NAMD自由能计算教程—1、用eABF和meta-eABF进行多维自由能计算

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-3-15 15:45:55

sixofgad 发表于 2019-3-14 18:46
哦哦哦，这样的，不过NAMD的中文教程是真的少，有点基础教程什么的也好啊，楼主有木有兴趣做一个，感觉你 ...

我倒是有这个想法。。。不过最近太忙了，没空弄

其实NAMD相比于其他软件，在教程方面做得已经很不错了，http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ ，这里就几乎有各方面的教程，建议从NAMD tutorial做起，很容易就能上手了

pyscf · 发表于 Post on 2019-3-22 06:33:53

希望楼主不要断更啊这么有用的专题顶上去！

yjmaxpayne · 发表于 Post on 2019-3-22 16:12:36

最近在玩Plumed+Gromacs，学习一下NAMD开发者的大作

lonemen · 发表于 Post on 2019-3-22 16:49:35

太好了，谢谢！也想学习

xpyp · 发表于 Post on 2019-3-23 00:06:49

请问，上述方法如eABF和meta-eABF能用GPU加速吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-3-23 07:55:45

xpyp 发表于 2019-3-23 00:06
请问，上述方法如eABF和meta-eABF能用GPU加速吗？

你用namd gpu版本运行就行啦，自由能计算本身是在cpu上完成的，但是md部分是在gpu上计算的，自由能计算所消耗的时间和md相比可以忽略不计

xpyp · 发表于 Post on 2019-3-23 09:54:02

fhh2626 发表于 2019-3-23 07:55
你用namd gpu版本运行就行啦，自由能计算本身是在cpu上完成的，但是md部分是在gpu上计算的，自由能计算所 ...

好的，谢谢！顺便问下，NAMD中的FEP是否也是如此？

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-3-23 10:37:00

xpyp 发表于 2019-3-23 09:54
好的，谢谢！顺便问下，NAMD中的FEP是否也是如此？

不fep不一样，fep目前发布的版本还不支持gpu，但是实际上gpu的fep代码已经开发完成了，你进namd的git，下里面的alchemy分支编译，就可以跑gpu版本的fep了

xpyp · 发表于 Post on 2019-3-23 10:56:44

many thanks

springcute · 发表于 Post on 2019-4-12 16:58:01

这个帖子太有用了，非常感谢楼主大神！
我最近一篇稿子，审稿人让补自由能计算，是一个70氨基酸的多肽，但三个螺旋之间有二硫键连接，请问：1）应该如何选择cv呢？2）二硫键的存在是否对自由能计算有影响？

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-4-12 17:56:49

springcute 发表于 2019-4-12 16:58
这个帖子太有用了，非常感谢楼主大神！
我最近一篇稿子，审稿人让补自由能计算，是一个70氨基酸的多肽，但 ...

你想计算描述什么过程的自由能？

springcute · 发表于 Post on 2019-4-12 18:05:05

fhh2626 发表于 2019-4-12 17:56
你想计算描述什么过程的自由能？

抱歉没描述清楚。我想计算的是解折叠过程的自由能，分子的结构主体是3个螺旋和螺旋之间的loop，但螺旋间有二硫键来稳定结构。我曾经模拟过加热解折叠的过程，但不知道如何用eabf来计算其解折叠自由能呢？如果用多肽两端的原子距离作为cv的话，担心拉不断二硫键从而影响自由能的计算。

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-4-12 19:47:06

springcute 发表于 2019-4-12 18:05
抱歉没描述清楚。我想计算的是解折叠过程的自由能，分子的结构主体是3个螺旋和螺旋之间的loop，但螺旋间 ...

这种复杂情况需要试，感觉的话二维自由能计算应该可以，一维用end-to-end distance，另外一维用相对于完美结构的RMSD

springcute · 发表于 Post on 2019-4-13 21:01:57

fhh2626 发表于 2019-4-12 19:47
这种复杂情况需要试，感觉的话二维自由能计算应该可以，一维用end-to-end distance，另外一维用相对于完 ...

谢谢您的建议，我尝试一下。

xcandy · 发表于 Post on 2019-5-11 22:00:14

请问老师，您这个图是拿什么软件做的，很养眼啊

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