
    
22.            shiftMode[i,j,k]=mode[i,j,k]*shift[i]
    
23.            geoArr[j,k]=geoArr[j,k]+shiftMode[i,j,k]
    
24.            }
    
25.         }
    
26.      }
    
27.    }
    

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