利用Gaussian结合自写程序计算分子间电荷转移积分

让你变成回忆

Theor_Comp 发表于 2020-8-13 16:20
dimer也是直接用晶体结构中的构型，不用优化吗？非常感谢

dimer是否优化的话就看你自己了吧， 但是monomer就是在原始dimer的基础上提取的，不需要优化。

Theor_Comp

让你变成回忆 发表于 2020-8-13 16:30
dimer是否优化的话就看你自己了吧， 但是monomer就是在原始dimer的基础上提取的，不需要优化。

多谢！
Gaussian计算时，关键词是#p IOp(3/33=1,3/32=2) nosymm 吗？还需要其他关键词吗

让你变成回忆

Theor_Comp 发表于 2020-8-13 17:52
多谢！
Gaussian计算时，关键词是#p IOp(3/33=1,3/32=2) nosymm 吗？还需要其他关键词吗

并不需要吧，就是为了输出一个Overlap，实际上如果为了避免输出文件太冗长，也可以不用高斯输出。
我现在更倾向于用Multiwfn算Overlap，然后读取。

破晓时的曙光

请教一个问题，在这个计算里面，得到的值有正负，请问这个正负有意义吗？和相位有关系吗？

让你变成回忆

破晓时的曙光 发表于 2020-8-24 16:51
请教一个问题，在这个计算里面，得到的值有正负，请问这个正负有意义吗？和相位有关系吗？

是

Theor_Comp

让你变成回忆 发表于 2020-8-13 18:54
并不需要吧，就是为了输出一个Overlap，实际上如果为了避免输出文件太冗长，也可以不用高斯输出。
我现 ...

非常感谢，请问用multiwfn怎么算呢？在哪个功能项里呢

让你变成回忆

Theor_Comp 发表于 2020-8-26 10:45
非常感谢，请问用multiwfn怎么算呢？在哪个功能项里呢

Multiwfn载入fchk文件，然后依次输入：6->7->1就可以看到打印Overlap了

Theor_Comp

让你变成回忆 发表于 2020-8-26 14:03
Multiwfn载入fchk文件，然后依次输入：6->7->1就可以看到打印Overlap了

谢谢您。

yumingsuxmu

让你变成回忆 发表于 2020-8-13 18:54
并不需要吧，就是为了输出一个Overlap，实际上如果为了避免输出文件太冗长，也可以不用高斯输出。
我现 ...

Gaussian计算时，关键词是#p IOp(3/33=1,3/32=2) nosymm，不用加基组和泛函吗？

332544875

请问这个错误是什么原因，无法读取到fchk文件中的overlap矩阵吗？谢谢

让你变成回忆

332544875 发表于 2020-10-9 18:59
请问这个错误是什么原因，无法读取到fchk文件中的overlap矩阵吗？谢谢

你看看对应的高斯输出文件中是否打印了Overlap矩阵

332544875

让你变成回忆 发表于 2020-10-9 19:26
你看看对应的高斯输出文件中是否打印了Overlap矩阵

我查看了dimer和monomer的log文件，都是有overlap矩阵输出的，如图。Gaussian计算关键词是“#p b3lyp/6-311+g(d,p) em=gd3bj IOP(3/33=1,3/32=2) nosymm
”，是正确的吧？谢谢

让你变成回忆

332544875 发表于 2020-10-10 09:31
我查看了dimer和monomer的log文件，都是有overlap矩阵输出的，如图。Gaussian计算关键词是“#p b3lyp/6-3 ...

你把你的输出文件上传一下我看看吧

332544875

让你变成回忆 发表于 2020-10-10 10:41
你把你的输出文件上传一下我看看吧

由于文件比较大，所以我上传到了百度网盘。
链接：https://pan.baidu.com/s/1n164bHXw-vIpeNHg0PgabA
提取码：8t8e
谢谢老师了。

让你变成回忆

332544875 发表于 2020-10-10 13:02
由于文件比较大，所以我上传到了百度网盘。
链接：https://pan.baidu.com/s/1n164bHXw-vIpeNHg0PgabA
...

我已经对程序进行了修改及更新，你现在再试试看。之前的程序中忘记删除我自己测试部分的代码。
现在你的体系我这里能够正常计算：
===========================================================
==            Transfer Integral Calculation              ==
==              Release Date: 2018-11-06                 ==
==             Ref: JACS,128(30):9882-9886               ==
===========================================================

Please input dimer fchk file: TPZ-dimer-overlap.fchk
Please input monomer 1 fchk file: TPZ-monomer1-overlap.fchk
Please input monomer 2 fchk file: TPZ-monomer2-overlap.fchk
Read overlap matrix of supermolecule from TPZ-dimer-overlap.log, please wait...
Read finished!
The shape of overlap matrix is: (2340, 2340)

Read molecular obital energies and coefficients from TPZ-dimer-overlap.fchk, please wait...
Read finished!
The shape of orbital energies and coefficient is: (2340,) and (2340, 2340)

Constructing supermolecular Fock matrix finished!

Read monomer 1 orbital energies and coefficients from TPZ-monomer1-overlap.fchk
Read finished!

Read monomer 2 orbital energies and coefficients from TPZ-monomer2-overlap.fchk
Read finished!

    MO1  MO2  e1 eV     e2 eV     J meV     S         ee1 eV    ee2 eV    Je meV    Je kcal/mol
  153  153    -5.902    -5.902   -21.695     0.002    -5.902    -5.902   -11.122    -0.256
  153  154    -5.902    -0.807    46.263    -0.006    -5.902    -0.806    27.290     0.629
  154  153    -0.818    -5.902   -39.431     0.005    -0.818    -5.902   -22.416    -0.517
  154  154    -0.818    -0.807   -27.634     0.010    -0.818    -0.806   -19.678    -0.454