最新版NAMD的编译安装

fhh2626

2024-7-16，对教程进行更新

2024-7-4，注：NAMD 3.0正式版已经在官网发布，如果没有特殊情况的话不用编译了，直接下载官网的二进制包就行
2022-11-18，按照最新版NAMD修改了教程


在这里下载NAMD Nightly version，建议下载main branch
https://gitlab.com/tcbgUIUC/namd

懒得申请权限的可以在这里下载，不过版本较老：
https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

在这里下载最新版colvars模块
http://colvars.github.io/

在这里下载OpenMM（2024-7-6：目前建议下载8.1.2）
https://github.com/openmm/openmm


下载本文提供的NAMDlib.zip附件

然后解压NAMD、Colvars和OpenMM

tar xvf NAMD_Git-2018-08-23_Source.tar.gz

tar xvf colvars-master.tar.gz

tar xvf openmm-7.7.0.tar.gz

更新NAMD中的Colvars，注意编译Colvars还需要OpenMM中的Lepton

export OPENMM_SOURCE=xxxxxxxxxxxxxxxxxxx

sh ./colvars-master/update-colvars-code.sh ./NAMD_Git-2018-08-23_Source

解压NAMD需要的libraries

mv NAMDlib.zip NAMD_Git-2018-08-23_Source

cd NAMD_Git-2018-08-23_Source/

unzip NAMDlib.zip

解压编译charm并行模块

tar xvf charm-6.8.2.tar

cd charm-6.8.2

./build

编译时会问几个问题，按照实际情况回答，我是塔式服务器，仅供参考

Are you building to run just on the localmachine, and not across multiple nodes? [y/N] （Y)

[新版本增加了一个关于GPU的问题]，选N

Do you want to specify a compiler? [y/N] (N)

Do you want to specify any Charm++ buildoptions, such as fortran compilers? [y/N] (N)

Choose a set of compiler flags [1-5] (3)

       1) none

       2) debug mode                       -g -O0

       3) production build [default]       --with-production

       4) production build w/ projections  --with-production --enable-tracing

       5) custom

What do you want to build? (1)

       1) Charm++ [default] (choose this if you are building NAMD)

       2) Charm++ and AMPI

       3) Charm++, AMPI, ParFUM, FEM and other libraries

Do you want to compile in parallel? (5)

       1) No

       2) Build with -j2

       3) Build with -j4

       4) Build with -j8

       5) Build with -j16 [default]

       6) Build with -j32

       7) Build with –j

Do you want to start the build now? [Y/n] (Y)

然后配置NAMD

cd ..

没有GPU的话就去掉--with-cuda和后面的部分

./config Linux-x86_64-g++ --with-cuda --with-single-node-cuda --cuda-prefix /usr/local/cuda

cd Linux-x86_64-g++/

修改配置文件，加入CHARM的绝对路径

nano Make.config

在里面找到：

CHARM = $(CHARMBASE)/$(CHARMARCH)

把=后面的部分改成绝对路径，如

/home/xxxxxxxxxxxxxxxx/NAMD_Git-2018-08-23_Source/charm-6.8.2

对于Ubuntu用户，可能需要在编译选项中加入-no-pie
nano ../arch/Linux-x86_64-g++.arch
找到CXXOPTS = -O3 -fexpensive-optimizations -ffast-math，在后面加上-no-pie

最后编译

make depends

make –j16

meatball1982

LZ好，看了帖子，想尝试一下。
文中写的“下载本文提供的NAMDlib.zip附件”
找了半天，没找到。能给点提示不，还上没upload上。

fhh2626

meatball1982 发表于 2018-10-1 10:38
LZ好，看了帖子，想尝试一下。
文中写的“下载本文提供的NAMDlib.zip附件”
找了半天，没找到。能给点提 ...

NAMDlib.zip (6.64 MB, 下载次数 Times of downloads: 877)

2018-10-4 14:22 上传 Uploaded

点击下载
Click to download

之前忘了。。尴尬

meatball1982

fhh2626 发表于 2018-10-4 14:30
之前忘了。。尴尬

谢谢LZ。

ene

貌似编译NAMD要依赖FFTW，sFFTW和tcl8.5，没有的话可能需要安装一下

fhh2626

ene 发表于 2019-4-17 16:52
貌似编译NAMD要依赖FFTW，sFFTW和tcl8.5，没有的话可能需要安装一下

是的，附件里面提供的NAMDlib就是这两个东西，直接解压到源代码目录就可以了，省事

ene

fhh2626 发表于 2019-4-17 16:57
是的，附件里面提供的NAMDlib就是这两个东西，直接解压到源代码目录就可以了，省事

原来如此，没仔细看NAMDlib里面有什么

cadz

谢谢！编译成功。可以试试不同arch。

ifltnm

./config Linux-x86_64-g++ --with-cuda --cuda-prefix/usr/local/cuda

请问，当前目录是？

ifltnm

http://bbs.keinsci.com/thread-10815-1-1.html

跟着楼主走，最后一步出现了错误，make: *** [Makefile:473: namd2] Error 1

难道需要单独安装namd2么？谢谢

ifltnm

http://bbs.keinsci.com/thread-10815-1-1.html

请问大家安装的是2.13,2.13b1还是2.13b2呢？谢谢

loveqshow

cadz 发表于 2019-5-14 14:54
谢谢！编译成功。可以试试不同arch。

编译成功 会反馈什么信息呢 ？

loveqshow

cadz 发表于 2019-5-14 14:54
谢谢！编译成功。可以试试不同arch。

HELLO

cadz

编译正常结束就可以了。

sophie940122

make: /home/Downloads/NAMD_Git-2019-11-18_Source/charm-6.10.0-pre/bin/charmc: Command not found
Makefile:666: recipe for target 'inc/Node.decl.h' failed
make: *** [inc/Node.decl.h] Error 127

请问最后make之后这样报错是为什么呢？我安装的是nightly version的最新版本。