最新版NAMD的编译安装

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-11-19 10:58:57

sophie940122 发表于 2019-11-19 09:32
make: /home/Downloads/NAMD_Git-2019-11-18_Source/charm-6.10.0-pre/bin/charmc: Command not found
Mak ...

charm++的路径没有设对吧

sophie940122 · 发表于 Post on 2019-11-19 11:47:25

Make.config里的charm路径吗？检查了很多次，没有错误...

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-11-19 16:26:15

sophie940122 发表于 2019-11-19 11:47
Make.config里的charm路径吗？检查了很多次，没有错误...

你看看charmc在哪个路径

need_cloth · 发表于 Post on 2020-3-3 20:30:47

最后一步make -j16 出现错误，求大神帮忙
make: *** No rule to make target `aliased', needed by `conda'. Stop.

hhhnano · 发表于 Post on 2020-3-27 16:20:43

最新版NAMD_Git-2020-03-26_Source按照楼主的教程编译成功！非常感谢！

sayhello · 发表于 Post on 2020-4-25 15:47:28

你好，我下载的是最新版NAMD_Git-2020-04-23_Linux-x86_64-multicore-CUDA，解压后发现里面没有charm++压缩包，所以在tar xvf charm-6.8.2.tar这一步停下来了。又尝试下载了NAMD_2.13_Linux-x86_64-multicore版本，里面也没有charm++压缩包，请问我哪里操作不对呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-4-25 15:53:54

sayhello 发表于 2020-4-25 15:47
你好，我下载的是最新版NAMD_Git-2020-04-23_Linux-x86_64-multicore-CUDA，解压后发现里面没有charm++压缩 ...

你下的是binary，直接用就行了

sayhello · 发表于 Post on 2020-4-25 16:29:19

fhh2626 发表于 2020-4-25 15:53
你下的是binary，直接用就行了

你好，听了你的建议，我解压安装包，配置了环境变量后直接用

按照英文教程到制作PSF文件那一步。先输入package require psfgen,正常，然后输入topology top_all27_prot_lipid.inp,

提示ERROR: Unable to open topology file top_all27_prot_lipid.inp MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR! Use resetpsf to start over.

我的输入字母应该是正确的，检查了好多遍，请问这是什么缘故？我是不是在安装过程少做了什么？

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-4-25 16:56:29

sayhello 发表于 2020-4-25 16:29
你好，听了你的建议，我解压安装包，配置了环境变量后直接用

按照英文教程到制作PSF文件那一步。先输 ...

你有那个top文件吗？

sayhello · 发表于 Post on 2020-4-25 17:11:25

fhh2626 发表于 2020-4-25 16:56
你有那个top文件吗？

搜索显示没有，看来这个binary版本我驾驭不了，准备下载帖子对应的版本了，是那个source code版本对吧？

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-4-25 17:40:28

sayhello 发表于 2020-4-25 17:11
搜索显示没有，看来这个binary版本我驾驭不了，准备下载帖子对应的版本了，是那个source code版本对吧？

跟NAMD版本没关系，你没那个top文件就去下那个文件啊

sayhello · 发表于 Post on 2020-4-26 10:17:43

本帖最后由 sayhello 于 2020-4-26 15:15 编辑

fhh2626 发表于 2020-4-25 17:40
跟NAMD版本没关系，你没那个top文件就去下那个文件啊

没问题了，十分感谢

sayhello · 发表于 Post on 2020-5-2 13:26:33

大佬好，我在生成参数文件和配置文件后，进行动力学模拟。

操作如下，用终端打开NAMD目录，输入namd2 /home/hello2020/Downloads/cdc20-1_min/min.conf > /home/hello2020/Downloads/cdc20-1_min/min.log，反馈为invalid command name "namd2"，这是因为什么呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-5-2 18:01:24

sayhello 发表于 2020-5-2 13:26
大佬好，我在生成参数文件和配置文件后，进行动力学模拟。

操作如下，用终端打开NAMD目录，输入namd2 /h ...

./namd2

HZW · 发表于 Post on 2021-1-28 22:50:59

编译NAMD_Git-2021-01-28_Source，最后是：
charmc: Executing rm -f charmrun
rm -f moduleinit38591.C moduleinit38591.o
make: warning: Clock skew detected. Your build may be incomplete.
编译成功了吗？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[NAMD] 最新版NAMD的编译安装