NAMD自由能计算教程—1、用eABF和meta-eABF进行多维自由能计算

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-5-26 18:32:22

Lacrimosa 发表于 2020-5-26 13:44
Fu老师，您好，我想请教一下，我看到有些文献和教程中用rdf根据公式w=-kTln（g）算出来了PMF，请问这种方法 ...

那是用平衡模拟就能很好的研究的情况，直接统计平衡模拟中探测到各种态的概率，只有及其简单的情况才会用

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-5-26 19:54:51

fhh2626 发表于 2020-5-26 18:32
那是用平衡模拟就能很好的研究的情况，直接统计平衡模拟中探测到各种态的概率，只有及其简单的情况才会用

感谢您的指导~

minishotgun · 发表于 Post on 2020-6-2 10:57:41

付老师您好，目前我们在用meta-eABF方法进行模拟，但自由能面一直不收敛（如图所示）。请问我们可以在脚本里加上well-tempered-meta-eABF的参数，让我们现在在跑的meta-eABF变成well-tempered-meta-eABF吗（我们担心这样做会引起计算误差，导致结果不精确）。

感谢老师指导。

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-6-2 16:28:51

minishotgun 发表于 2020-6-2 10:57
付老师您好，目前我们在用meta-eABF方法进行模拟，但自由能面一直不收敛（如图所示）。请问我们可以在脚本 ...

不能直接变，但是你可以把hillheight和hillwidth改小一些（比如0.01和3）

一般来说不收敛是因为你跑的体系本身就非常复杂，需要很长时间的模拟

minishotgun · 发表于 Post on 2020-6-2 17:34:23

fhh2626 发表于 2020-6-2 16:28
不能直接变，但是你可以把hillheight和hillwidth改小一些（比如0.01和3）

一般来说不收敛是因为你跑的 ...

谢谢老师，那我把这两个参数改小一点。我跑的体系是比较复杂，我再多跑一段时间看看。

s345538842 · 发表于 Post on 2020-9-20 09:24:46

本帖最后由 s345538842 于 2020-9-20 09:35 编辑

DRR ...
  LABEL=eabf
  ARG=ncoord
  FULLSAMPLES=500
  GRID_MAX=1.2
  GRID_MIN=0.0
#  GRID_BIN=60
  GRID_SPACING=0.01
  FRICTION=10.0
  TEXTOUTPUT
  OUTPUTFREQ=5000
  HISTORYFREQ=50000
  TAU=0.5
  TEMP=300
...

METAD ...
LABEL=mtd
ARG=eabf.ncoord_fict
SIGMA=0.1
GRID_MAX=2.0
GRID_MIN=-0.2
GRID_SPACING=0.01
# GRID_BIN=60
HEIGHT=1.3
PACE=500
TEMP=300
BIASFACTOR=8
...

uwalls: UPPER_WALLS ARG=eabf.ncoord_fict AT=1.2 KAPPA=100000 EPS=3
lwalls: LOWER_WALLS ARG=eabf.ncoord_fict AT=0 KAPPA=100000 EPS=3

付老师，您好，我用plumed+lammps计算配位数变化的自由能变化，但是在计算过程中 COLVAR存在剧烈波动，结果就是eabf.czar.pmf 存在巨大问题，参数设置见以上，请问问题出在哪里？单独使用eabf也存在这个问题，使用WTmeatd 就没有这个问题。

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-9-22 11:20:50

s345538842 发表于 2020-9-20 09:24
DRR ...
LABEL=eabf
ARG=ncoord

我感觉参数设置都挺对的，没看出来问题在哪，你用WT-MtD算出来的结果合理吗？

话说Lammps用自带的Colvars不香吗，怎么还外挂了一个Plumed

eagletyr · 发表于 Post on 2020-11-2 21:22:13

求教Fu老师，我主要用gromacs来做蛋白质和小分子的体系。1.我用拉伸动力学产生伞状采样的初始构象，拉伸时对弹簧常数以及拉伸速度选取有什么规则么？多谢。由于我采用的是恒速拉伸，RC vs time做图时，看到的图并不是恒速的（刚开始由于小分子与蛋白质作用强，反应坐标RC变化比设的拉伸速度慢很多，后面比较正常），此时是否需要加大弹簧常数以使得RC vs time做图近似一条直线（表示拉伸速度恒定）？2. 我在伞状采样时对于弹簧常数的选取又有什么要注意的么？只知道各相邻窗口要重叠的好，这个是要多试几次？多谢。

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-11-3 10:28:02

eagletyr 发表于 2020-11-2 21:22
求教Fu老师，我主要用gromacs来做蛋白质和小分子的体系。1.我用拉伸动力学产生伞状采样的初始构象，拉伸时 ...

1、比较随意，你只是要个初始结构而已。另外恒速拉伸不代表体系的真实RC是恒速的
2、只能是感觉了

eagletyr · 发表于 Post on 2020-11-3 11:14:28

本帖最后由 eagletyr 于 2020-11-3 11:18 编辑

fhh2626 发表于 2020-11-3 10:28
1、比较随意，你只是要个初始结构而已。另外恒速拉伸不代表体系的真实RC是恒速的
2、只能是感觉了

好的，多谢老师。另外想请教一下，假设我从 classical MD（100 ns）的轨迹里取了5个结构出来，从这5个结构出发分别来拉伸并伞形采样，请问的是这5个结构从轨迹取出来后，是要经过能量最小化、预平衡、拉伸的过程还是直接拉伸就可以？多谢。

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-11-3 13:43:33

eagletyr 发表于 2020-11-3 11:14
好的，多谢老师。另外想请教一下，假设我从 classical MD（100 ns）的轨迹里取了5个结构出来，从这5个结 ...

直接拉伸

eagletyr · 发表于 Post on 2020-11-3 21:46:53

fhh2626 发表于 2020-11-3 13:43
直接拉伸

好的，多谢FU老师

s345538842 · 发表于 Post on 2020-12-1 11:12:10

fhh2626 发表于 2020-9-22 11:20
我感觉参数设置都挺对的，没看出来问题在哪，你用WT-MtD算出来的结果合理吗？

话说Lammps用自带的Colv ...

总是充满了无奈

，最近又试了试，发现把MD的计算步长调小一点就可以了，谢谢傅老师

yang001 · 发表于 Post on 2020-12-1 17:12:29

你好，我按照 https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021%2Facs.jcim.7b00695 和 https://github.com/fhh2626/Binding-free-energy-estimator-BFEE-要求安装好了BFEE，但是总是出现这个错误，请问该怎样解决呢？error copying "C:/Users/yangk/Downloads/ci7b00695_si_002/p41-abl_my/bound.psf" to "./bound.psf": permission denied
error copying "C:/Users/yangk/Downloads/ci7b00695_si_002/p41-abl_my/bound.psf" to "./bound.psf": permission denied
while executing
"file copy -force $psfDir ./bound.psf"
(procedure "copy_files" line 19)
invoked from within
"copy_files"
(procedure "::BFEE::generateFiles" line 3)
invoked from within
"::BFEE::generateFiles"
invoked from within
".bfee.setupTab.setup.generate invoke "
invoked from within
".bfee.setupTab.setup.generate instate {pressed !disabled} { .bfee.setupTab.setup.generate state !pressed; .bfee.setupTab.setup.generate invoke } "
(command bound to event)

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-12-1 18:25:29

yang001 发表于 2020-12-1 17:12
你好，我按照 https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021%2Facs.jcim.7b00695 和 https://github.com/fhh2626/B ...

VMD的当前路径不要和输入文件放一个文件夹

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